Site Genotype1 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop AD-chi2 ND-chi2 RD-chi2 Total-chi2 000220 CC 1 2 3 6 CT 10 14 9 33 TT 12 8 11 31 0.374 1.434 0.277 0.456 000240 CC 3 1 3 7 CT 5 16 7 28 TT 15 7 13 35 3.728 4.279 1.431 0.159 000266 AA 20 24 23 67 AG 2 0 0 2 GG 1 0 0 1 4.707 0.000 0.000 16.486 000557 CC 16 18 12 46 CT 5 4 10 19 TT 2 2 2 6 2.200 3.840 0.002 3.310 000848 CC 0 0 2 2 CT 4 5 2 11 TT 19 19 20 58 0.209 0.324 9.197 2.302 000870 CC 20 24 24 68 CG 3 0 0 3 GG 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.033 000923 AA 5 3 6 14 AG 11 14 9 34 GG 6 7 9 22 0.000 0.960 1.361 0.017 001019 CC 14 17 17 48 CT 0 4 2 6 TT 0 0 2 2 0.000 0.233 7.843 6.518 001153 AA 0 0 0 0 AG 3 0 0 3 GG 18 22 21 61 0.124 0.000 0.000 0.037 001263 AA 0 0 0 0 AC 0 1 1 2 CC 22 22 22 66 0.000 0.011 0.011 0.015 001265 AA 7 2 6 15 AC 11 13 9 33 CC 4 8 8 20 0.008 1.043 1.028 0.040 001856 AA 0 0 0 0 AG 1 0 0 1 GG 13 20 22 55 0.019 0.000 0.000 0.005 001986 AA 0 0 0 0 AC 3 0 0 3 CC 12 18 15 45 0.185 0.000 0.000 0.050 002133 AA 1 0 0 1 AC 2 4 0 6 CC 13 15 15 43 2.939 0.263 0.000 1.707 002187 CC 8 3 5 16 CT 10 11 10 31 TT 4 8 8 20 0.079 0.065 0.306 0.341 002240 AA 1 1 4 6 AG 9 8 10 27 GG 13 12 9 34 0.130 0.053 0.175 0.037 002317 AA 1 2 5 8 AG 9 8 9 26 GG 13 12 9 34 0.130 0.153 0.857 0.741 002618 AA 0 0 0 0 AG 1 0 0 1 GG 21 22 23 66 0.012 0.000 0.000 0.004 003101 AA 21 22 21 64 AG 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0.048 0.000 0.000 0.016 003379 -- 4 11 15 30 +- 12 7 2 21 ++ 5 1 2 8 0.444 0.007 6.935 1.769 003399 AA 3 2 2 7 AT 5 10 8 23 TT 15 7 10 32 3.728 0.326 0.045 0.806 003581 CC 3 4 4 11 CT 3 8 4 15 TT 15 11 14 40 6.961 1.252 6.455 12.587 003686 CC 1 0 0 1 CG 3 7 2 12 GG 17 16 21 54 2.136 0.741 0.048 0.123 004791 GG 0 0 0 0 GT 2 3 0 5 TT 21 21 24 66 0.048 0.107 0.000 0.095 004943 GG 0 0 0 0 GT 0 1 0 1 TT 23 23 24 70 0.000 0.011 0.000 0.004 004948 AA 19 17 9 45 AG 4 5 9 18 GG 0 2 6 8 0.209 2.400 1.361 6.558 004957 AA 0 0 0 0 AG 1 0 0 1 GG 22 24 24 70 0.011 0.000 0.000 0.004 005808 CC 20 24 24 68 CT 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0.050 0.000 0.000 0.015 005810 -- 0 0 1 1 +- 8 9 4 21 ++ 13 15 18 46 1.163 1.278 1.252 0.665 005979 AA 0 3 4 7 AG 5 13 8 26 GG 15 8 12 35 0.408 0.421 1.500 0.426 005990 CC 0 0 0 0 CG 1 0 0 1 GG 19 24 23 66 0.013 0.000 0.000 0.004 006175 CC 23 21 24 68 CT 0 3 0 3 TT 0 0 0 0 0.000 0.107 0.000 0.033 006221 AA 22 24 24 70 AG 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 006239 AA 0 0 0 0 AC 3 0 0 3 CC 20 24 24 68 0.112 0.000 0.000 0.033 006314 AA 4 5 11 20 AG 6 6 7 19 GG 12 13 6 31 3.035 4.594 3.654 13.762 006427 AA 0 0 0 0 AG 1 0 0 1 GG 21 24 24 69 0.012 0.000 0.000 0.004 006914 AA 0 0 2 2 AG 8 4 4 16 GG 12 19 18 49 1.250 0.209 3.840 0.238 007131 CC 0 0 0 0 CT 1 0 0 1 TT 22 24 24 70 0.011 0.000 0.000 0.004 007244 CC 15 17 9 41 CT 5 5 8 18 TT 