APOA1 Color FASTA
The longest form of insertion/deletion sites is shown in the FASTA sequence and contain a '-' as the alternate allele in the variation tag.
*Display courtesy of GeneSNPs
TACCCTGCCT TCCTTGACAG CTTTGTGCGG AAGGTCAAAC AGGACAATAA 50
GTTTGCTGAT ACTTTGATAA ACTGTTAGGT GCTGCACAAC ATGACTTGAG 100
TGTGTGCCCC ATGCCAGCCA CTATGCCTGG CACTTAAGTT GTCATCAGAG 150
TTGAGACTGT GTGTGTTTAC TCAAAACTGT GGAGCTGACC TCCCCTATCC 200
AGGCCACCTA GCCCTCTTAG GCGCACGTGA AGGGAGGAGG CCGGATGGGC 250 | var(206):[C:0.28]
TAGAGGTTGG AGTAAGATGC AACGAGGCAC TATTCTTGGC TCCACCACTT 300
GATATCAGCC TCAGTTTCTT ACATGTAAAG TGGATACAAC CGTACCCCCT 350 | REPEAT
CCACCGTAGG TTTGCCGTGA GATTGAAATG AGAGAGCGTT CGAACCGTTT 400
GGCACAGCAC CTGCACGTAA AGATGCTTGA TCAATGTTGT CATGATTACA 450
GTTGAGCTGA CTGGGCCCTT GGGACCCGGA CTGGAGTGGT GGGGGGCAGT 500
GTCCTGGGAC CAAAAAGAAG CACAAGGTCT CCCAATAGAG GCTGCTTCCT 550 | var(533):[T:0.03]
TTGTGTCCCC ACCACCCGAA AGATGTCAGG TCAGAGAGCC CGAGAGCTGC 600
AGATGGCTTG AGTAGGGCTC CACTCTTCAG ATCAAAAAAC TGTGGCCCGG 650 | REPEAT | var(631):[G:0.11]
AGAGGCGAAG GCACTTGGCC AGCATCACAG AGCCAGCACG TGGCAGGGCC 700
AGACCTTGAG CCCAGGTCAG CTGCGTGTAT TCTGCTCAGT TGGTGCAGAA 750
AACAGTTTTG TCACTCCTAT GTCAGGTGTT AGGGACTCCT TTACAGATCT 800
CAGTGGCATC AGTACATCCA GCCCCACCTG GAGACTGCTT TCTCTCTGAA 850
AATTCCCCAG GGCTTCTCTC TGGGCTGAGA GATCTCAGCA CCCGTATCTA 900
GAAAATGTTC CCACCCAGAC CTGGCTGGAT GACTGCTGTT GTAGCTCTGG 950
AAGGTTAGGA ACTAAAAAGC CCACTCCTTT ACCTAGGGTA GCTAAGATAC 1000
ACTGGAGATG GGGACATGGG GATGGGGCCG ATTATCCAGG GGCCTGCATG 1050 | var(1049):[A:0.07]
AGGGGGCAAA AGGCCCTGCA GAGAGAGGGT AGGGAAGGCA CTGCCCAGAT 1100
CTGTGAAGCC ATGTGCGTGC ACGCGGGGAC ATTCAGACAT GAGTGCAAGG 1150 | var(1128):[T:0.20]
AGGGACCGTG AGCAGGGAGG TCATGTGAGA ATACACAGGC ATGCCTGCAC 1200
ACCCATGTGA ACTTGAGTGC CAGGCCACAC ACTCTTTTTT TTTTTTTTTT 1250 | REPEAT
TTTTTTTTAG CTGGAGTCTT GCTCCGTCGC CCAGGCTGGA GTGCAGTGGC 1300
ATGATTTCGG CTCACTGTGA CCTCTGCCTC CCAGGTTCAA GCGATTCTCC 1350 | var(1308):[T:0.19]
TGCCTCAGCC TTCCTAGTAG CTGGGATTAC GGGTGCAAGC CACCATGCCC 1400
AGCTGATTTT TTTTGTATTT TTAGTAGAGA CAGGGTTTCA CCATATTGGC 1450 | var(1407):[:0.99]
CAGGCTGGTC TCAAACTCCT GGCCTGAAGT GATACGCCCA CCTCAGCCTC 1500
