Site      Allele1   JD-pop    ND-pop    RD-pop    Total-pop Allele2   JD-pop    ND-pop    RD-pop    Total-pop JD-hz     ND-hz     RD-hz     Total-hz  
000073    T         0.04      0.00      0.00      0.01      C         0.96      1.00      1.00      0.99      0.08      0.00      0.00      0.03      
000308    T         0.02      0.00      0.00      0.01      C         0.98      1.00      1.00      0.99      0.04      0.00      0.00      0.01      
000471    G         0.04      0.00      0.00      0.01      A         0.96      1.00      1.00      0.99      0.08      0.00      0.00      0.03      
000545    T         0.02      0.00      0.00      0.01      C         0.98      1.00      1.00      0.99      0.04      0.00      0.00      0.01      
000560    T         0.29      0.12      0.27      0.23      A         0.71      0.88      0.73      0.77      0.41      0.22      0.39      0.35      
000624    C         0.00      0.02      0.25      0.09      T         1.00      0.98      0.75      0.91      0.00      0.04      0.38      0.16      
000832    T         0.23      0.54      0.44      0.40      G         0.77      0.46      0.56      0.60      0.35      0.50      0.49      0.48      
001163    C         0.21      0.33      0.35      0.30      G         0.79      0.67      0.65      0.70      0.33      0.44      0.46      0.42      
001522    A         0.00      0.04      0.00      0.01      G         1.00      0.96      1.00      0.99      0.00      0.08      0.00      0.03      
001575    T         0.00      0.00      0.04      0.01      C         1.00      1.00      0.96      0.99      0.00      0.00      0.08      0.03      
001998    A         0.00      0.23      0.08      0.10      G         1.00      0.77      0.92      0.90      0.00      0.35      0.15      0.19      
002440    A         0.52      0.40      0.33      0.42      G         0.48      0.60      0.67      0.58      0.50      0.48      0.44      0.49      
002907    G         0.00      0.02      0.00      0.01      T         1.00      0.98      1.00      0.99      0.00      0.04      0.00      0.01      
003106    C         0.00      0.00      0.02      0.01      T         1.00      1.00      0.98      0.99      0.00      0.00      0.04      0.01      
003673    G         0.02      0.00      0.00      0.01      C         0.98      1.00      1.00      0.99      0.04      0.00      0.00      0.01      
003937    C         0.10      0.23      0.12      0.15      T         0.90      0.77      0.88      0.85      0.19      0.35      0.22      0.26      
004036    T         0.04      0.00      0.00      0.01      C         0.96      1.00      1.00      0.99      0.08      0.00      0.00      0.03      
004075    T         0.04      0.04      0.19      0.09      C         0.96      0.96      0.81      0.91      0.08      0.08      0.30      0.16      
004951    C         0.00      0.04      0.04      0.03      A         1.00      0.96      0.96      0.97      0.00      0.08      0.08      0.05      
005229a   *
005229b   T         0.04      0.04      0.19      0.09      G         0.96      0.96      0.81      0.91      0.08      0.08      0.30      0.16      
005361    C         0.02      0.17      0.04      0.08      T         0.98      0.83      0.96      0.92      0.04      0.28      0.08      0.14      

Note:

JD: Jackson,MS
ND: North_Karelia,Finland
RD: Rochester,MN
Total: All_population
pop : population

Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as:

+ : insertion allele
- : deletion allele

The + (inserted) allele for each site is listed below:

005229a: G

Tri-allelic sites:

Site      Allele1   JD-pop    ND-pop    RD-pop    Total-pop Allele2   JD-pop    ND-pop    RD-pop    Total-pop Allele3   JD-pop    ND-pop    RD-pop    Total-pop 
005229a   +         0.10      0.00      0.00      0.03      -         0.04      0.25      0.12      0.14      +         0.31      0.33      0.54      0.40      +         0.54      0.42      0.33      0.43