Site Allele1 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop AD-hz ND-hz RD-hz Total-hz 000220 C 0.26 0.38 0.33 0.32 T 0.74 0.62 0.67 0.68 0.39 0.47 0.44 0.44 000240 C 0.24 0.38 0.28 0.30 T 0.76 0.62 0.72 0.70 0.36 0.47 0.41 0.42 000266 G 0.09 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 0.97 0.16 0.00 0.00 0.06 000557 T 0.20 0.17 0.29 0.22 C 0.80 0.83 0.71 0.78 0.31 0.28 0.41 0.34 000848 C 0.09 0.10 0.12 0.11 T 0.91 0.90 0.88 0.89 0.16 0.19 0.22 0.19 000870 G 0.07 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 000923 A 0.48 0.42 0.44 0.44 G 0.52 0.58 0.56 0.56 0.50 0.49 0.49 0.49 001019 T 0.00 0.10 0.14 0.09 C 1.00 0.90 0.86 0.91 0.00 0.17 0.24 0.16 001153 A 0.07 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 0.98 0.13 0.00 0.00 0.05 001263 A 0.00 0.02 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.98 0.99 0.00 0.04 0.04 0.03 001265 A 0.57 0.37 0.46 0.46 C 0.43 0.63 0.54 0.54 0.49 0.47 0.50 0.50 001856 A 0.04 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.02 001986 A 0.10 0.00 0.00 0.03 C 0.90 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.06 002133 A 0.12 0.11 0.00 0.08 C 0.88 0.89 1.00 0.92 0.22 0.19 0.00 0.15 002187 C 0.59 0.39 0.43 0.47 T 0.41 0.61 0.57 0.53 0.48 0.47 0.49 0.50 002240 A 0.24 0.24 0.39 0.29 G 0.76 0.76 0.61 0.71 0.36 0.36 0.48 0.41 002317 A 0.24 0.27 0.41 0.31 G 0.76 0.73 0.59 0.69 0.36 0.40 0.48 0.43 002618 A 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 003101 G 0.04 0.00 0.00 0.02 A 0.96 1.00 1.00 0.98 0.08 0.00 0.00 0.03 003379 + 0.52 0.24 0.16 0.31 - 0.48 0.76 0.84 0.69 0.50 0.36 0.27 0.43 003399 A 0.24 0.37 0.30 0.30 T 0.76 0.63 0.70 0.70 0.36 0.47 0.42 0.42 003581 C 0.21 0.35 0.27 0.28 T 0.79 0.65 0.73 0.72 0.34 0.45 0.40 0.40 003686 C 0.12 0.15 0.04 0.10 G 0.88 0.85 0.96 0.90 0.21 0.26 0.08 0.19 004791 G 0.04 0.06 0.00 0.04 T 0.96 0.94 1.00 0.96 0.08 0.12 0.00 0.07 004943 G 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.01 004948 G 0.09 0.19 0.44 0.24 A 0.91 0.81 0.56 0.76 0.16 0.30 0.49 0.36 004957 A 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 005808 T 0.05 0.00 0.00 0.01 C 0.95 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.03 005810 - 0.19 0.19 0.13 0.17 + 0.81 0.81 0.87 0.83 0.31 0.30 0.23 0.28 005979 A 0.12 0.40 0.33 0.29 G 0.88 0.60 0.67 0.71 0.22 0.48 0.44 0.42 005990 C 0.03 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.01 006175 T 0.00 0.06 0.00 0.02 C 1.00 0.94 1.00 0.98 0.00 0.12 0.00 0.04 006221 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 006239 A 0.07 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 006314 A 0.32 0.33 0.60 0.42 G 0.68 0.67 0.40 0.58 0.43 0.44 0.48 0.49 006427 A 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 006914 A 0.20 0.09 0.17 0.15 G 0.80 0.91 0.83 0.85 0.32 0.16 0.28 0.25 007131 C 0.02 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 007244 T 0.12 0.19 0.43 0.25 C 0.88 0.81 0.57 0.75 0.22 0.30 0.49 0.38 007278 C 0.07 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.04 007283 + 0.23 0.13 0.17 0.17 - 0.78 0.87 0.83 0.83 0.35 0.23 0.28 0.28 007289 A 0.17 0.17 0.07 0.14 C 0.82 0.83 0.93 0.86 0.29 0.28 0.13 0.24 007616 A 0.12 0.12 0.25 0.16 C 0.88 0.88 0.75 0.84 0.22 0.21 0.38 0.27 008184 C 0.25 0.15 0.03 0.14 T 0.75 0.85 0.97 0.86 0.38 0.25 0.06 0.24 008274 T 0.33 0.17 0.07 0.20 C 0.67 0.83 0.93 0.80 0.44 0.28 0.14 0.31 008331 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 008436 A 0.12 0.39 0.31 0.28 C 0.88 0.61 0.69 0.72 0.22 0.47 0.43 0.40 008695 C 0.64 0.43 0.30 0.44 G 0.36 0.57 0.70 0.56 0.46 0.49 0.42 0.49 008742 G 0.07 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 0.98 0.13 0.00 0.00 0.04 008764 T 0.10 0.00 0.09 0.06 G 0.90 1.00 0.91 0.94 0.18 0.00 0.17 0.12 008985 A 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 009057 T 0.00 0.06 0.00 0.02 G 1.00 0.94 1.00 0.98 0.00 0.12 0.00 0.04 009178 C 0.02 0.06 0.08 0.06 T 0.98 0.94 0.92 0.94 0.04 0.12 0.15 0.11 009493 C 0.02 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 009755 G 0.12 0.00 0.00 0.04 T 0.88 1.00 1.00 0.96 0.21 0.00 0.00 0.07 010491 A 0.09 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 0.97 0.16 0.00 0.00 0.06 010694 T 0.09 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.06 010779 G 0.09 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.06 010921 A 0.11 0.19 0.42 0.24 G 0.89 0.81 0.58 0.76 0.19 0.30 0.49 0.36 010924 T 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.01 010934 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 011332 T 0.11 0.19 0.42 0.24 C 0.89 0.81 0.58 0.76 0.19 0.30 0.49 0.36 011456 C 0.07 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 011510 A 0.13 0.19 0.42 0.25 C 0.87 0.81 0.58 0.75 0.23 0.30 0.49 0.37 011581 T 0.02 0.02 0.15 0.06 C 0.98 0.98 0.85 0.94 0.04 0.04 0.25 0.12 011651 C 0.15 0.06 0.00 0.07 T 0.85 0.94 1.00 0.93 0.26 0.12 0.00 0.13 011795 G 0.04 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.03 011913 T 0.15 0.00 0.00 0.05 C 0.85 1.00 1.00 0.95 0.26 0.00 0.00 0.09 012103 A 0.02 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.98 0.96 0.97 0.04 0.04 0.08 0.05 013384 T 0.00 0.08 0.10 0.06 C 1.00 0.92 0.90 0.94 0.00 0.15 0.17 0.11 013477 G 0.43 0.10 0.12 0.22 T 0.57 0.90 0.88 0.78 0.49 0.19 0.22 0.34 013482 G 0.54 0.10 0.12 0.25 A 0.46 0.90 0.88 0.75 0.50 0.19 0.22 0.38 013543 A 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.01 013641 G 0.50 0.43 0.38 0.44 A 0.50 0.57 0.62 0.56 0.50 0.49 0.47 0.49 013683 G 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.08 0.03 013717 T 0.04 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.03 013749 T 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.08 0.03 013765 C 0.28 0.56 