List of haplotypes found in best reconstruction, with frequencies in parentheses. 1: G C A C G C D A C G D C A T G G A T T I G T A C G C D G A T I A T G C G T A (1) 2: G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A (8) 3: G C A T C A I T C G I T G T G G T A T I G G A C G C I G A T I G T T T G C A (3) 4: G C A C G C D A C G D C G T G G A T T D G T A C G C D G A T I A T G C G T A (1) 5: G C A C C A I T C G I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C G (4) 6: G C A C G C D A G G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A (4) 7: G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A (11) 8: G C A C C C I T C G D C G T G G T A T I G T A C T C I G A T D G G T C G T A (4) 9: G C A C G C D A C G D C G T G G A T T I G T A C G C D G A T I A T G C G T A (1) 10: G C A C G C D A C A D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A (2) 11: G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A G D G G T T G C A (1) 12: G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G G A C G C I G A G I G T T C G T A (3) 13: G T G C G C D A C G D C G T A G A A C I G G G T G C I G A T I A T T C A T A (1) 14: G C A C G C D A C A D C G T G G A A T I G T A C G C I A G T I G T T C G T A (1) 15: G C A C G C D A C A D C G T G G A A T I G G A C G C I G A G I G T T C G T A (1) 16: G C A C C A I T C A I T G D G A T A T I T G A C T T I G A T D G G T T G C G (1) 17: G C A T G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C D G A T I G T G C G T A (1) Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) D001: (1,2) D002: (3,4) D003: (5,6) D004: (3,2) D005: (2,7) D006: (6,7) D007: (8,8) D008: (7,9) D009: (5,10) D010: (11,12) D011: (7,7) D012: (5,7) D013: (7,7) D014: (3,13) D015: (12,2) D016: (12,8) D033: (14,8) D034: (5,7) D035: (10,2) D036: (6,2) D037: (2,15) D038: (16,2) D039: (7,7) D040: (17,6) Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: D001 G C A [C] G C D A C G D C (A) T G G A T T (I) G T A C G C D G A T I A T G C G T A G C A C G C D A C A D C (G) T G G A A T (D) G T A C G C I A G T I G T T C G T A D002 G C A (T) C A I T C G I T G T G G T A T [(I)] G G A C G C I G A T I G T T T G C A G C A (C) G C D A C G D C G T G G A T T [(D)] G T A C G C D G A T I A T G C G T A D003 G C A C C A I T C G I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C G G C A C G C D A G G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D004 G C A [T] C A I T C G I T G T G G T A T [(I)] G G A C G C I G A T I G T T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T [(D)] G T A C G C I A G T I G T T C G T A D005 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T [D] G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D006 G C A C G C D A G G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D007 G C A C C C I T C G D C G T G G T A T I G T A C T C I G A T D G G T C G T A G C A C C C I T C G D C G T G G T A T I G T A C T C I G A T D G G T C G T A D008 G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A [C] G C D A C G D C G T G G A T T [I] G T A C G C D G A T I A T G C G T A D009 G C A C C A I T C (G) I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C G G C A C G C D A C (A) D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D010 G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A G D G G T T G C A G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G G A C G C I G A G I G T T C G T A D011 G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D012 G C A C C A I T C G I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C G G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D013 G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A C G C D A C [G] D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D014 G (C) (A) (T) C A I T C G I T G T (G) G T A (T) I G G (A) (C) G C I G A T I (G) T T T (G) C A G (T) (G) (C) G C D A C G D C G T (A) G A A (C) I G G (G) (T) G C I G A T I (A) T T C (A) T A D015 G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G G A C G C I G A [G] I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A D016 G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G G A C G C I G A G I G T T C G T A G C A C C C I T C G D C G T G G T A T I G T A C T C I G A T D G G T C G T A D033 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T I G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C C C I T C G D C G T G G T A T I G T A C T C I G A T D G G T C G T A D034 G C A C C A I T C G I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C G G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D035 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T [D] G T A C G C I A G T I G T T C G T A D036 G C A C G C D A G G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A D037 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T I G G A C G C I G A G I G T T C G T A D038 G C A C C A I T C A I T G D G A T A T I T G A C (T) T I G A T D G G T T G C G G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C (G) C I A G T I G T T C G T A D039 G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A G C A C G C D A C G D C G T G G A A T I G T A C G C I G A T I G T T C G T A D040 G C A (T) G C D A (C) G D C G T G G A A T I G T A C G C (D) G A T I G T G C G T A G C A (C) G C D A (G) [G] D