Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000063 ++ 1 0 1 +- 0 1 1 -- 21 22 43 22.000 0.011 19.316 000675 GG 16 23 39 GT 7 0 7 TT 1 0 1 0.044 0.000 0.919 001112 AA 17 6 23 AG 6 13 19 GG 1 4 5 0.240 0.445 0.130 001433 CC 18 9 27 CT 4 10 14 TT 0 3 3 0.220 0.007 0.390 001684 CC 9 16 25 CT 13 6 19 TT 1 1 2 1.882 0.195 0.473 001800 CC 18 22 40 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.056 001962 CC 20 23 43 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 002111 ++ 13 8 21 +- 8 12 20 -- 0 3 3 1.163 0.209 0.371 002235 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002289 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002404 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002730 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 22 41 0.118 0.000 0.055 002996 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003199 AA 14 22 36 AG 10 0 10 GG 0 0 0 1.662 0.000 0.684 003376 AA 0 1 1 AT 2 6 8 TT 22 16 38 0.045 0.195 0.516 003553 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 003753 GG 16 6 22 GT 4 13 17 TT 0 4 4 0.247 0.445 0.073 003957 AA 18 21 39 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.220 0.000 0.102 004160 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 004441 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 004795 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 004994 CC 17 9 26 CT 5 11 16 TT 0 3 3 0.362 0.016 0.063 005255 AA 1 1 2 AC 8 6 14 CC 13 14 27 0.027 0.114 0.011 005977 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005992 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006023 AA 0 0 0 AT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 006035 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006138 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 1 0 1 9.967 0.000 19.761 006226 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006355 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006467 CC 19 6 25 CT 4 13 17 TT 0 4 4 0.209 0.445 0.202 006514 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 006519 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 23 44 0.012 0.000 0.006 006551 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 17 23 40 0.362 0.000 0.156 006579 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 23 43 0.012 0.000 0.006 006703 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 006704 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 006896 GG 0 0 0 GT 0 3 3 TT 22 20 42 0.000 0.112 0.054 007387 AA 2 0 2 AG 9 2 11 GG 11 21 32 0.007 0.048 0.648 007518 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007651 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007761 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 15 23 38 1.019 0.000 0.417 007960 CC 14 23 37 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.086 0.000 0.428 008293 CC 2 0 2 CT 10 2 12 TT 12 19 31 0.002 0.053 0.347 008534 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008691 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008759 CC 18 23 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.152 009283 CC 0 4 4 CT 5 13 18 TT 18 6 24 0.342 0.445 0.056 009333 AA 17 6 23 AG 5 11 16 GG 1 6 7 0.571 0.043 2.002 009566 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 010294 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 010968 AA 21 22 43 AG 2 1 3 GG 0 0 0 0.048 0.011 0.052 011518 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 012030 AA 15 23 38 AT 9 0 9 TT 0 0 0 1.278 0.000 0.527 012182 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 012482 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012489 AA 22 22 44 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.006 012947 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 013162 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013163 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013322 ++ 14 21 35 +- 8 2 10 -- 2 0 2 0.296 0.048 1.214 013545 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 013734 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 21 22 43 0.048 0.000 0.023 013903 AA 15 23 38 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.408 0.000 0.164 014170 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 14 21 35 0.840 0.000 0.347 014176 GG 0 0 0 GT 8 0 8 TT 13 22 35 1.163 0.000 0.452 014336 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 014515 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014625 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 014731 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015272 AA 0 0 0 AT 2 9 11 TT 22 14 36 0.045 1.361 0.826 015273 ++ 22 14 36 +- 2 9 11 -- 0 0 0 0.045 1.361 0.826 015590 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015660 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015699 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016184 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 016225 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 016796 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 16 23 39 0.062 0.000 0.026 017049 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017100 AA 17 23 40 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.517 0.000 0.224 017187 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 017370 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 017372 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017533 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 017860 AA 2 0 2 AC 7 2 9 CC 14 21 35 0.616 0.048 1.727 017986 CC 19 6 25 CT 4 12 16 TT 0 4 4 0.209 0.220 0.372 018343 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 018435 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 018661 AA 0 0 0 AT 9 0 9 TT 15 23 38 1.278 0.000 0.527 018677 CC 18 6 24 CT 5 11 16 TT 1 5 6 0.644 0.000 1.467 019184 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 019218 AA 0 0 0 AC 8 0 8 CC 15 23 38 1.019 0.000 0.417 019243 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 21 41 0.050 0.000 0.024 019745 ++ 19 17 36 +- 2 0 2 -- 0 0 0 0.053 0.000 0.028 020799 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020804 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021613 