0 2 6 8 0.408 2.400 1.965 5.658 007278 CC 0 0 0 0 CT 3 0 0 3 TT 17 24 22 63 0.131 0.000 0.000 0.036 007283 -- 11 17 16 44 +- 9 6 3 18 ++ 0 0 2 2 1.686 0.517 4.954 0.009 007289 AA 0 0 0 0 AC 7 8 3 18 CC 13 16 19 48 0.900 0.960 0.118 1.645 007616 AA 0 0 0 0 AC 5 5 9 19 CC 15 16 9 40 0.408 0.383 2.000 2.173 008184 CC 0 0 0 0 CT 7 5 1 13 TT 7 12 15 34 1.556 0.505 0.017 1.211 008274 CC 10 14 17 41 CT 11 7 3 21 TT 2 0 0 2 0.179 0.840 0.131 0.123 008331 AA 22 22 22 66 AG 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 008436 AA 1 3 3 7 AC 3 11 7 21 CC 16 8 11 35 1.976 0.065 1.018 1.804 008695 CC 7 3 2 12 CG 9 13 9 31 GG 2 6 11 19 0.126 0.917 0.007 0.010 008742 AA 18 23 22 63 AG 3 0 0 3 GG 0 0 0 0 0.124 0.000 0.000 0.036 008764 GG 16 23 20 59 GT 4 0 0 4 TT 0 0 2 2 0.247 0.000 22.000 14.189 008985 AA 0 0 0 0 AG 1 0 0 1 GG 22 24 24 70 0.011 0.000 0.000 0.004 009057 GG 23 21 24 68 GT 0 3 0 3 TT 0 0 0 0 0.000 0.107 0.000 0.033 009178 CC 0 0 0 0 CT 1 3 4 8 TT 22 21 20 63 0.011 0.107 0.198 0.253 009493 CC 0 0 0 0 CT 1 0 0 1 TT 22 24 24 70 0.011 0.000 0.000 0.004 009755 GG 0 0 0 0 GT 5 0 0 5 TT 16 22 24 62 0.383 0.000 0.000 0.101 010491 AA 0 0 0 0 AG 4 0 0 4 GG 19 24 23 66 0.209 0.000 0.000 0.061 010694 CC 18 24 24 66 CT 4 0 0 4 TT 0 0 0 0 0.220 0.000 0.000 0.061 010779 AA 18 24 24 66 AG 4 0 0 4 GG 0 0 0 0 0.220 0.000 0.000 0.061 010921 AA 0 2 5 7 AG 5 5 10 20 GG 18 17 9 44 0.342 2.400 0.490 3.645 010924 CC 23 23 24 70 CT 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0.000 0.011 0.000 0.004 010934 AA 22 24 24 70 AG 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 011332 CC 18 17 9 44 CT 5 5 10 20 TT 0 2 5 7 0.342 2.400 0.490 3.645 011456 CC 0 0 0 0 CT 3 0 0 3 TT 20 24 24 68 0.112 0.000 0.000 0.033 011510 AA 1 2 5 8 AC 4 5 10 19 CC 18 17 9 44 1.252 2.400 0.490 5.549 011581 CC 22 23 19 64 CT 1 1 3 5 TT 0 0 2 2 0.011 0.011 5.958 11.752 011651 CC 1 0 0 1 CT 5 3 0 8 TT 17 21 24 62 0.571 0.107 0.000 1.380 011795 CC 21 24 24 69 CG 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0.048 0.000 0.000 0.014 011913 CC 17 24 24 65 CT 5 0 0 5 TT 1 0 0 1 0.571 0.000 0.000 4.391 012103 AA 0 0 0 0 AG 1 1 2 4 GG 22 23 22 67 0.011 0.011 0.045 0.060 013384 CC 22 20 17 59 CT 0 4 4 8 TT 0 0 0 0 0.000 0.198 0.233 0.270 013477 GG 4 0 0 4 GT 12 5 6 23 TT 7 19 18 44 0.087 0.324 0.490 0.184 013482 AA 3 19 18 40 AG 15 5 6 26 GG 5 0 0 5 2.272 0.324 0.490 0.075 013543 AA 0 0 0 0 AG 0 1 0 1 GG 23 23 24 70 0.000 0.011 0.000 0.004 013641 AA 5 7 9 21 AG 13 12 12 37 GG 5 4 3 12 0.391 0.087 0.107 0.393 013683 AA 23 24 22 69 AG 0 0 2 2 GG 0 0 0 0 0.000 0.000 0.045 0.014 013717 CC 21 24 24 69 CT 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0.048 0.000 0.000 0.014 013749 CC 23 24 22 69 CT 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0.000 0.000 0.045 0.014 013765 AA 10 4 3 17 AC 13 13 11 37 CC 0 7 9 16 3.569 0.243 0.016 