0.63 0.49 A 0.72 0.44 0.37 0.51 0.41 0.49 0.47 0.50 014079 A 0.28 0.56 0.56 0.47 G 0.72 0.44 0.44 0.53 0.41 0.49 0.49 0.50 014192 A 0.09 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 0.97 0.16 0.00 0.00 0.05 014210 T 0.02 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 014258 G 0.59 0.21 0.17 0.32 A 0.41 0.79 0.83 0.68 0.48 0.33 0.28 0.43 014318 A 0.41 0.21 0.17 0.26 G 0.59 0.79 0.83 0.74 0.48 0.33 0.28 0.39 014539 A 0.19 0.17 0.12 0.16 T 0.81 0.83 0.88 0.84 0.31 0.29 0.21 0.27 015231 T 0.06 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.03 015407 T 0.50 0.33 0.36 0.39 A 0.50 0.67 0.64 0.61 0.50 0.44 0.46 0.48 015419 A 0.12 0.43 0.39 0.33 G 0.88 0.57 0.61 0.67 0.22 0.49 0.48 0.44 015542 T 0.11 0.00 0.00 0.04 C 0.89 1.00 1.00 0.96 0.19 0.00 0.00 0.07 015639 G 0.15 0.00 0.00 0.05 A 0.85 1.00 1.00 0.95 0.26 0.00 0.00 0.10 015689 + 0.47 0.32 0.36 0.39 - 0.53 0.68 0.64 0.61 0.50 0.43 0.46 0.47 015800 A 0.07 0.16 0.17 0.13 T 0.93 0.84 0.83 0.87 0.13 0.27 0.28 0.23 015830 A 0.21 0.02 0.00 0.08 C 0.79 0.98 1.00 0.92 0.34 0.04 0.00 0.14 015913 G 0.17 0.00 0.00 0.06 C 0.83 1.00 1.00 0.94 0.29 0.00 0.00 0.11 015963 C 0.46 0.33 0.37 0.39 T 0.54 0.67 0.63 0.61 0.50 0.44 0.47 0.47 015972 T 0.39 0.33 0.40 0.37 C 0.61 0.67 0.60 0.63 0.48 0.44 0.48 0.47 016016 C 0.37 0.21 0.18 0.25 T 0.63 0.79 0.82 0.75 0.47 0.33 0.30 0.38 016859 G 0.28 0.23 0.27 0.26 A 0.72 0.77 0.73 0.74 0.41 0.35 0.39 0.39 016863 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 016890 G 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.01 016935 A 0.02 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 016979 T 0.20 0.12 0.19 0.17 G 0.80 0.88 0.81 0.83 0.31 0.22 0.30 0.28 017025 G 0.02 0.08 0.08 0.06 T 0.98 0.92 0.92 0.94 0.04 0.15 0.15 0.12 017154 A 0.07 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 0.98 0.13 0.00 0.00 0.04 017216 A 0.11 0.48 0.40 0.34 G 0.89 0.52 0.60 0.66 0.19 0.50 0.48 0.45 017274 T 0.03 0.08 0.09 0.07 C 0.97 0.92 0.91 0.93 0.05 0.15 0.17 0.13 017328 C 0.02 0.02 0.00 0.01 T 0.98 0.98 1.00 0.99 0.04 0.04 0.00 0.03 017444 C 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 017483 A 0.11 0.44 0.38 0.31 G 0.89 0.56 0.62 0.69 0.20 0.49 0.47 0.43 018388 T 0.07 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 018413 G 0.28 0.23 0.27 0.26 T 0.72 0.77 0.73 0.74 0.41 0.35 0.39 0.39 018446 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 018580 T 0.02 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 018597 T 0.16 0.40 0.34 0.30 A 0.84 0.60 0.66 0.70 0.27 0.48 0.45 0.42 018733 G 0.05 0.43 0.38 0.30 A 0.95 0.57 0.62 0.70 0.10 0.49 0.47 0.42 018921 A 0.00 0.08 0.09 0.06 G 1.00 0.92 0.91 0.94 0.00 0.15 0.16 0.11 019050 A 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.01 019561 A 0.05 0.02 0.02 0.03 G 0.95 0.98 0.98 0.97 0.10 0.04 0.04 0.06 019606 T 0.17 0.00 0.00 0.05 