List of haplotypes found in best reconstruction, with frequencies in parentheses. 1: C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T (7) 2: C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C (3) 3: C C G A C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T (2) 4: T C G A C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T (2) 5: T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T (2) 6: C C A C C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T (1) 7: C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C (1) 8: C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T (6) 9: C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T (2) 10: C C A C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T (2) 11: C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T (8) 12: C C G C C G G G C C G A G G C C G G A G G C G G G G C C G T C G G C C C T G C C (2) 13: C C G C C G G G C C G A G G T C G A A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T (3) 14: C T G C T G G G C C G T G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T (1) 15: C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T (1) 16: C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T (3) 17: C C G C C G G C C C G A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T (1) 18: C C G C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T (1) Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) D001: (1,2) D002: (3,3) D003: (4,5) D004: (6,1) D005: (7,8) D006: (1,8) D007: (2,9) D008: (10,9) D009: (10,11) D010: (12,8) D011: (1,8) D012: (8,11) D013: (13,1) D014: (14,13) D015: (4,11) D016: (5,11) D033: (1,8) D034: (15,16) D035: (1,11) D036: (16,11) D037: (13,17) D038: (2,11) D039: (11,18) D040: (12,16) Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: D001 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C D002 C C G A C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D003 T C G A C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T D004 C C A C C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T D005 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T D006 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T D007 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T D008 C C A C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T D009 C C A C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D010 C C G C C G G [G] C C G A G G C C G G A G G C G G G G C C G T C G G C C C T G C C C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T D011 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T D012 C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D013 C C G C C G G G C C G A G G T C G A A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T D014 C T G C T G G G C C G T G G T C G G (T) G G C G G G G C C (T) T C G G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G A (A) G G C G G G G C C (G) T C G G G T T T G C T D015 T C G A C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D016 T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D033 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T D034 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T D035 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C [T] T C G G G T T T G C T D036 C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D037 C C G C C G G G C C G A G G T C G A A G G C G G G G C C [G] T C G G G T T T G C T C C G C C G G C C C G A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T D038 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T D039 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T D040 C C G C C G G [G] C C G A G G C C G G A G G C G G G G C C G T C G G C C C T G C C C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = D001 = = G ? ? ? A G = C = T = A = = = = = = = C = = = T C = ? C = A G G T T = = = T = = A ? ? ? G C = G = A = G = = = = = = = T = = = G T = ? T = G A C C C = = = C D002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = D003 = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D004 = = A = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = G = = = T = G = ? = = = = = = = = G = = = = = = = = T = A = = = = = = = = = = = T = = = C = A = ? = = = = = = D005 = = A = = = = C ? G = = = = = = = = = = = T = = G ? = = = = = = A ? C C = = = C = = G = = = = G ? C = = = = = = = = = = = C = = A ? = = = = = = G ? T T = = = T D006 = = = = = = A = = = = T = A = = = = = = = = = = G T = = = C = A = ? ? = = = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = = = = = = = = A G = = = T = G = ? ? = = = = = D007 = C A = C = = C = G = A = = = = = = = = = T = = = = T = = = = G A C C ? T = = C = T G = T = = G = C = T = = = = = = = = = C = = = = C = = = = A G G T ? C = = T D008 ? C A = C = A = = G = A = = = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = T = = = ? T G = T = G = = C = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = A = = = = C = = = D009 = = A C = = = = = G = = = = = = = = A = = T = = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = C = = = = = = = = T = = C = = = = ? ? T = = = = = = = = = = = D010 = = = = = = = ? = = = = = = C = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? C = = = C = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? ? T = = = T D011 = = = = = = A = = = = T = A = = = = = = = = = = G T = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = = = = = = = = A G = = = T = G = = = = = = = = D012 = = = ? ? ? G = = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? A = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = D013 = = = = = = G = = = = A = G = = = A = = = = = = = G = = = T = G = = = ? ? = = = = = = = = = A = = = = T = A = = = G = = = = = = = T = = = C = A = = = ? ? = = = D014 = T = = T = = = = = = T = = = = = G (T) = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = A = = = = = A (A) = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = D015 ? = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = T = = = = = = A = = ? = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = = = = = = G = = D016 T = = = = = G = = = = = T = = = = = A = = = = = = = = = G = T = = = = = = A = = C = = = = = A = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = = T = C = = = = = = G = = D033 = = = = = = A = = = = T = A = = = = = = = = = = G T ? = = C = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = = = = = = = = A G ? = = T = G = = = = = = = = D034 = = = A = G A G ? = G = = = T = G = T G G = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A G C ? = A = = = C = A = A T A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = D035 = = = C = = = = = = = T = A = = = = A = = = = ? ? T = ? ? C = A = = = = = = = = = = = A = = = = = = = A = G = = = = T = = = = ? ? G = ? ? T = G = = = = = = = = D036 = = = C = A G C = = A = = = C = A = A T A = A = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A = G A G = = G = = = T = G = T G G = G = = = = = T = = = = = = = = = = = D037 = = = = = = = ? = = = = = = T = G A = G G = G = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = C = A G = T A = A = = = = ? ? = = = = = = = = = = = D038 = = A C = = G C = G = = = = = = = = A = = T = = = = T = G = = = A C C C = = = C = = G A = = A G = C = = = = = = = = T = = C = = = = C = T = = = G G T T = = = T D039 = = = A = = = = = C = = = = = = = = T = = C = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = G = = = = = = = = A = = T = = = = = = G = = = = ? = = = = = = D040 = = = = = G = ? = = G = = = = = G = = G G = G = = = = = = ? = = = C C C = = = C = = = = = A = ? = = A = = = = = A = = T A = A = = = = = = ? = = = G T T = = = T Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = = = 0.99 = = = 1 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = = = 1 = = = 1 0.99 = = 1 = 1 1 1 1 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = = 1 = 1 1 = = = 1 = = = = = = 1 = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = 1 1 = = = 1 = 1 = = = = = = = = = 1 0.97 = 1 = = 1 = 1 = 1 = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = = = = 1 1 1 1 = 1 = = 1 = 1 0.96 = 1 = 1 = = 1 = 1 = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = 0.97 1 = = = = = 1 = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = 1 = = = = = = 1 = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = 1 1 = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = = = 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = 1 = = = 1 = = = = = = = 1 = = = 1 = 1 = = = = = = = = = 0.97 = = 0.98 = = = = = = 0.98 = = = = = 0.99 0.77 = = = = = = = = = 0.69 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = = 1 = = = = = 1 = = = = = 0.99 = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = 1 = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = 1 1 = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = 1 = 1 1 1 = = 1 = = = 1 = 1 = 1 1 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = 1 = 1 = = = = 1 = = = = = = 1 = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = = 1 = 1 1 1 = = 1 = = = 1 = 1 = 1 1 1 = 1 = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 1 = 1 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 1 = = 1 1 = 1 = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = 1 = 1 = = = 1 1 1 1 = = = 1 = = = 1 = = = = = 1 = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = = = = = 1 = = 1 1 = 1 = = = = = = = = = = 0.99 0.99 1 = = = 1