LCAT Color FASTA
The longest form of insertion/deletion sites is shown in the FASTA sequence and contain a '-' as the alternate allele in the variation tag.
*Display courtesy of GeneSNPs
CTCGCTCGTG CAATTGTCCT CAGGCCCAGC TGGTCAAGGA TCGGCACTCG 50
GCCCTGCGGC TGGAGAGCCT GTACTCGGAC GAGGAAGATG AGTCTGCAGT 100
GGGGGCTGAC AAGATCCAGA TGACGTGGAC CAGGGACAAG TACATGACTG 150
AGACCTGGGA CCCCAGCCAT GCCCCTGACA ATTTCCGGGA GCTGGTGCAC 200
ATTAAGCCGT GAGTGCAGCA AAAACAGCCC CAGCGGCACT GGAATCTAGG 250
GGTGGAGGTG GGGTGGGGCA GACAAGTAGT GTTAGATGGG CCAGGGGTGG 300
GGACCCTCCT TGCAGGATGG CTCATGGCGA CCTGTGACTG GCTACACTAC 350
GTGTAGGGAC CAATCCAATG TGCGGCGCAT GCACACTGCT GTGAAGCTCA 400 | var(369):[C:0.01]
ATGAAGTCAT TGTCACGCGC TCCCACGACG CCCGCCTGGT TCTCCTAAAC 450
ATGCCTGGCC CACCCAGGAA CAGTGAGGGC GACGAGAACT GTATCCCTTT 500
GTGGAGAGGC AGGCAGTTGG GAGGTGGATA GCATGGGAGG TCAAGCCAGC 550
GGCTTCTCTC CTGGGCACCC CTGGGTGGGC ATGGCCCAGG TGGCCCGGGT 600
TGCCCGTTGA TTCTGTTGTT GCCTCCTTGA CTTGAGGCCC TGCAGACATG 650
GAGTTCCTCG AGGTGCTGAC CGAGGGCCTT GAGCGGGTGC TGTTGGTGCG 700
CGGTGGTGGC CGTGAAGTCA TCACCATCTA CTCCTGAGCC CAGTGTCATC 750
TTGTGGCCTG GAGTCGAGGT CTTGGCCAGG ACATAACAAG CTGTGGTCTG 800
GGGTAACAGC CTCTTCCCAG CACCCACCTG CCAGCCCTGC TTGCCTGGCC 850
CTGTCCTGGA CCCAGCTTTG CTAGGTCTCC TTGGAAACCA GGCCTGGGCC 900
TCAAAATGGA GATGGATCCC AGGTCTTGTG GGACCCTGGG ATGTTTGGGG 950
ACTTTACTAT CTAGCACCCC AGTAGGCCTG TCCTGGCCAG AGAAGACTGG 1000
TAGGGGCCGA GTGGGGTTTG AAGGCAGCCG GCCCGGCCCA GCCCAGGAGC 1050
GCTATTTATT GCATATTTAT TGTTTGGATG TCACCATCAG AGACGAAGGG 1100
AAGGGTAGCC AGGGAGGGAG TCCAGCCCAG CTGCCTGCAG GAAGATCTGG 1150
CTCAGTCTAC TATGGGCAGG GCCCCCCACC AAGCTGAGCC GAATGGAGAC 1200
AGCTGAGCTG AGGCTGAGGC CTGACTTTTT CAATAAAACA TTGTGTAGTT 1250
CTGGGCCTCC TGCTGCCCCG GCTCTGTTTC CCCTGGCGCC AAGAGAAGAA 1300
GGCGGAACTG AACCCAGGCC CAGAGCCGGC TCCCTGAGGC TGTGCCCCTT 1350
TCCGGCAATC TCTGGCCACA ACCCCCACTG GCCAGGCCGT CCCTCCCACT 1400
GGCCCTAGGG CCCTCCCACT CCCACACCAG ATAAGGACAG CCCAGTGCCG 1450
CTTTCTCTGG CAGTAGGCAC CAGGGCTGGA ATGGGGCCGC CCGGCTCCCC 1500 | Exon 1 | UTR
                                  M  G  P   P  G  S  P 7
ATGGCAGTGG GTGACGCTGC TGCTGGGGCT GCTGCTCCCT CCTGCCGCCC 1550
  W  Q  W   V  T  L   L  L  G  L   L  L  P   P  A  A   23
CCTTCTGGCT CCTCAATGTG CTCTTCCCCC CGCACACCAC GCCCAAGGCT 1600
P  F  W  L   L  N  V   L  F  P   P  H  T  T   P  K  A  40
GAGCTCAGTA ACCACACACG GCCCGTCATC CTCGGTAAGC CCCCACCAGG 1650
 E  L  S   N  H  T  R   P  V  I   L                    51
CCCCTGATGC ACCACGCCAG ACCCTGGGGA GCCTGGGCCC CAGCCCCTGG 1700 | NOT SCANNED
CAGCTGACCT GGCCAAAGCC CTTCTGCCCT GCATAAGCCC CGACATAAGT 1750
ACCTGCCCTG GTGTGGGGAG GGGCCAAAAG CTTGTCCCTT AGAGGAATGA 1800
CGTCCCTTCT CCCACCACAC TGTGACTCTC AGTTGTCTAA CCCAGGGGGG 1850
GCGGAGTGGG GGACGGGGTG TGCCTGAGGT CTTGGCTGGG GCATCACAAG 1900
CTGTGGTCAG TCACAGCCAC ACCAGACTCT GGGCCAAGCC CCACCACTCC 1950
TTCCTTGGCC CCCACCCACC AAGGACAAGA TGCCCAGCCC AGGATCGGTG 2000
AGCAGGAGAG GCCCATCCAT GCCCGGCCCC TATTAGGCCC AGCCCCCATG 2050
CCCCCAGACC TATCTGTTCC CACCTTGGAC TTTGGCAATA AAGGAGCGCC 2100 | var(2097):[G:0.32]
AGACTGGGTG TTTGCTCTGC AGAGGCAGGG GTCAGCGGCC TTGGCCTCAG 2150
CACCTCAGCG CCTTCCCTTC CTCAGGGAAG CCTGGGCTTT GGCTACTGGG 2200
GGGACAGCAG GGAGAGGGGG TGTAAGCAGG GGAGGGTAAG TGTGCTTTGT 2250
ACCTGGGGGT TGAGGGTATG GGAGGTGGGG GGTGGGTCTG GTCACTGCAG 2300
CATCTGGGGT GACGGGGGTA AGGGTCACGG GGGGAATCCA GAGTCCAGAG 2350 | var(2308):[A:0.03]
TGAGGGCTGC TGCTCACAGT GCCCGGCTGC CTGGGGAATC AGCTAGAAGC 2400 | Exon 2
                    V   P  G  C   L  G  N   Q  L  E  A 62
CAAGCTGGAC AAACCAGATG TGGTGAACTG GATGTGCTAC CGCAAGACAG 2450
  K  L  D   K  P  D   V  V  N  W   M  C  Y   R  K  T   78
AGGACTTCTT CACCATCTGG CTGGATCTCA ACATGTTCCT ACCCCTTGGG 2500
E  D  F  F   T  I  W   L  D  L   N  M  F  L   P  L  G  95
GTAGACTGCT GGATCGATAA CACCAGGTAC AGCCATGTGC TCCACCCTAG 2550
 V  D  C   W  I  D  N   T  R                           104
CCCCAACACG CTGCCCCTTG GCTACTGGCT GCTGAGTGGC ACCCCCGCCC 2600
CGCAGGGTTG TCTACAACCG GAGCTCTGGG CTCGTGTCCA ACGCCCCTGG 2650 | Exon 3
       V   V  Y  N  R   S  S  G   L  V  S   N  A  P  G 119
TGTCCAGATC CGCGTCCCTG GCTTTGGCAA GACCTACTCT GTGGAGTACC 2700
  V  Q  I   R  V  P   G  F  G  K   T  Y  S   V  E  Y   135
TGGACAGCAG CAAGCTGGCA GGTTTGTGTC AGAGGGCAGG GCTGGGGCTC 2750
L  D  S  S   K  L  A                                   142
CAGGCCTGGG TGCTGGCCCA CAGCAGGCAT GGCCCAAGCC CCCGGTGCTG 2800 | var(2786):[A:0.01] | var(2787):[A:0.02]
CTGGTCCCCC CACAGGGTAC CTGCACACAC TGGTGCAGAA CCTGGTCAAC 2850 | Exon 4
                G  Y   L  H  T   L  V  Q  N   L  V  N  154
AATGGCTACG TGCGGGACGA GACTGTGCGC GCCGCCCCCT ATGACTGGCG 2900
 N  G  Y   V  R  D  E   T  V  R   A  A  P   Y  D  W  R 171
GCTGGAGCCC GGTGAGTGTC TCTGCGGATG ACCGGCTTGG GGTGGGGCAG 2950
  L  E  P                                              174
GTGCCCCAGA CCCCAGCTGC CCTGACCCCT TCCACCCGCT GCAGGCCAGC 3000 | Exon 5
                                                G  Q   176
AGGAGGAGTA CTACCGCAAG CTCGCAGGGC TGGTGGAGGA GATGCACGCT 3050
Q  E  E  Y   Y  R  K   L  A  G   L  V  E  E   M  H  A  193
GCCTATGGGA AGCCTGTCTT CCTCATTGGC CACAGCCTCG GCTGTCTACA 3100
 A  Y  G   K  P  V  F   L  I  G   H  S  L   G  C  L  H 210
CTTGCTCTAT TTCCTGCTGC GCCAGCCCCA GGCCTGGAAG GACCGCTTTA 3150
  L  L  Y   F  L  L   R  Q  P  Q   A  W  K   D  R  F   226
TTGATGGCTT CATCTCTCTT GGGGCTCCCT GGGGTGGCTC CATCAAGCCC 3200
I  D  G  F   I  S  L   G  A  P   W  G  G  S   I  K  P  243
ATGCTGGTCT TGGCCTCAGG TGAGAAGGCC TCGAACACTT AGGTCCAGCG 3250
 M  L  V   L  A  S                                     249
ATGGGTGAGA CCAAGCTGAT CCTGGGCCTG CCTTCATTGC GGCTCCTGCT 3300
CACAGTGGCC TCTAGGGGTG CTATCTACCA CTCCTGGGCT GGCATGCTTG 3350
CTGTCACTGG CCCCCAGAGC AGTGACCCTG GCCTGAGCAA TTAGGGTGGC 3400
TCCTTCCAGA GTCTGTGTCA GTGATGGCAA AGGGGCAGTG AACACAGAAA 3450
GTGAATCCCA GCTATCTGCT CCCAGGGTTT GTTCTTGTAG CCCCAGAGCC 3500
TGCCTGCCCA GCCCTTGCCT GCCTTCCACT TGCTCGCAGG AGTGCCTTTG 3550 | var(3544):[C:0.01]
CCCAGGGATG TGCTTCACTG AGGATGGATC TGCCAGAGCT AGGGCCAGAC 3600
CCCCCGAGGC CCCACCTGCT CTTCCCTAGG GAGTGGCACC AGGGCCCAGC 3650
ACTGACACAG CTACCACCTA CTCCCCACCC CCTGTACCCT GGGAGCTGGT 3700
CTGGAGAGAG AAACACAGTC TGGACAAGAG AAACGCTCAT CAGACACCAC 3750
CAATAAACAT CAAACAGACA CCATCTTGTT TCCCCCTTTC TGGAGCACAA 3800
CTCTGTGGCC CCCATTGCTG CATAAGCCAC ACAAGGAGCA GAAAGACACA 3850
TGCCCGAGGG AGGACAGCCA GCACCGCCCC CACCATCCCC ACACATCCTG 3900
GGCCTCACCC ACCATCCCCA CACACCCTGG TCCTCAGGAA GCCCCGCCTA 3950 | REPEAT
CTTTTTTTTT TCTTTTTCAG ACAGGGTCAT TCTGTCGCCC AGGCTGGAGT 4000
GCAGTGGCGT GATCATAGCC GCAGTCTCAA TCTCCCTGGC CCAAGCAATC 4050
CTCCTGCCTC AGCCTCCTGG TTAGCTGAGA CTATAGGCAC ACAACACCAC 4100
ACCTAATTTA TTTTTGTTTT TTAGTAGAGA TGAGGTCTTG CTATGTTGCC 4150
CAGGCTGGTC TCAAACTCTT CACCTTAAGT GATCTTCCTG CCTCAGCCTC 4200
CCGAAGTGCT GGGATTACAG GCGTGAGCTA CTGTGCTGGG CCTTTTAAAA 4250 | var(4226):[C:0.01] | REPEAT
AATGTTTATT TGTTTATTTA TGTATTTTGA GATGGAGTCT CGCTCTGTTT 4300 | var(4286):[A:0.01]
CCCAGGCTGG AGTGCAGTAG TGCAATCTCC ACTCACTGCA ACCTCCATCT 4350
CCCCAGTTCA AGTGATTCTT CTGCCTCAGC CTCCCTAGTA GCTAGGATCA 4400
CAGGCATGTG CCACCACGCC TGGCTAATTT TTATATTTTT AGTAGAGATT 4450
AGGTTTCCCC ATGTTGGCCA GGCTGGTCTC GAACTCCTGA CCTTAAGTCA 4500
TCTGCCTGCC TCGGCCTCCC AAAGTGCTAG GATTACAGGT GTGAGCCACC 4550
GTACCCGGCC CTATTTATTT ATTTTTTAAG CTGGAATCTC ACTGTGTCAC 4600 | REPEAT | var(4586):[T:0.02]
CCAGGCTACA GTGCAGTGGT GCGATCATAG TTTACTGTAA CCTCAAATTC 4650
CTAGGCTCAA GCAATCTTCC TGCCTTTGCC TCCTGAGTAG CTAGGACTAG 4700
AGGTGCACTC CACTAAGCCC AGCTGATTTT TTTTTTTTTT TTTTTGTAGA 4750
GACAGGGTCT CACTGCATTG CCTAGTCTGG TCACGGACTC CTGGCCTCAA 4800
GTGATCCTCC TGCCTCAGCC TCCCAAAGTG TTGGGATTAC AGGGGTGAGC 4850
CATGGTGCCT GTCCCTGCCA TCCTTTTGAA GCCCTACAGC TCCACCCAAC 4900
AGAGGTCTTA TCAGGGCTTC TCATTGAGTA AGCTGACACT GAGCATCATT 4950
GAATATCAGG CCTGCTCAAG CCTGTGGCTT AGAGTCTGTG TCTAGATTGG 5000
GCAGGGACAA GATTGAGCAT CTGGCTGAGC CTACACTCAG CAGGTTGTGG 5050
GCCAGGGGTA GCCAGGCCTG GCTCCCTGTC CCACCTTGCT CCATATCCAC 5100
AGGTGACAAC CAGGGCATCC CCATCATGTC CAGCATCAAG CTGAAAGAGG 5150 | Exon 6
  G  D  N   Q  G  I   P  I  M  S   S  I  K   L  K  E   265
AGCAGCGCAT AACCACCACC TCCCCCTGGA TGTTTCCCTC TCGCATGGCG 5200
E  Q  R  I   T  T  T   S  P  W   M  F  P  S   R  M  A  282
TGGCCTGAGG ACCACGTGTT CATTTCCACA CCCAGCTTCA ACTACACAGG 5250
 W  P  E   D  H  V  F   I  S  T   P  S  F   N  Y  T  G 299
CCGTGACTTC CAACGCTTCT TTGCAGACCT GCACTTTGAG GAAGGCTGGT 5300
  R  D  F   Q  R  F   F  A  D  L   H  F  E   E  G  W   315
ACATGTGGCT GCAGTCACGT GACCTCCTGG CAGGACTCCC AGCACCTGGT 5350
Y  M  W  L   Q  S  R   D  L  L   A  G  L  P   A  P  G  332
GTGGAAGTAT ACTGTCTTTA CGGCGTGGGC CTGCCCACGC CCCGCACCTA 5400
 V  E  V   Y  C  L  Y   G  V  G   L  P  T   P  R  T  Y 349
CATCTACGAC CACGGCTTCC CCTACACGGA CCCTGTGGGT GTGCTCTATG 5450
  I  Y  D   H  G  F   P  Y  T  D   P  V  G   V  L  Y   365
AGGATGGTGA TGACACGGTG GCGACCCGCA GCACCGAGCT CTGTGGCCTG 5500
E  D  G  D   D  T  V   A  T  R   S  T  E  L   C  G  L  382
TGGCAGGGCC GCCAGCCACA GCCTGTGCAC CTGCTGCCCC TGCACGGGAT 5550
 W  Q  G   R  Q  P  Q   P  V  H   L  L  P   L  H  G  I 399
ACAGCATCTC AACATGGTCT TCAGCAACCT GACCCTGGAG CACATCAATG 5600
  Q  H  L   N  M  V   F  S  N  L   T  L  E   H  I  N   415