C G T G G A A T I G T A C G C (I) G A T I G T T C G T A Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = D001 = = = ? = = = = = G = = (A) = = = = T = (I) = = = = = = D G A = = A = G = = = = = = = ? = = = = = A = = (G) = = = = A = (D) = = = = = = I A G = = G = T = = = = D002 = = = (T) C A I T = = I T = = = = T A = ? = ? = = = = I = = = = G = T T = C = = = = (C) G C D A = = D C = = = = A T = ? = ? = = = = D = = = = A = G C = T = D003 ? ? ? ? C A I ? C = I T = D = A T = = = T ? = = = T = = = = D = G = T = C G ? ? ? ? G C D ? G = D C = T = G A = = = G ? = = = C = = = = I = T = C = T A D004 ? ? ? ? ? A I ? = G I T = = = = T = = ? = G = = ? = ? ? A = = = = ? T = C = ? ? ? ? ? C D ? = A D C = = = = A = = ? = T = = ? = ? ? G = = = = ? C = T = D005 = = = ? = = ? = = A = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = A G = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = G = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = G A = = = = = = = = = D006 ? ? ? = = = ? = G = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = C = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = D007 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = D008 = = = ? = = = = = = = = = = = = = A ? ? = = = = = = I = = = ? G = T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = T ? ? = = = = = = D = = = ? A = G = = = = D009 = = = ? ? A I T = (G) ? T = D = A ? ? = ? T G = = = T = = ? = D ? G = T = C G = = = ? ? C D A = (A) ? C = T = G ? ? = ? G T = = = C = = ? = I ? T = C = T A D010 = = = = C A I T = = I T = ? = = T = = = T = = = = T = = = = ? ? G = T = C = = = = = G C D A = = D C = ? = = A = = = G = = = = C = = = = ? ? T = C = T = D011 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D012 = = = = C A ? T = = I T = D = A T = = = T G = = = T = = = = D = G ? T = C G = = = = G C ? A = = D C = T = G A = = = G T = = = C = = = = I = T ? C = T A D013 = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D014 = (C) (A) (T) C A I T = = I T = ? (G) = T = (T) = = = (A) (C) = = = = = = = (G) = = T (G) C ? = (T) (G) (C) G C D A = = D C = ? (A) = A = (C) = = = (G) (T) = = = = = = = (A) = = C (A) T ? D015 = = = = = = = = = G = = = = = = = = = I = G = = = = = G A ? = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = D = T = = = = = A G ? = = = = = = = = D016 = = = = G = D A = = = = = = = = A = = = = G = = G = = = = G I = T = = = = = = = = = C = I T = = = = = = = = T = = = = T = = T = = = = T D = G = = = = = D033 = = = = G = D A = A = = = = = = A = = = = = = = G = = A G = I = T = = = = = = = = = C = I T = G = = = = = = T = = = = = = = T = = G A = D = G = = = = = D034 = ? = ? C A I T = = I T = D = A T = = = ? ? = = = T = = = = D = G = T = C G = ? = ? G C D A = = D C = T = G A = = = ? ? = = = C = = = = I = T = C = T A D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = A G = = = = = = = = = D036 = = = = = = = = G G = = = = = = = = = I = = = = = = = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = = = D = = = = = = = A G = = = = = = = = = D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = T = = = = = A G T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = G = = = = = G A G = = = = = = = = D038 = = = = C A I T = = I T = D = A T = = I T G = = (T) T = G A = D = G = T = C G = = = = G C D A = = D C = T = G A = = D G T = = (G) C = A G = I = T = C = T A D039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = D040 = = = (T) = = = = (C) ? = = = = ? = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = G = = = = = = = (C) = = = = (G) ? = = = = ? = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = T = = = = Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = = = = = = = = = = 1 = = 0.51 = = = = 1 = 0.61 = = = = = = 1 1 1 = = 1 = 1 = = = = = = = 0.56 0.99 1 1 0.99 = = 1 1 = = = = 1 1 = = = = = = = = 0.98 = = = = 1 = 0.98 1 = 1 = = = = = 1 1 1 = 0.97 = 1 1 = 1 = 1 1 = = = 1 = = = = 1 = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = 1 1 = = 1 1 1 = = = = 1 = = = = 0.98 = = = = = = 1 = = = = = 1 = 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = 0.99 = = = = 1 = 0.99 = = = = = = = = = 1 1 1 = 0.68 = 1 = 1 = 1 = = = = 1 1 = = = 1 = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = 1 1 1 1 = = 1 1 = = = = 1 = = = 1 = = = = 1 = = = = = = 1 = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = 1 = = 1 1 = 1 = 1 1 = = = 1 1 = = = 1 = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 0.53 0.75 0.99 1 1 0.99 = = 1 1 = = 0.54 = 1 = 0.52 = = = 0.52 0.51 = = = = = = = 0.53 = = 1 0.53 1 = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = 1 = 0.92 = = = = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = 1 = 1 1 = = = = = = = = 1 = = = = 1 = = 1 = = = = 1 1 = 1 = = = = = = = = = 1 = 1 1 = 1 = = = = = = 1 = = = = = = = 1 = = 0.99 0.99 = 1 = 1 = = = = = = = = = 1 1 1 1 = = 1 1 = 1 = 1 1 = = = = = = = = 1 = = = = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 1 = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 0.94 = = = = = 1 1 0.95 = = = = = = = = = = = = 1 1 1 1 = = 1 1 = 1 = 1 1 = = 0.99 1 1 = = 0.57 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 1 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.71 = = = = 0.58 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.74 = = = = = = 1 = = = =