C 0.83 1.00 1.00 0.95 0.28 0.00 0.00 0.09 019700 C 0.04 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.03 019881 T 0.03 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.02 020284 C 0.03 0.00 0.00 0.01 T 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.02 020354 A 0.46 0.21 0.17 0.28 G 0.54 0.79 0.83 0.72 0.50 0.33 0.29 0.40 020374 T 0.11 0.00 0.00 0.04 C 0.89 1.00 1.00 0.96 0.19 0.00 0.00 0.07 020442 G 0.03 0.00 0.00 0.01 T 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.02 020446 C 0.03 0.02 0.02 0.02 T 0.97 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 0.05 020457 T 0.12 0.00 0.00 0.04 C 0.88 1.00 1.00 0.96 0.22 0.00 0.00 0.08 020910 G 0.12 0.45 0.43 0.35 A 0.88 0.55 0.57 0.65 0.22 0.50 0.49 0.45 021126 C 0.00 0.03 0.03 0.02 G 1.00 0.97 0.97 0.98 0.00 0.05 0.05 0.03 021498 G 0.13 0.00 0.00 0.05 A 0.87 1.00 1.00 0.95 0.23 0.00 0.00 0.09 021579 T 0.05 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.03 021580 T 0.10 0.25 0.27 0.21 C 0.90 0.75 0.73 0.79 0.17 0.38 0.40 0.33 022127 G 0.64 0.35 0.33 0.44 A 0.36 0.65 0.67 0.56 0.46 0.46 0.44 0.49 022162 A 0.11 0.00 0.00 0.04 G 0.89 1.00 1.00 0.96 0.19 0.00 0.00 0.07 022337 C 0.10 0.02 0.00 0.04 T 0.90 0.98 1.00 0.96 0.18 0.04 0.00 0.07 022349 G 0.00 0.06 0.00 0.02 A 1.00 0.94 1.00 0.98 0.00 0.12 0.00 0.04 022351 A 0.00 0.06 0.00 0.02 G 1.00 0.94 1.00 0.98 0.00 0.12 0.00 0.04 022352 C 0.00 0.06 0.00 0.02 A 1.00 0.94 1.00 0.98 0.00 0.12 0.00 0.04 022480 G 0.10 0.02 0.00 0.04 C 0.90 0.98 1.00 0.96 0.18 0.04 0.00 0.07 022554 C 0.11 0.02 0.00 0.04 T 0.89 0.98 1.00 0.96 0.19 0.04 0.00 0.07 022562 G 0.11 0.00 0.00 0.03 T 0.89 1.00 1.00 0.97 0.19 0.00 0.00 0.06 022683 A 0.11 0.02 0.00 0.04 G 0.89 0.98 1.00 0.96 0.19 0.04 0.00 0.07 022985 C 0.10 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.06 022997 T 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.01 023037 G 0.07 0.04 0.04 0.05 T 0.93 0.96 0.96 0.95 0.13 0.08 0.08 0.10 023508 G 0.62 0.31 0.33 0.41 A 0.38 0.69 0.67 0.59 0.47 0.43 0.44 0.48 023696 A 0.09 0.12 0.15 0.12 G 0.91 0.88 0.85 0.88 0.16 0.22 0.25 0.21 023796 C 0.43 0.19 0.17 0.26 G 0.57 0.81 0.83 0.74 0.49 0.30 0.28 0.39 023830 * 024499 T 0.07 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 024586 T 0.07 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.04 025064 C 0.16 0.00 0.00 0.05 T 0.84 1.00 1.00 0.95 0.27 0.00 0.00 0.09 025218 G 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.01 025425 C 0.00 0.17 0.23 0.14 T 1.00 0.83 0.77 0.86 0.00 0.29 0.35 0.23 Note: AD: African_Descent ND: North_Karelia RD: Rochester Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003379: A 005810: G 007283: CACA 015689: A Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ND-pop RD-pop Total-pop 023830 C 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.63 0.31 0.31 0.42 A 0.35 0.69 0.69 0.58