Site Allele1 JD-pop ND-pop RD-pop Total-pop Allele2 JD-pop ND-pop RD-pop Total-pop JD-hz ND-hz RD-hz Total-hz 000434 G 0.07 0.07 0.02 0.05 A 0.93 0.93 0.98 0.95 0.13 0.12 0.04 0.10 000537 + 0.03 0.11 0.02 0.05 - 0.97 0.89 0.98 0.95 0.05 0.19 0.04 0.09 000637 A 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.01 000670 G 0.00 0.04 0.06 0.04 A 1.00 0.96 0.94 0.96 0.00 0.08 0.12 0.07 000752 A 0.00 0.09 0.02 0.04 G 1.00 0.91 0.98 0.96 0.00 0.16 0.04 0.07 000797 A 0.00 0.15 0.19 0.11 G 1.00 0.85 0.81 0.89 0.00 0.26 0.30 0.20 001472 T 0.04 0.08 0.02 0.05 C 0.96 0.92 0.98 0.95 0.08 0.15 0.04 0.09 001810 T 0.02 0.03 0.07 0.04 C 0.98 0.97 0.93 0.96 0.04 0.05 0.12 0.08 002315 T 0.32 0.02 0.13 0.15 G 0.68 0.98 0.87 0.85 0.43 0.04 0.23 0.26 002391 C 0.03 0.02 0.12 0.06 G 0.97 0.98 0.88 0.94 0.05 0.04 0.22 0.11 002425 T 0.02 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 002457 A 0.11 0.00 0.00 0.04 C 0.89 1.00 1.00 0.96 0.19 0.00 0.00 0.07 002563 C 0.17 0.04 0.06 0.09 T 0.83 0.96 0.94 0.91 0.29 0.08 0.12 0.17 002769 A 0.07 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.04 003099 A 0.03 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.01 003580 T 0.02 0.08 0.07 0.06 C 0.98 0.92 0.93 0.94 0.04 0.15 0.12 0.11 003659 A 0.00 0.12 0.15 0.09 G 1.00 0.88 0.85 0.91 0.00 0.22 0.25 0.17 003691 G 0.16 0.04 0.06 0.09 A 0.84 0.96 0.94 0.91 0.27 0.08 0.12 0.16 003710 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 003727 A 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.01 003835 T 0.17 0.17 0.04 0.12 C 0.83 0.83 0.96 0.88 0.28 0.28 0.08 0.22 003950 A 0.09 0.17 0.04 0.10 G 0.91 0.83 0.96 0.90 0.17 0.28 0.08 0.18 004024 G 0.68 0.23 0.23 0.36 A 0.33 0.77 0.77 0.64 0.44 0.35 0.35 0.46 031518 A 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.01 031563 - 0.02 0.41 0.69 0.37 + 0.98 0.59 0.31 0.63 0.04 0.48 0.43 0.46 031672 A 0.00 0.02 0.08 0.04 C 1.00 0.98 0.92 0.96 0.00 0.04 0.15 0.07 031713 A 0.19 0.15 0.11 0.15 T 0.81 0.85 0.89 0.85 0.30 0.25 0.20 0.26 031804 A 0.11 0.00 0.00 0.04 C 0.89 1.00 1.00 0.96 0.19 0.00 0.00 0.07 031966 A 0.05 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 0.99 0.10 0.00 0.00 0.03 032331 A 0.00 0.09 0.02 0.04 C 1.00 0.91 0.98 0.96 0.00 0.17 0.04 0.08 032362 A 0.00 0.04 0.04 0.03 G 1.00 0.96 0.96 0.97 0.00 0.08 0.08 0.06 032372 C 0.06 0.20 0.15 0.14 T 0.94 0.80 0.85 0.86 0.10 0.33 0.26 0.24 032581 A 0.02 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 032590 G 0.00 0.12 0.02 0.05 A 1.00 0.88 0.98 0.95 0.00 0.22 0.04 0.09 032596 A 0.23 0.00 0.00 0.08 G 0.77 1.00 1.00 0.92 0.35 0.00 0.00 0.14 032732 G 0.35 0.50 0.31 0.39 A 0.65 0.50 0.69 0.61 0.45 0.50 0.43 0.47 032851 C 0.14 0.00 0.00 0.04 G 0.86 1.00 1.00 0.96 0.24 0.00 0.00 0.08 033133 G 0.35 0.50 0.31 0.39 A 0.65 0.50 0.69 0.61 0.46 0.50 0.43 0.48 033201 G 0.20 0.15 0.15 0.16 A 0.80 0.85 0.85 0.84 0.31 0.25 0.25 0.27 033251 A 0.11 0.00 0.02 0.04 G 0.89 1.00 0.98 0.96 0.19 0.00 0.04 0.08 033391 T 0.13 0.08 0.04 0.08 C 0.87 0.92 0.96 0.92 0.23 0.15 0.08 0.15 033392 A 0.09 0.00 0.02 0.04 G 0.91 1.00 