List of haplotypes found in best reconstruction, with frequencies in parentheses. 1: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T A G G G T (1) 2: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T (5) 3: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (7) 4: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C G T A G T G T (1) 5: C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C C A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C G G A I G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C C C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (2) 6: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T D A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (1) 7: C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A D C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C G G A I G A C G T C A C G T T A T T G G G C A T C C G C G G A G G C A C T C A T C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T T A T A G G A T (2) 8: C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T (5) 9: C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A D G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (3) 10: C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G A D G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C C C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T C A T A G G A T (1) 11: C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A A C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C A C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A C C G G A I G G C G T C C T A T C G C C T G G C G C T A A G C A A A A C G G G T C C T T C C A C T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G G T (2) 12: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C G T A G T A T (1) 13: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (1) 14: C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (2) 15: C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C G G A D G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C C C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T C A T A G G A T (1) 16: C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I G A C G T A C T G T C G C C T G G C A C C C G C G G G G G C G G G C A T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T (1) 17: C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C G G A I A A C G T C A C G T T A T T G G G C G T T A G G C A A G A C A C T C C T C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T C A T C G G A T (1) 18: C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T A G G A T (1) 19: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (1) 20: C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T T A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T D A A C G T A C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T (1) 21: C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G A I G G C G T C C T A T C G C C T G G C G C T A A G C A A A A C G G G T C C T T C C A C T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G G T (1) 22: C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A A C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C A C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A C C G G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T (1) 23: C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T (1) 24: C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T A G G G T (1) 25: C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G A I G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C C C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T C A T A G G A T (1) 26: C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C C A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T (1) Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) E001: (1,2) E002: (3,4) E003: (5,6) E004: (7,8) E005: (5,3) E006: (9,9) E007: (8,8) E008: (3,10) E009: (11,12) E010: (2,13) E011: (14,15) E012: (9,3) E013: (8,2) E014: (16,17) E015: (11,18) E016: (19,2) E017: (8,2) E018: (7,20) E019: (3,3) E020: (3,21) E021: (22,23) E022: (24,14) E023: (25,26) Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: E001 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T A G G (G) T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G (A) T E002 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T (A) T A G (G) A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C (G) T A G (T) G T E003 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C (C) A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C G G A (I) G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A (G) G A C G G G C C C C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C (T) A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T (D) A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A (A) G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T E004 C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A D C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C G G A I G A C G T C A C G T T A T T G G G C A T C C G C G G A G G C A C T C A T C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T T A T A G G A T C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T E005 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C C A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C G G A I G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C C C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T E006 C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A [D] G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A [D] G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T E007 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T E008 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T (I) A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G A (D) G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C C C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T C A T A G G A T E009 C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A