CCATCCTGCT GGGTGCCTAC CGCCAGGGTC CCCCTGCATC CCCGACTGCC 5650
A  I  L  L   G  A  Y   R  Q  G   P  P  A  S   P  T  A  432
AGCCCAGAGC CCCCGCCTCC TGAATAAAGA CCTTCCTTTG CTACCGTAAG 5700 | UTR
 S  P  E   P  P  P  P   E                              440
CCCTGATGGC TATGTTTCAG GTTGAAGGGA GGCACTAGAG TCCCACACTA 5750
GGTTTCACTC CTCACCAGCC ACAGGCTCAG TGCTGTGTGC AGTGAGGCAA 5800
GATGGGCTCT GCTGAGGCCT GGGACTGAGC TGGGCACCCT AGATGTACAG 5850
CTGCCCACTC TCCTGGTCGA GCTGTTGAGG CAGTGTGCAC CGTGCCTGCC 5900
TCTGTGCTGG GCGCGGGGAC TGGAGCTGGC TCCACCCACA GCCCTGTCAG 5950 | var(5909):[A:0.08]
AGGAGCACGG GGCGGTGGGG GGGCGGTGAC AATTTGAGCT GTCTCTCCCA 6000 | var(5953):[A:0.06] | var(5971):[C:0.06]
GCTCCCAAAA GGGCAGGTGA GACGACCTTT TGAGTGCTGG GTGAATGACA 6050
GGGCCACAAG TGTTTAGAGG CCGGGCACGG TGGCTCACGC CTGTAATCCT 6100 | REPEAT
GGCACTTTGG GAGACCGAGG CAGGCGGATC ACCTGAACTC AGGAGTTTGA 6150
GACCAGCCAG GCCAACATGG CAGAAACCCC CGTCTCTACT AAAATACAAA 6200
ATATTTGCCA GGCGTGGTGG CATGCATCTG TCGTCCCAGC TACTCAGGAG 6250
GCTGAGGCAC GAGAATCATT TGAACCTGGG AGGTGGAGGT CACTGTGAGC 6300
CGAGATCACG TCGTTGCACT CCAGACTGGG CGGCAGAATG AGACTGTCTC 6350
AAAAAAAAAG AGACTGGGTC TCAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAGTTAGA 6400
ATTAAAATCT GGGAGTGACA ACCATTAATC AGATCATTTC ACTAATGGAA 6450
GTTTAATTAC TAATGAAGCT AAATGCTCTG AGAAAAGCTT AGGAAGCACA 6500
AGAGGCTGAG CCTTTCAGGT CAGCAAAGAC TTCCCAGAGG AGGCAGTGCC 6550
TACACTGAGG TCAGAGTGAC AAGAAGAGTA ATGGACCACT GTAAAGACTT 6600
GGGTTCGGCC GGGCGCGGTG GCTCACGCCT GTAATCCCAG CACTTTGGGA 6650 | REPEAT
GGCCGAGGCG GGTGGATCAT GAGGTCAGGA GATCGAGACC ATCCTGGCTA 6700
ACAAGGTGAA ACCCGTCTCT ACTAAAAATA CAGAAAATTA GCCGGGCGCG 6750 | NOT SCANNED
GTGGCGGGCG CCTGTGGTCC CAGCTACTCG GGAGGCTGAG GCAGGAGAAT 6800
GGCGTGAACC CGGGAAGCGG AGCTTGCCAG TGAGCCGAGA TTGCGCCACT 6850
GCAGTCCGCA GTCCG
GCCTG GGCGACAGAA GCGAGACTCC GTCTCAAAAA 6900
AAAAAAAAGA CTTGGGTTTG ACTTGATTGA GCCCAGGAGT TCGAGACAAG 6950 | REPEAT
GCCTGGGCAA TATAGTGAGA CCTCATCTCT ACAAAAATTT TAAAAATTAG 7000 | REPEAT
CCTGGTGCGG TGGCTCATGC CTGTAATCCC AGCACTCTGG GAGGCCGAGG 7050
TGGGCGGATC ACTTGAGGTC AGAAGTTTGA GACCACCCTG ACCAACATGG 7100
AGAAACCCCG TCTCTACTAA AAATACAAAA TTAGCCGGGC ATGGTGGCGC 7150
ATGCCTGTAA TCCCAGCTAC TCGGGAGGCT GAGGCAGGAG AATTGTTTGA 7200
ACCTGGGAGG TGGACGTTGC GGTGAGCCAA GATCAC