0.230 014079 AA 1 7 7 15 AG 11 13 13 37 GG 11 4 4 19 0.741 0.243 0.243 0.147 014192 AA 0 0 0 0 AG 4 0 0 4 GG 19 24 24 67 0.209 0.000 0.000 0.060 014210 CC 22 24 24 70 CT 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 014258 AA 5 14 16 35 AG 9 10 8 27 GG 9 0 0 9 0.857 1.662 0.960 1.051 014318 AA 3 0 0 3 AG 13 10 8 31 GG 7 14 16 37 0.631 1.662 0.960 1.257 014539 AA 0 0 0 0 AT 7 8 5 20 TT 11 15 16 42 1.049 1.019 0.383 2.293 015231 CC 16 21 20 57 CT 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0.062 0.000 0.000 0.018 015407 AA 7 11 7 25 AT 6 9 14 29 TT 7 3 1 11 3.200 0.277 3.094 0.269 015419 AA 0 5 3 8 AG 5 10 12 27 GG 15 8 8 31 0.408 0.306 0.209 0.312 015542 CC 18 24 24 66 CT 5 0 0 5 TT 0 0 0 0 0.342 0.000 0.000 0.095 015639 AA 16 24 23 63 AG 7 0 0 7 GG 0 0 0 0 0.741 0.000 0.000 0.194 015689 -- 6 9 6 21 +- 9 8 11 28 ++ 5 2 1 8 0.191 0.012 1.894 0.075 015800 AA 0 0 0 0 AT 3 7 7 17 TT 18 15 14 47 0.124 0.787 0.840 1.501 015830 AA 1 0 0 1 AC 7 1 0 8 CC 13 21 22 56 0.002 0.012 0.000 1.156 015913 CC 15 23 24 62 CG 8 0 0 8 GG 0 0 0 0 1.019 0.000 0.000 0.257 015963 CC 6 4 2 12 CT 9 8 13 30 TT 8 12 8 28 1.028 1.500 1.043 0.640 015972 CC 11 12 8 31 CT 6 8 13 27 TT 6 4 3 13 4.707 1.500 0.421 2.488 016016 CC 3 1 1 5 CT 11 8 6 25 TT 9 15 15 39 0.016 0.003 0.153 0.128 016859 AA 11 14 13 38 AG 11 9 9 29 GG 1 1 2 4 0.741 0.091 0.061 0.255 016863 AA 22 24 24 70 AG 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 016890 GG 0 0 0 0 GT 0 0 1 1 TT 23 24 23 70 0.000 0.000 0.011 0.004 016935 AA 0 0 0 0 AT 1 0 0 1 TT 22 24 24 70 0.011 0.000 0.000 0.004 016979 GG 17 19 16 52 GT 3 4 7 14 TT 3 1 1 5 7.887 1.361 0.044 6.306 017025 GG 0 1 1 2 GT 1 2 2 5 TT 22 21 21 64 0.011 4.959 4.959 11.752 017154 AA 0 0 0 0 AG 3 0 0 3 GG 18 23 23 64 0.124 0.000 0.000 0.035 017216 AA 0 6 2 8 AG 4 8 13 25 GG 15 7 6 28 0.263 1.173 1.702 0.406 017274 CC 17 21 19 57 CT 1 2 2 5 TT 0 1 1 2 0.015 4.959 4.455 10.365 017328 CC 0 0 0 0 CT 1 1 0 2 TT 21 23 24 68 0.012 0.011 0.000 0.015 017444 AA 21 24 24 69 AC 1 0 0 1 CC 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.004 017483 AA 0 5 2 7 AG 5 11 14 30 GG 17 8 8 33 0.362 0.114 1.434 0.002 018388 CC 20 24 24 68 CT 3 0 0 3 TT 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.033 018413 GG 2 1 2 5 GT 9 9 9 27 TT 12 14 13 39 0.028 0.091 0.061 0.012 018446 AA 22 24 24 70 AG 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 018580 CC 21 24 24 69 CT 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.004 018597 AA 15 11 8 34 AT 7 7 13 27 TT 0 6 1 7 0.787 3.654 2.182 0.223 018733 AA 17 8 7 32 AG 2 10 12 24 GG 0 5 2 7 0.059 0.306 0.940 0.577 018921 AA 0 1 1 2 AG 0 2 2 4 GG 22 21 20 63 0.000 4.959 4.707 15.192 019050 AA 0 0 0 0 AG 0 1 0 1 GG 23 23 24 70 0.000 0.011 0.000 0.004 019561 AA 0 0 0 0 AG 2 1 1 4 GG 18 23 21 62 0.055 0.011 0.012 0.064 019606 CC 13 24 21 58 CT 4 0 0 4 TT 1 0 0 1 0.720 0.000 0.000 5.670 019700 CC 0 0 0 0 CT 2 0 0 2 TT 21 23 22 66 0.048 0.000 0.000 0.015 019881 GG 18 20 15 53 GT 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0.014 0.000 0.000 0.005 020284 CC 0 0 0 0 CT 1 0 0 1 TT 19 24 19 62 0.013 0.000 0.000 0.004 020354 AA 4 0 0 4 AG 13 10 8 31 GG 6 14 15 35 0.445 1.662 1.019 0.725 020374 CC 18 24 22 64 CT 5 0 0 5 TT 0 0 0 0 0.342 0.000 0.000 0.098 020442 GG 0 0 0 0 GT 1 0 0 1 TT 19 23 21 63 0.013 0.000 0.000 0.004 020446 CC 0 0 0 0 CT 1 1 1 3 TT 19 21 20 60 0.013 0.012 0.012 0.037 020457 CC 15 23 21 59 CT 5 0 0 5 TT 0 0 0 0 0.408 0.000 0.000 0.106 020910 AA 15 8 7 30 AG 5 8 12 25 GG 0 6 4 10 0.408 1.564 0.087 1.469 021126 CC 0 0 0 0 CG 0 1 1 2 GG 20 19 19 58 0.000 0.013 0.013 0.017 021498 AA 15 19 16 50 AG 3 0 0 3 GG 1 0 0 1 1.815 0.000 0.000 7.428 021579 GG 19 24 23 66 GT 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0.053 0.000 0.000 0.015 021580 CC 17 13 11 41 CT 4 10 10 24 TT 0 1 1 2 0.233 0.296 0.468 0.468 022127 AA 3 10 9 22 AG 10 11 14 35 GG 9 3 1 13 0.007 0.000 2.344 0.020 022162 AA 0 0 0 0 AG 5 0 0 5 GG 18 24 24 66 0.342 0.000 0.000 0.095 022337 CC 0 0 0 0 CT 4 1 0 5 TT 16 23 24 63 0.247 0.011 0.000 0.099 022349 AA 20 21 24 65 AG 0 3 0 3 GG 0 0 0 0 0.000 0.107 0.000 0.035 022351 AA 0 0 0 0 AG 0 3 0 3 GG 20 21 23 64 0.000 0.107 0.000 0.035 022352 AA 20 21 24 65 AC 0 3 0 3 CC 0 0 0 0 0.000 0.107 0.000 0.035 022480 CC 16 23 24 63 CG 4 1 0 5 GG 0 0 0 0 0.247 0.011 0.000 0.099 022554 CC 0 0 0 0 CT 4 1 0 5 TT 15 22 24 61 0.263 0.011 0.000 0.102 022562 GG 0 0 0 0 GT 4 0 0 4 TT 15 23 24 62 0.263 0.000 0.000 0.064 022683 AA 0 0 0 0 AG 4 1 0 5 GG 15 23 24 62 0.263 0.011 0.000 0.101 022985 CC 1 0 0 1 CT 2 0 0 2 TT 18 23 24 65 4.203 0.000 0.000 15.985 022997 CC 21 23 23 67 CT 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0.000 0.000 0.011 0.004 023037 GG 0 0 0 0 GT 3 2 2 7 TT 18 21 21 60 0.124 0.048 0.048 0.204 023508 AA 2 12 9 23 AG 12 9 14 35 GG 7 3 1 11 0.940 0.389 2.344 0.147 023696 AA 0 1 1 2 AG 4 4 5 13 GG 19 19 18 56 0.209 1.361 0.644 1.224 023796 CC 3 0 0 3 CG 14 9 8 31 GG 6 15 16 37 1.308 1.278 0.960 1.257 023830 * 024499 CC 20 24 24 68 CT 3 0 0 3 TT 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.033 024586 GG 20 24 24 68 GT 3 0 0 3 TT 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.033 025064 CC 0 0 0 0 CT 6 0 0 6 TT 13 21 21 55 0.668 0.000 0.000 0.163 025218 AA 22 23 24 69 AG 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.004 025425 CC 0 2 1 3 CT 0 4 9 13 TT 23 17 14 54 0.000 3.584 0.091 3.039 Note: AD: African_Descent ND: North_Karelia RD: Rochester Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003379: A 005810: G 007283: CACA 015689: A Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop 023830 AA 2 12 10 24 023830 AC 0 0 0 0 023830 AG 12 9 13 34 023830 CC 0 0 0 0 023830 CG 1 0 0 1 023830 GG 8 3 1 12