List of haplotypes found in best reconstruction, with frequencies in parentheses. 1: C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G C T T T G C T (1) 2: C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C (3) 3: C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T (8) 4: C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T (11) 5: C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T (4) 6: C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C (3) 7: T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T (6) 8: C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G C T G T C A G G T T T G T T (1) 9: C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G T T G T C A G G T T T G T T (3) 10: C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C (2) 11: C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C T T T C G G G T T T G C T (1) 12: C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C T G T C G G G T T T G C T (1) 13: C C A A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T (1) 14: C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A G C C T G C C (1) Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) E001: (1,2) E002: (3,4) E003: (5,6) E004: (3,3) E005: (5,7) E006: (6,7) E007: (3,7) E008: (8,9) E009: (4,3) E010: (4,4) E011: (10,11) E012: (5,7) E013: (2,6) E014: (5,7) E015: (3,4) E016: (4,4) E017: (9,12) E018: (13,2) E019: (10,3) E020: (14,4) E021: (4,4) E022: (7,4) E023: (3,9) Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: E001 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G C T T T G C T C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C E002 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G [G] T T T G C T E003 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A [C] C C T G C C E004 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T E005 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T E006 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C [C] C T G C C T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T E007 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T E008 C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G [C] T G T C A G G T T T G T T C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G [T] T G T C A G G T T T G T T E009 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T E010 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T E011 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T (G) G G G C C (G) T C G A C [C] C T G C C C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C (A) G G G C [T] [(T)] T C G G G T T T G C T E012 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T E013 C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C [C] C T G C C E014 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T E015 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T E016 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T E017 C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G [T] T G T C A G G T T T G T T C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C [A] G G G C [T] [G] T C G G G T T T G C T E018 C C A A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C E019 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T [G] G G G C C [G] T C G A C [C] C T G C C C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T E020 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A G C C T G C C C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T E021 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T E022 T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G [G] T T T G C T E023 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G [T] T G T C A G G T T T G T T Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = E001 = = G A = = A G C C = = = = = = = = T = = C = = = = = ? ? = = = G = T T = = = T = = A C = = G C A G = = = = = = = = A = = T = = = = = ? ? = = = A = C C = = = C E002 = T = C T = G = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = G = = A = ? = = C = = = = C = A C = A = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = T = = G = ? = = T = = = E003 = = G = = = A G = C = T = A = = = = = = = C = = = T C = = C = A G ? T T = = = T = = A = = = G C = G = A = G = = = = = = = T = = = G T = = T = G A ? C C = = = C E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E005 C = = C = = A = = = = T G A = = = = = = = = = = = T = = = C C A = ? = = = G = = T = = A = = G = = = = A T G = = = = = = = = = = = G = = = T T G = ? = = = A = = E006 C = A C = = = C = G = = G = = = = = = = = T = = = = T ? ? = C = A C ? C = G = C T = G A = = = G = C = = T = = = = = = = = C = = = = C ? ? = T = G G ? T = A = T E007 C T = C T = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = C A = = = = C G = = T C = A C = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = T A = = E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = E009 ? C = A C = A = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = T = = G = = = = T = = = ? T = C T = G = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = G = = A = = = = C = = = E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E011 = = A = = G = = = G G = = = T = G = = G G T (G) = = = = ? ? = = = A C ? C = = = C = = G = = A = = = C A = = = C = A = = T A C (A) = = = = ? ? = = = G G ? T = = = T E012 C = = C = = A = = = = T G A = = = = = = = = = = = T = = = C C A = = = = = G = = T = = A = = G = = = = A T G = = = = = = = = = = = G = = = T T G = = = = = A = = E013 = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = E014 C = = C = = A = = = = T G A = = = = = = = = = = = T = = = C C A = = ? ? ? G = = T = = A = = G = = = = A T G = = = = = = = = = = = G = = = T T G = = ? ? ? A = = E015 = T = C T = G = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = G = = A = = = = C = = = = C = A C = A = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = T = = G = = = = T = = = E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = E017 = = = = = G = G = = G T = = ? T G = = G G = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = T = = = = = = A = C = = A A = = ? C A = = T A = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = C = E018 = = = A = = = G C C = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G G ? T = = = T = = = C = = = C A G = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A C ? C = = = C E019 = C A = C = = C = G = A = = = = = = = = = T ? ? ? = = = ? = = G A C ? C T = = C = T G = T = = G = C = T = = = = = = = = = C ? ? ? = = = ? = = A G G ? T C = = T E020 = = A C = = G C = G = = = = = = = = A = = T = = = = T = G = = = ? = C C = = = C = = G A = = A G = C = = = = = = = = T = = C = = = = C = T = = = ? = T T = = = T E021 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E022 T = = = = = G = = = = = T = = = = = A = = = = = = = = = G = T = = ? = = = A = = C = = = = = A = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = = T = C = = ? = = = G = = E023 = T = = T = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = ? ? = = = = = = = = C = C = = C = = C = = = = = = = = = = T = = = = = = = T = = ? ? = = = = = = = = T = T = Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = = = 1 1 = = 1 1 0.99 1 = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = 1 = 0.99 1 = = = 1 = 1 = 1 1 = 1 = = = = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = 1 = = = = = 1 = = = 1 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = = = 1 = = = 1 1 = = 1 = 1 1 = 1 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = 1 = = 1 = = = = 1 1 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = 1 1 1 = = = = = 1 = = 1 = 1 1 = = = 1 = 1 = = 1 = = = = = = = = 1 = = = = 0.99 = = = 1 = 1 0.98 = 1 = 1 = 1 1 1 = 1 1 = = = = = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = = = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 1 = 1 = = = = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = 1 1 = = = 0.99 = 1 = = 1 1 1 0.84 = = = = = = = = = 1 1 = 1 = = = 1 1 = = 1 = = 1 = = = = 1 1 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = 1 1 1 = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = 1 = = 1 = = 1 = = = = 1 1 1 = = = = = = = = = = = 1 = = = 1 1 1 = = = = = 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = = = = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 = = 1 1 = = = 1 1 = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = 1 = = = 1 0.98 1 = = 0.99 = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = 1 1 = 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = = 1 = 1 = 1 = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 1 1 = 1 1 = = 1 = = 1 1 = = 1 1 = 1 = = = = = = = = 1 = = 1 = = = = 1 = 1 = = = = = 1 1 = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = 1 = = = = = 1 = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = 1 = = = = = = 1 = = = 1 = = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = 1 = 1 =