CCAAAGTGCT GGGATTACAG GCTTGAGCCA CCGCACCCGA CCCGCACACT 1550 | var(1541):[T:0.01] | var(1546):[G:0.49]
CTTTTCAATA ATCATGGATG GCCAGGGGTG CAGGGTCTAA AAAGCGCTGC 1600 | REPEAT | var(1598):[G:0.08]
CTAGCCCATC CTGCTGTTCA CTGGGCAAGC GACGTCACAG GTCCAGGCTT 1650 | var(1620):[G:0.30]
CAGTGTCCTC ATCCATGCTC TGCGTCTGAT GGCAATCTAG CCAGGATGTG 1700
GGGAAGGGAG GATGCAGTGA GAGCACAGAT ATGAGAGCAT CTTGGAAATA 1750 | var(1717):[C:0.01] | var(1749):[C:0.05]
AAAATGTACC TGCAAGAGGT GGTGGTGAAT TTTCTTACTC AGGCCAGCTT 1800
CTGCCAGGGC TGGCAGAAAG AGGGGGTGGC ATGGCATGGA GCCGCAGGGG 1850
GTGGAGGACT GGCTTCCACT GCTGTGCCTG AGGAAGCCGC GGCTGTTTCT 1900
GGGCGGGATG GGAGTAGTGG GAGGGGGATA CTGGCCTTGT GAGAAGAAAA 1950
GGGAAGTGTC TGTTTGAGAG GTTTTTGAAT TAGTAAAGGA GGACAGGCGC 2000
AAACTCCAAG CGCTTCACTT GCACCCGGGA CCAAACCCCA ATCCCAGTGG 2050
CTGGCTCCCT GAGGCCGCCC CGCTCCGTCC CGCCCCGCTG ACAGCGGCTG 2100 | var(2077):[A:0.05]
GGCTGGAGAA GGCTCTATAC GGACACACCT CTGGGGACGG GGAACCCACT 2150
GCTCCCAGCT AAAGCAACCC TGTTTCCTGG CCCGCCTCAG ACAGGGCTGC 2200 | var(2198):[G:0.05]
AGGCCTTGTT TGAGCCCCTT TCAGGGCACC TGGCCTTGGA TTGTCTGTGG 2250
CTTTGCCTGG TCCGCTGTGA CTTCCTTTCT ACTTGAGCCT TGCTAAGGCA 2300
GACTCTACTC CCTCACTCGT AAGCAGCCAG GCGTCCAGCA GGTCCTCCAA 2350
CGTCGATCTT GGCCCTAAGA CGTCCTGTCT GGGCACGGAG TTGTTGAGAT 2400 | var(2373):[C:0.16] | var(2376):[T:0.08]
CCGGCAGGAA GTCCCTGCTC CAGGGCCAAA GGCCCCACCC GGGCTCCCCC 2450
GGATGTCCCC GCACCCCCCT CTATTCTCCC AAAAGAAAGA AGCTGCTTCC 2500 | Exon 1 | UTR
CACTTTGGAA ACGTTTATTC TGAGCACCGG GAAGGGGGGC GGCGGCGGGC 2550
GCCT
CACTGG GTGTTGAGCT TCTTAGTGTA CTCCTCGAGA GCGCTCAGGA 2600
    M  K   A  A  V  L   T  L  A   V  L  F   L  T  G  S 16
AGCTGACCTT GAAGCTCTCC AGCACGGGCA GCAGGCCTTG GCGGAGGTCC 2650
  Q  A  R   H  F  W   Q  Q  D  E   P  P  Q   S  P  W   32
TCGAGCGCGG GCTTGGCCTT CTCGCTGAGC GTGCTCAGAT GCTCGGTGGC 2700
D  R  V  K   D  L  A   T  V  Y   V  D  V  L   K  D  S  49
CTTGGCGTGG TACTCGGCCA GTCTGGCGCC GCCGTTCTCC TTGAGAGCCT 2750
 G  R  D   Y  V  S  Q   F  E  G   S  A  L   G  K  Q  L 66
CAAGGCGCGC GGCCAAGCGC TGGCGCAGCT CGTCGCTGTA GGGGGCCAGA 2800
  N  L  K   L  L  D   N  W  D  S   V  T  S   T  F  S   82
TGCGTGCGCA GCGCGTCCAC ATGGGCGCGC GCGCGGTCGC GCATCTCCTC 2850
K  L  R  E   Q  L  G   P  V  T   Q  E  F  W   D  N  L  99
GCCCAGTGGG CTCAGCTTCT CTTGCAGCTC GTGCAGCTTC TGGCGCGCGC 2900
 E  K  E   T  E  G  L   R  Q  E   M  S  K   D  L  E  E 116
CCTCTTGGAG CTCTGCGCGC AGCGGCTCCA CCTTCTGGCG GTAGAGCTCC 2950
  V  K  A   K  V  Q   P  Y  L  D   D  F  Q   K  K  W   132
ATCTCCTCCT GCCACTTCTT CTGGAAGTCG TCCAGGTAGG GCTGCACCTT 3000
Q  E  E  M   E  L  Y   R  Q  K   V  E  P  L   R  A  E  149
GGCCTTCACC TCCTCCAGAT CCTTGCTCAT CTCCTGCCTC AGGCCCTCTG 3050
 L  Q  E   G  A  R  Q   K  L  H   E  L  Q   E  K  L  S 166
TCTCCTTTTC CAGGTTATCC CAGAACTCCT GGGTCACAGG GCCGAGCTGT 3100
  P  L  G   E  E  M   R  D  R  A   R  A  H   V  D  A   182
TCGCGCAGCT TGCTGAAGGT GGAGGTCACG CTGTCCCAGT TGTCAAGGAG 3150
L  R  T  H   L  A  P   Y  S  D   E  L  R  Q   R  L  A  199
CTTTAGGCTG GAGGGTGAGA CAGAAGGGTT GAGGGCTGGC CTCCCAGCGC 3200
 A  R                                                  201
CCCAGCCTAT CAGGGGTGAG CCCTGGGTGA CACCTGTCCG CGGAGGTGCA 3250 | var(3220):[A:0.12]
GTGGCCTAGC ATTTCCAGTA CACTCTCAAC CAACACCCCT GCCCCGCCAG 3300
GCCATGCCCC GTTGTGCAGC TGGACCGAGG CACAGAGAGG AGCTAAAAAG 3350
GAGACAGAGC TGGGACTAGT GCCCAGTTAC GTTGGTCTCC AAAGTGGGCC 3400 | var(3368):[A:0.21]
CTTGAAGGAC CTCGCTTCTA TGCCTCCAGC GCATTCTCCT CTCCGAAGAC 3450 | var(3431):[A:0.06]
AGCCCACAGT CTTGCTGGGC AGGAGCAGAG GAGGTGGTGA AGAAGGGAAA 3500
GGGGCTTGCT ACACTTGCAG GCACAATGTG GCTCTGTGAT CACGCATCGG 3550 | var(3543):[T:0.04]
GCAGCCCTGG TCTGTCCTTT GCAGGGGACA TGGGCTGTGA CCCTGCCTGG 3600
AGATCCCATT CCGGTTTCTC CATCCAGACC ATCTGTGGGG CCCAGCTCAT 3650 | var(3613):[A:0.08]
CAGATATTAG GTGAGGACTC GGCCAGTCTG GCTTCAACAT CATCCCACAG 3700
GCCTCTGCCC CCTGCCCCTG CCCTCAACCC CAGGCTGGGT CCTTACTTTA 3750 | var(3714):[A:0.08] | Exon 2
                                                  L  E 203
GCTGTTTTCC CAAGGCGGAG CCTTCAAACT GGGACACATA GTCTCTGCCG 3800 | var(3766):[T:0.06]
  A  L  K   E  N  G   G  A  R  L   A  E  Y   H  A  K   219
CTGTCTTTGA GCACATCCAC GTACACAGTG GCCAGGTCCT TCACTCGATC 3850
A  T  E  H   L  S  T   L  S  E   K  A  K  P   A  L  E  236
CCAGGGGCTC TGGGGGGGTT CATCTTGCTG CCAGAAATGC CGAGCCTGGC 3900