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 20 41 0.048 0.000 0.024 021689 AA 0 1 1 AG 5 7 12 GG 18 13 31 0.342 0.002 0.016 022594 CC 6 19 25 CG 13 2 15 GG 3 0 3 0.917 0.053 0.130 022693 CC 0 0 0 CT 8 0 8 TT 16 23 39 0.960 0.000 0.407 022763 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023011 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023087 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 023352 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 21 43 0.011 0.000 0.006 023533 CC 4 0 4 CT 14 2 16 TT 6 21 27 0.734 0.048 0.516 023571 AA 14 12 26 AC 9 9 18 CC 1 2 3 0.091 0.028 0.002 024103 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 024283 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 024469 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 024542 AA 24 20 44 AC 0 2 2 CC 0 1 1 0.000 4.707 10.729 024581 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 024900 AA 1 6 7 AC 6 11 17 CC 17 6 23 0.240 0.043 1.553 025245 CC 20 21 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.055 025246 AA 21 21 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.024 025288 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 025456 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 025534 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 025594 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 025856 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 025874 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 027156 AA 0 1 1 AG 1 7 8 GG 23 15 38 0.011 0.025 0.516 027395 CC 3 0 3 CT 9 4 13 TT 12 19 31 0.389 0.209 0.954 027598 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 027610 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 027730 GG 0 0 0 GT 6 0 6 TT 17 23 40 0.517 0.000 0.224 027745 AA 21 23 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.048 0.000 0.023 027904 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 028186 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 028188 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 028274 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 028362 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 028453 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 028524 AA 1 0 1 AG 0 0 0 GG 23 22 45 24.000 0.000 46.000 028536 CC 18 12 30 CT 5 8 13 TT 1 2 3 0.644 0.153 0.872 028869 GG 18 11 29 GT 5 9 14 TT 1 2 3 0.644 0.007 0.513 029130 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029131 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029184 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029236 AA 18 7 25 AG 5 11 16 GG 0 5 5 0.342 0.030 0.930 029242 AA 15 20 35 AG 7 3 10 GG 1 0 1 0.025 0.112 0.080 029292 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 029308 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 23 21 44 0.000 0.048 0.023 029318 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029319 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029516 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029820 AA 19 19 38 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.059 029910 GG 22 17 39 GT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.059 0.026 030006 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 030490 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 030536 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 030761 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 031117 AA 20 19 39 AC 3 4 7 CC 0 0 0 0.112 0.209 0.312 031359 CC 13 14 27 CT 7 8 15 TT 2 1 3 0.505 0.011 0.210 031661 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 031665 AA 0 1 1 AT 2 7 9 TT 22 15 37 0.045 0.025 0.253 031796 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 031873 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032063 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 032921 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033055 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 033338 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 033528 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 034904 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 036058 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 036099 CC 17 6 23 CT 6 11 17 TT 1 6 7 0.240 0.043 1.553 036530 AA 0 0 0 AC 4 0 4 CC 19 23 42 0.209 0.000 0.095 036708 CC 17 6 23 CT 6 11 17 TT 1 6 7 0.240 0.043 1.553 037311 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 037379 CC 18 13 31 CT 5 8 13 TT 1 1 2 0.644 0.027 0.177 038167 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 038707 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 21 45 0.000 0.012 0.006 038998 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 039043 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 039294 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 039835 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 039864 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.517 0.000 0.224 039900 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 040076 AA 0 0 0 AG 3 6 9 GG 21 14 35 0.107 0.623 0.571 040564 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 041101 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 041375 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 041520 CC 0 1 1 CG 3 6 9 GG 21 16 37 0.107 0.195 0.253 041572 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 041726 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 042343 CC 14 14 28 CT 8 8 16 TT 2 1 3 0.296 0.011 0.120 042651 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 22 41 0.324 0.000 0.152 042991 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 043150 AA 0 1 1 AG 8 7 15 GG 15 15 30 1.019 0.025 0.312 043393 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 043418 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 043622 AA 17 12 29 AG 5 8 13 GG 1 1 2 0.571 0.053 0.120 043790 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 044050 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 044060 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 044481 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000063: T 002111: tggcgctgc 013322: AGATG 015273: T 019745: A