Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz hz 000063 + 0.05 0.02 0.03 - 0.95 0.98 0.97 0.09 0.04 0.06 000675 T 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 001112 G 0.17 0.46 0.31 A 0.83 0.54 0.69 0.28 0.50 0.43 001433 T 0.09 0.36 0.23 C 0.91 0.64 0.77 0.17 0.46 0.35 001684 T 0.33 0.17 0.25 C 0.67 0.83 0.75 0.44 0.29 0.38 001800 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 001962 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 002111 - 0.19 0.39 0.30 + 0.81 0.61 0.70 0.31 0.48 0.42 002235 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002289 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002404 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002730 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 002996 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003199 G 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 003376 A 0.04 0.17 0.11 T 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 003553 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 003753 T 0.10 0.46 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0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029318 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029319 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029516 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029820 T 0.07 0.00 0.04 A 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 029910 T 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 030006 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 030490 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030536 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030761 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 031117 C 0.07 0.09 0.08 A 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 031359 T 0.25 0.22 0.23 C 0.75 0.78 0.77 0.38 0.34 0.36 031661 G 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 031665 A 0.04 0.20 0.12 T 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 031796 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 031873 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032063 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032921 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033055 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033338 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033528 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 034904 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 036058 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036099 T 0.17 0.50 0.33 C 0.83 0.50 0.67 0.28 0.50 0.44 036530 A 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 036708 T 0.17 0.50 0.33 C 0.83 0.50 0.67 0.28 0.50 0.44 037311 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 037379 T 0.15 0.23 0.18 C 0.85 0.77 0.82 0.25 0.35 0.30 038167 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 038707 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 038998 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 039043 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 039294 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 039835 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 039864 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 039900 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 040076 A 0.06 0.15 0.10 G 0.94 0.85 0.90 0.12 0.26 0.18 040564 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 041101 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 041375 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 041520 C 0.06 0.17 0.12 G 0.94 0.83 0.88 0.12 0.29 0.21 041572 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 041726 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042343 T 0.25 0.22 0.23 C 0.75 0.78 0.77 0.38 0.34 0.36 042651 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 042991 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 043150 A 0.17 0.20 0.18 G 0.83 0.80 0.82 0.29 0.31 0.30 043393 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043418 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 043622 G 0.15 0.24 0.19 A 0.85 0.76 0.81 0.26 0.36 0.31 043790 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 044050 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 044060 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 044481 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000063: T 002111: tggcgctgc 013322: AGATG 015273: T 019745: A