 D  L  R   Q  G  L  L   P  V  L   E  S  F   K  V  S  F 253
TCCCTGAGGG TGGGAGGGGA GACCCAGATC AGGCCAGCTG TGGGCTGAGA 3950
  L                                                    254
TCTGAGCCGA AAGGCCAAGC TTGGAGGTGG GGGAGAGGGG GCCAGTGAGA 4000
AACCTGCTGC CTCTGCCCAG GAGGGTGGGC CACGGGGATT TAGGGAGAAA 4050 | var(4050):[A:0.43]
GCCCCCCGAT GGTTGGCTCC CTAGGTTAGG GGACACCTAC CCGTCAGGAA 4100 | Exon 3
                                              S  A  L  257
GAGCACGGCC AAGGTCAGCA CCGCAGCTTT CATCCTGAAG GGCCGTGGGG 4150 | UTR
 E  E  Y   T  K  K  L   N  T  Q                        267
GACCT
GGAGG AGAAGAAGGG CCTGGCTGAG TGGGGTGCCT TCAGCATGCA 4200
GAAGCCCCGT GCTCCCCCAC TCATTGCAGC CAGGTGAGGA GAAGGGCACA 4250 | var(4245):[A:0.01]
GAGCGGGAGA AGACCTCAGG TACCCAGAGG CCCGGCCTGG GGCAAGGCCT 4300 | var(4284):[A:0.12]
GAACCTTGAG CTGGGGAGCC AGAGTGACCG GGGCAGGCAG CAGGACGCAC 4350 | Exon 4 | UTR
CTCCTTCTCG CAGTCTCT
AA GCAGCCAGCT CTTGCAGGGC CTATTTATGT 4400
CTGCAGCCAG GGTCTGGGCT GGGAGGCTGA TAAGCCCAGC CCCGGCCCTG 4450 | var(4443):[T:0.19]
TTGCTGCTCA CTGGTCCTGG CAATGTGGAA CTTAAGAGTT CAAGGATCAG 4500
CTCTGTCCCT GGGGCTGGGC AAATAGAGTG GGCAAACAGC AAGCTGCGGG 4550
GGCTGCAGGG CAGGGGTCAA GGGTTCAGTG GGGGCGGGAG GGGAGTGTCT 4600
GCAGGCTTGC AGGTCTCCCG GGTGGGGTCG GGGTTCCCTG CACTCATCCC 4650
CTTCCCCTCC ATGGGAGTGT GTGGGCAGTT GCCATTGTCC ATTGTGTTGG 4700 | var(4693):[G:0.03]
CAGAGGAGGG GAGGGGAGGG ACGCTGGGAC TCCTCCACCA AGGAGACTGC 4750 | var(4732):[A:0.01]
CTCCCCCACC ACCAGCATTC CAGGGAGACT ACTTCACTCC CCTCCCCCTT 4800
CCCCCGCCCT GTCCTCCCAC CAGTGCTCTT CTTTAGTCCC CAGCAGGTCC 4850 | var(4807):[T:0.04]
TCCAGGCCTC TCTCCAAGCC TCCCAAACTG GTAAACCTGG GGAGAGGGGA 4900
GAGCCCTCCG TGGCTCCCAG ACTGAGGTTT CGGAGACCTC TTGCATTTCA 4950
AAACACTCCA GAGATCAATT CGGAGCTGCC AACTTTTAAT TTTGTCATGT 5000
AAAGATATTG TCCGCCTCCA AAAAACCCTC ACCATCTACA GTGACCATCA 5050
CTTCAAAAAG GAAAGGCTTT AACAAAAAAG GGCATAATCT CAGAATTACA 5100
TTACAGAATT GAAGCCCCTT AGATTGAAGA CGTCTCCCTT TGCATTGTTC 5150
ACACTTATAT TTGATCACGC ACAGGTGTGA CTGGATCTCA GCCCTTGGGA 5200
AGCCCTGGTG TGGGGAGAAG ACCTCTGGGC AAAGGAAGTG GCAGGAGACC 5250 | REPEAT
TGCTTTCTCA TTTCACTTGG CCTCCATCTT GCTGGAGGAA GATCGTGGGC 5300
AAGTTATATA ATCTCTCTGA GCCTCGGTT