0.98 0.96 0.16 0.00 0.04 0.07 033502 C 0.02 0.35 0.17 0.18 T 0.98 0.65 0.83 0.82 0.04 0.46 0.28 0.30 033909 T 0.05 0.00 0.00 0.01 C 0.95 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.03 034043 T 0.15 0.00 0.00 0.04 C 0.85 1.00 1.00 0.96 0.26 0.00 0.00 0.08 034093 G 0.00 0.08 0.06 0.05 C 1.00 0.92 0.94 0.95 0.00 0.15 0.12 0.10 034379 T 0.05 0.00 0.00 0.01 C 0.95 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.03 039372 T 0.06 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 039425 A 0.00 0.02 0.04 0.02 G 1.00 0.98 0.96 0.98 0.00 0.04 0.08 0.04 039431 A 0.02 0.06 0.06 0.05 C 0.98 0.94 0.94 0.95 0.04 0.12 0.12 0.09 039481 C 0.57 0.50 0.31 0.46 A 0.43 0.50 0.69 0.54 0.49 0.50 0.43 0.50 039684 T 0.12 0.00 0.00 0.04 C 0.88 1.00 1.00 0.96 0.22 0.00 0.00 0.08 039716 T 0.04 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.03 039717 A 0.02 0.15 0.10 0.09 G 0.98 0.85 0.90 0.91 0.04 0.25 0.19 0.16 039830 T 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.01 040020 C 0.35 0.33 0.62 0.44 A 0.65 0.67 0.38 0.56 0.45 0.44 0.47 0.49 040031 G 0.35 0.35 0.62 0.44 A 0.65 0.65 0.38 0.56 0.45 0.45 0.47 0.49 040035 + 0.35 0.33 0.62 0.44 - 0.65 0.67 0.38 0.56 0.45 0.44 0.47 0.49 040178 T 0.65 0.52 0.29 0.49 C 0.35 0.48 0.71 0.51 0.45 0.50 0.41 0.50 040205 T 0.35 0.38 0.62 0.45 C 0.65 0.62 0.38 0.55 0.45 0.47 0.47 0.50 040230 C 0.13 0.00 0.00 0.04 T 0.87 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.09 040524 A 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.01 040652 G 0.00 0.07 0.00 0.02 T 1.00 0.93 1.00 0.98 0.00 0.13 0.00 0.04 040811 T 0.00 0.09 0.02 0.04 C 1.00 0.91 0.98 0.96 0.00 0.16 0.04 0.07 040813 C 0.41 0.21 0.17 0.26 G 0.59 0.79 0.83 0.74 0.48 0.33 0.28 0.39 040821 T 0.23 0.06 0.02 0.10 C 0.77 0.94 0.98 0.90 0.35 0.12 0.04 0.19 040896 C 0.20 0.27 0.15 0.20 T 0.80 0.73 0.85 0.80 0.31 0.39 0.25 0.33 041158 C 0.85 0.38 0.25 0.49 G 0.15 0.62 0.75 0.51 0.25 0.47 0.38 0.50 041189 G 0.10 0.44 0.67 0.40 T 0.90 0.56 0.33 0.60 0.19 0.49 0.44 0.48 041252 A 0.21 0.00 0.00 0.07 G 0.79 1.00 1.00 0.93 0.33 0.00 0.00 0.13 041260 T 0.08 0.00 0.00 0.03 C 0.92 1.00 1.00 0.97 0.15 0.00 0.00 0.05 041452 G 0.00 0.04 0.00 0.01 A 1.00 0.96 1.00 0.99 0.00 0.08 0.00 0.03 041571 T 0.29 0.28 0.39 0.32 C 0.71 0.72 0.61 0.68 0.41 0.41 0.48 0.44 041705 A 0.58 0.08 0.04 0.24 G 0.42 0.92 0.96 0.76 0.49 0.15 0.08 0.36 041710 A 0.08 0.08 0.29 0.15 T 0.92 0.92 0.71 0.85 0.15 0.15 0.41 0.26 041869 A 0.57 0.05 0.04 0.22 G 0.43 0.95 0.96 0.78 0.49 0.10 0.08 0.34 041886 T 0.17 0.20 0.06 0.14 C 0.83 0.80 0.94 0.86 0.28 0.32 0.12 0.24 041934 C 0.50 0.04 0.04 0.19 T 0.50 0.96 0.96 0.81 0.50 0.08 0.08 0.31 042153 T 0.02 0.19 0.07 0.09 C 0.98 0.81 0.93 0.91 0.04 0.31 0.12 0.17 042197 A 0.05 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.03 042259 T 0.04 0.00 0.02 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.98 0.08 0.00 0.04 0.04 042375 C 0.64 0.05 0.04 0.24 T 0.36 0.95 0.96 0.76 0.46 0.09 0.08 0.36 042383 C 0.02 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 042392 T 0.80 0.24 0.10 0.37 C 0.20 0.76 0.90 0.63 0.33 0.36 0.19 0.47 042609 C 0.64 0.05 0.04 0.24 T 0.36 0.95 0.96 0.76 0.46 0.09 0.08 0.36 042808 T 0.56 0.00 0.02 0.19 C 0.44 1.00 0.98 0.81 0.49 0.00 0.04 0.31 042977 C 0.02 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 043010 - 0.04 0.00 0.00 0.01 + 0.96 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.03 043176 C 0.75 0.25 0.10 0.37 T 0.25 0.75 0.90 0.63 0.38 0.38 0.19 0.47 043428 A 0.12 0.00 0.00 0.04 G 0.88 1.00 1.00 0.96 0.22 0.00 0.00 0.08 043670 G 0.15 0.19 0.06 0.13 C 0.85 0.81 0.94 0.87 0.25 0.30 0.12 0.23 043701 T 0.08 0.56 0.56 0.40 G 0.92 0.44 0.44 0.60 0.15 0.49 0.49 0.48 043926 T 0.02 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 044208 C 0.50 0.25 0.08 0.28 A 0.50 0.75 0.92 0.72 0.50 0.38 0.15 0.40 044535 T 0.00 0.08 0.02 0.03 C 1.00 0.92 0.98 0.97 0.00 0.15 0.04 0.07 044633 G 0.35 0.00 0.00 0.11 A 0.65 1.00 1.00 0.89 0.45 0.00 0.00 0.20 045051 A 0.24 0.00 0.02 0.07 T 0.76 1.00 0.98 0.93 0.36 0.00 0.04 0.13 045130 T 0.17 0.10 0.31 0.20 G 0.83 0.90 0.69 0.80 0.28 0.19 0.43 0.32 045310 T 0.06 0.17 0.33 0.19 C 0.94 0.83 0.67 0.81 0.10 0.28 0.44 0.31 045409 + 0.03 0.00 0.02 0.01 - 0.97 1.00 0.98 0.99 0.05 0.00 0.04 0.03 045543 T 0.03 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.01 045548 G 0.78 0.35 0.40 0.49 A 0.23 0.65 0.60 0.51 0.35 0.46 0.48 0.50 045600 G 0.00 0.18 0.06 0.08 T 1.00 0.82 0.94 0.92 0.00 0.30 0.12 0.15 045622 G 0.55 0.10 0.28 0.30 A 0.45 0.90 0.72 0.70 0.49 0.19 0.41 0.42 045719 C 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.01 045751 C 0.05 0.08 0.02 0.05 T 0.95 0.92 0.98 0.95 0.09 0.15 0.04 0.10 046079 A 0.04 0.08 0.02 0.05 G 0.96 0.92 0.98 0.95 0.08 0.15 0.04 0.09 046200 G 0.04 0.09 0.02 0.05 T 0.96 0.91 0.98 0.95 0.08 0.16 0.04 0.09 046375 C 0.42 0.04 0.02 0.16 T 0.58 0.96 0.98 0.84 0.49 0.08 0.04 0.27 046378 T 0.23 0.00 0.02 0.08 A 0.77 1.00 0.98 0.92 0.35 0.00 0.04 0.15 047222 A 0.27 0.06 0.02 0.12 G 0.73 0.94 0.98 0.88 0.39 0.12 0.04 0.21 047370 A 0.31 0.23 0.08 0.21 G 0.69 0.77 0.92 0.79 0.43 0.35 0.15 0.33 047433 A 0.04 0.08 0.04 0.06 G 0.96 0.92 0.96 0.94 0.08 0.15 0.08 0.11 047545 T 0.12 0.00 0.00 0.04 C 0.88 1.00 1.00 0.96 0.22 0.00 0.00 0.08 047615 A 0.00 0.17 0.06 0.08 G 1.00 0.83 0.94 0.92 0.00 0.28 0.12 0.14 047716 A 0.00 0.17 0.06 0.08 G 1.00 0.83 0.94 0.92 0.00 0.28 0.12 0.14 047768 T 0.10 0.00 0.09 0.06 C 0.90 1.00 0.91 0.94 0.19 0.00 0.16 0.12 048052 A 0.59 0.35 0.35 0.43 G 0.41 0.65 0.65 0.57 0.48 0.46 0.46 0.49 048247 A 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 048286 A 0.27 0.06 0.02 0.12 G 0.73 0.94 0.98 0.88 0.39 0.12 0.04 0.21 048445 T 0.17 0.10 0.31 0.19 C 0.83 0.90 0.69 0.81 0.28 0.19 0.43 0.31 048695 G 0.00 0.06 0.02 0.03 T 1.00 0.94 0.98 0.97 0.00 0.12 0.04 0.05 048734 A 0.04 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.03 048809 T 0.11 0.00 0.00 0.04 C 0.89 1.00 1.00 0.96 0.19 0.00 0.00 0.07 Note: JD: Jackson,MS ND: North_Karelia,Finland RD: Rochester,MN Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000537: CT 031563: ACAG 040035: T 043010: G 045409: T