A C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C A C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A C C G G A I G G C G T C C T A T C G C C T G G C G C T A A G C A A A A C G G G T C C T T C C A C T A A T T T A T G T G C T T (T) (A) T A G (G) (G) T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (C) (G) T A G (T) (A) T E010 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C (C) C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C (T) C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T E011 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C (T) A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C (A) G T (I) A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (T) A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C (C) A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C (G) G A (D) G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C C C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T (C) A T A G G A T E012 C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A [D] G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T E013 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T E014 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C (A) G (T) I (G) A C G T (A) (C) (T) G T (C) (G) (C) (C) (T) G G C (A) (C) (C) (C) G (C) (G) (G) (G) G (G) C (G) (G) (G) C (A) T C G C C A T T A A T (T) T A T G T G C T T C A T C G G A T C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A [G] C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C (G) G (A) I (A) A C G T (C) (A) (C) G T (T) (A) (T) (T) (G) G G C (G) (T) (T) (A) G (G) (C) (A) (A) G (A) C (A) (C) (T) C (C) T C G C C A T T A A T (C) T A T G T G C T T C A T C G G A T E015 C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A A C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C A C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A C C G G A I G G C G T C C T A T C G C C T G G C G C T A A G C A A A A C G G G T C C T T C C A C T A A T T T A T G T G C T T (T) A T A G G (G) T C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (C) A T A G G (A) T E016 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (T) A T (A) G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (C) A T (C) G G A T E017 C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T E018 C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A D C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T (C) A G C I C G C T G G A A T C G A T C G G A (I) G A C G T (C) A C G T T A T T G G G C A T C C G C G G A G G C A C T C A T C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T T A T A G G A T C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C T A A T (T) A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T (D) A A C G T (A) C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T E019 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T T A T A G G A T E020 C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G (T) I (A) (A) C G T C C T (G) T C G C C T G G C G C T A (G) G C A (G) (G) A C G G G (C) C (T) (C) (G) C C A (T) T A A T T T A T G T G C T T (T) A T (A) G G (A) T C G A T T T C T G A C C G T I C A T G C G C T C T G C C A G I G D G A A A D G G T G A G G T C C C I T G G A T G A G G G A A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C C C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G (A) I (G) (G) C G T C C T (A) T C G C C T G G C G C T A (A) G C A (A) (A) A C G G G (T) C (C) (T) (T) C C A (C) T A A T T T A T G T G C T T (C) A T (C) G G (G) T E021 C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A A C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C A C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A C C G G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T C T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T C A T C G G A T E022 C G A T T T T T G A C C G T D C A T G C G C T C T G T C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C A D C T T A T G A A G A G A D T A C A A A C C G A T A T T C C C A T T T (C) T A A C G A C D T A C T A G A A T T G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (C) A T A G G (G) T C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C (T) A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (T) A T A G G (A) T E023 C G A T T T C T G A C C G T I C A C G C G C T C T G C C C T I C I A A A A I G A A G G A G C T C C D C T T A T G A A G A G A I C C C G G G A T A A C G T T T A C D C T C C A A T C A G C I C G C T G G A A T C G A T C A G A I G A T C T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A A G A C G G G C C C C G C C A T T A A T C T A T G T G C T T (C) A T A G G A T C A T T A G T T A A C C C C I C A T G T G C T C T G T C A T I G D A A A A D G G T A A G G T C C C I T G G C T G G A G G A G I C C C G A G A T A G C G T T T A C D C T C C A A T T A G D I C G C T G G A A T C G A T C A G T I A A C G T C C T G T C G C C T G G C G C T A G G C A G G A C G G G C C T C G C C A T T A A T T T A T G T G C T T (T) A T A G G A T Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = (A) = E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T (A) = = = (G) A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C (G) = = = (T) G = E003 = A T = A G T ? A = = = C C = = = = = T = = = = = = T = = T = = = A = = = = = = = A = = = = = = = = = = = C = = G A = = = G = = = = = A = = = = G = = = = = = = = = T = (C) = = = T = = D = = = = = = = = = = = = = = = G = A (I) G = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = T T C ? G = = = G T = = = = = C = = = = = = C = = G = = = G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = A G = = = A = = = = = G = = = = A = = = = = = = = = C = (T) = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = A = T (D) A = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E004 = G A = T T C = G = = = G T = = = C = C = = = = = = C = C = = C I = = = = ? = A A G G A = C T = = D C T T A = = A = = A G A D = = = = G = = = = A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = G = = = = = A C = = T A T T G = = = A T C C = C G G A = G = A C T = A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = T = = A = = = = = A T = A G T = A = = = C C = = = T = T = = = = = = T = A = = G D = = = = ? = G T A A G = T C = = I T G G C = = G = = G A G I = = = = A = = = = G = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = A = = = = = C T = = C G C C T = = = G C T A = G C A G = A = G G G = C = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = C = = C = = = = E005 = A T = A G T = A = = = C C = = = = = T = = = = = = T = = T = = = A = = = ? = = = A = = = = = = = = = = = C = = G A = = = G = = = = = A = = = = G = = = = = = = = = T = = = = = T = = D = = = = = = = = = = = = = = = G = A = G = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G A = T T C = G = = = G T = = = = = C = = = = = = C = = G = = = G = = = ? = = = G = = = = = = = = = = = A = = A G = = = A = = = = = G = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = A = T = A = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = E006 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A G = G D G = = = D = G T = A G = T C = = I T G G = = = = G = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T (I) A = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C T = C I A = = = I = A A = G A = C T = = D C T T = = = = A = A G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A (D) G = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = C = = = = = = = E009 = ? = = = = T = = = = = ? = D = = = = = = = = = = = T = C T = C I A = = = ? ? A A = G A A C T = A D C T T = = = = A = A G = D T A = A A A ? ? ? = T A = = C = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? G = A = G G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = A A = = = = = T = C T T = = = C = = = = = = = = = = = = = = (T) (A) = = = (G) (G) = = ? = = = = C = = = = = ? = I = = = = = = = = = = = C = A G = G D G = = = ? ? G T = A G G T C = C I T G G = = = = G = G A = I C C = G G G ? ? ? = C G = = T = = D C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? A = T = A A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = = = G G = = = = = C = T C G = = = T = = = = = = = = = = = = = = (C) (G) = = = (T) (A) = E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A = = = = E011 = A T = A G T = A = = = ? C = = = T = T = = = = = = T = A = = G D = = = = D = G T A A G ? T C = = I T G G C = = G = = G A G = = = = = A = = = = G = = = = = = = = = = = (T) = = = T = = D = = = = = = = = = = = = = = = (A) = T (I) A = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = G A = T T C = G = = = ? T = = = C = C = = = = = = C = C = = C I = = = = I = A A G G A ? C T = = D C T T A = = A = = A G A = = = = = G = = = = A = = = = = = = = = = = (C) = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = (G) = A (D) G = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = (C) = = = = = = = E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C T = C I A = = = ? = A A = G A = C T = = D C T T = = = = A = A G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A G = G D G = = = ? = G T = A G = T C = = I T G G = = = = G = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E013 = A T = A G T = A = = = ? C = = = = = T = = = = = = T = = T = = = A = = = = = = = A = = = = = = = = = = = C = = G A = = = G = = = = = A = = = = G = = = = = = = = = T = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = T T C = G = = = ? T = = = = = C = = = = = = C = = G = = = G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = A G = = = A = = = = = G = = = = A = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E014 = A T = A G = = A = = = ? C I = = = = T = = = = = = = = A = = G D = = = = ? = G T A A G ? T C = C I T G G C = = G = = G A G I C C = G = G A T A G C G = = T A = D C = C T A = T = A G = I C G = = G = = = = C = = = = (A) = (T) = (G) = = = = (A) (C) (T) = = (C) (G) (C) (C) (T) ? = = (A) (C) (C) (C) = (C) (G) (G) (G) = (G) = (G) (G) (G) = (A) = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = T T = = G = = = ? T D = = = = C = = = = = = = = C = = C I = = = = ? = A A G G A ? C T = A D C T T A = = A = = A G A D T A = A = A C C G A T A = = C C = A T = T C T = A = G A = D T A = = A = = = = T = = = = (G) = (A) = (A) = = = = (C) (A) (C) = = (T) (A) (T) (T) (G) ? = = (G) (T) (T) (A) = (G) (C) (A) (A) = (A) = (A) (C) (T) = (C) = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = G = A = G G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = A A = = = = = T = C T T = = = C = = = = = = ? = = = = = = = (T) = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = A = T = A A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = = = G G = = = = = C = T C G = = = T = = = = = = ? = = = = = = = (C) = = = = = (A) = E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = T = A = G A = D T A = = A = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C C = A = T = A G = I C G = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = (C) = = = = E017 = A T = A G T = A = = = ? C = = = = = T = = = = = = T = = T = = = A = ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = C = = G ? = = = ? ? = = = = A = = = = G = = = ? = = = = = T = T = ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = G A = T T C = G = = = ? T = = = = = C = = = = = = C = = G = = = G = ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = A = = A ? = = = ? ? = = = = G = = = = A = = = ? = = = = = C = C = ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = E018 = G A = T T C = G = = = G T = = = C = C = = = = = = C = C = = C I = = = = I = A A G G A = ? ? ? ? D C T T A = = A = = A G A D = = = = G = ? = = A = = = = = = = = = = = C = = = (C) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = A (I) G = = = = (C) A C = = T A T T G = = = A T C C = C G G A = G ? A C T = A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = T = = A = = = = = A T = A G T = A = = = C C = = = T = T = = = = = = T = A = = G D = = = = D = G T A A G = ? ? ? ? I T G G C = = G = = G A G I = = = = A = ? = = G = = = = = = = = = = = T = = = (T) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = T (D) A = = = = (A) C T = = C G C C T = = = G C T A = G C A G = A ? G G G = C = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = C = = C = = = = E019 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E020 = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = (T) = (A) (A) = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = (G) = = = (G) (G) = = = = = (C) = (T) (C) (G) = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = (T) = = (A) = = (A) = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = (A) = (G) (G) = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = (A) = = = (A) (A) = = = = = (T) = (C) (T) (T) = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = (C) = = (C) = = (G) = E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E022 = G A = T T = = G = = = G T D = = = = C ? ? = = = = = = C = = C ? = = ? ? ? = A A G G A = C T = A D C T T A = = A = = A G A D T A = A = A C C G A T A = = C C = A T = T (C) T = A C G A C D T A = = A = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = (G) = = A T = A G = = A = = = C C I = = = = T ? ? = = = = = = A = = G ? = = ? ? ? = G T A A G = T C = C I T G G C = = G = = G A G I C C = G = G A T A G C G = = T A = D C = C (T) A = T T A G D I C G = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = (A) = E023 = G A = T T C = G = = = ? T = = = C = C = = = = = = C = C = = ? ? = = = = ? = A A G G A = C T = = D C ? ? A = = A = = A ? A = = = = = G = = = = A = = = = = = = ? = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = A T = A G T = A = = = ? C = = = T = T = = = = = = T = A = = ? ? = = = = ? = G T A A G = T C = = I T ? ? C = = G = = G ? G = = = = = A = = = = G = = = = = = = ? = = = = = = = T = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = (T) = = = = = = = Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 0.52 = = = 0.52 1 = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = 1 1 = = = = = 1 = = = = = = 1 = = 1 = = = 1 = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = 1 1 = = = 1 = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = 0.99 = 0.52 = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 0.67 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = 1 1 = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = 1 = = 1 1 = = = = = = 1 1 1 1 1 = 0.99 0.99 = = 1 1 1 1 1 = = 1 = = 1 1 1 1 = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 = 1 = = = = = 1 1 = = 1 1 1 1 1 = = = 1 1 1 1 = 1 1 1 1 = 1 = 1 1 1 = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = 0.99 = = = = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = 1 1 = = = = = 1 = = = = = = 1 = = 1 = = = 1 = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = 1 1 = = = 1 = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = 0.99 = = = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 1 = 1 0.99 1 = = = 0.99 = 1 1 = 1 1 = 1 1 = = 1 1 1 1 = = = = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 0.64 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 0.9 = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = 1 1 = 1 1 1 = = = = = 1 1 = 1 1 0.99 1 1 = 1 1 1 1 1 = = = = 1 = 1 1 = 1 1 1 = 1 1 1 = = = = 1 1 = = 1 = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = 1 = = = 1 1 = = = = = 1 = 1 1 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = 0.63 0.54 = = = 0.54 0.79 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = 1 = = = = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = = 1 = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = 1 = = 1 0.97 = = = = 0.96 = 1 1 1 1 1 = 1 1 = = 1 1 0.99 1 1 = = 1 = = 1 1 1 = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = 0.77 = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = 1 0.8 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 1 = 1 1 1 = = = = = 1 1 = 1 1 = 1 1 = = 1 1 1 1 = = = = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = = 1 = = = = = 1 = = = = = = 1 = = 1 = = = 1 = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = 1 1 = = = 1 = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 1 = = 1 = = = = 1 1 = = = = 1 = = = = = = = = 1 = = 1 1 = = = = = = 1 1 1 1 1 = 1 1 = 1 1 1 1 1 1 = = 1 = = 1 1 1 1 1 1 = 1 = 1 1 1 1 1 1 1 = = 1 0.97 = 1 1 = 1 1 1 = 1 = 1 1 = 1 1 1 = = 1 = = = = 1 = = = = 0.53 = 0.52 = 0.52 = = = = 0.53 0.51 0.5 = = 0.51 0.5 0.51 0.53 0.5 = = = 0.5 0.5 0.5 0.5 = 0.5 0.51 0.5 0.51 = 0.5 = 0.5 0.5 0.5 = 0.51 = = = = = = = = = = = 0.5 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = 1 = = = 1 1 = = = = = 1 = 1 1 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = 0.76 = = = = = 0.65 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 = 1 = 1 1 = 1 1 1 = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = 0.75 = = = = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = = 1 = = = = = 1 = = = = = = 1 = = 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = 1 1 = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = 1 = = 1 1 = = = = 0.97 = 1 1 1 1 1 = = = = = 1 1 1 1 1 = = 1 = = 1 1 1 1 = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = 0.56 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 1 0.53 1 = = = = 0.54 1 1 = = 1 1 1 1 1 = = = 1 1 1 1 = 1 1 1 1 = 1 = 1 1 1 = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.57 = 0.52 0.56 = = = = = = 0.55 = = = = = = = = = = = = = 0.57 = = = 0.54 0.59 = = = = = 0.58 = 0.58 0.58 0.6 = = = 0.59 = = = = = = = = = = = = = = 0.85 = = 0.78 = = 0.64 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 1 = = 1 = = = 0.99 1 1 = = = = 1 = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = = 1 1 1 1 1 = 1 1 = 1 1 1 1 1 1 = = 1 = = 1 1 1 1 1 1 = 1 = 1 1 1 1 1 1 1 = = 1 1 = 1 1 = 1 0.7 1 = 1 1 1 1 1 1 1 1 = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.82 = = = = = 0.68 = = 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = = 1 = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = 1 1 1 1 1 = 1 1 = = 1 1 = = 1 = = 1 = = 1 = 1 = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = =