List of haplotypes found in best reconstruction, with frequencies in parentheses. 1: G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A (24) 2: G C A C G C D A C A D C G T G G A T T I G T A C G C D G A T I G T G C G T A (2) 3: G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A (5) 4: G C A T C A I T C G I T G T G G T A T I G G A C G C I G A T I G T T T G C A (2) 5: G T G T C A I T C G I T G T A G T A C I G G G T G C I G A T I A T T T A C A (2) 6: T C A C C A I T C A I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C G (1) 7: G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C T T I G A T D G G T T G C A (2) 8: T C A C C A I T C A I T G D G A T A C I T G A C G T I G A T D G G T T G T G (1) 9: G C A C G C D A C A D C A T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A (3) 10: G C A C C A I T C A I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A (1) 11: G C A C G C D A C G D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A (1) 12: G T G T C A I T C A I T G T A G T A C I G G G T G C I G A T I A T T T A C A (1) 13: T C A C C A I T C G I T G D G A T A T I T G A C T T I G A T D G G T T G C G (1) Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) E001: (1,2) E002: (3,1) E003: (3,1) E004: (4,1) E005: (5,3) E006: (1,1) E007: (6,1) E008: (1,1) E009: (1,5) E010: (4,1) E011: (3,1) E012: (1,1) E013: (7,1) E014: (1,1) E015: (1,1) E016: (8,9) E017: (10,1) E018: (3,1) E019: (9,1) E020: (11,2) E021: (1,9) E022: (12,1) E023: (13,7) Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: E001 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A T T I G T A C G C D G A T I G T G C G T A E002 G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E003 G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E004 G C A T C A I T C G I T G T G G T A T I G G A C G C I G A T I G T [T] T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E005 G T G T C A I T C G I T G [T] A G T A C I G G G T G C I G A T I A T T T A C [A] G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A E006 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E007 T C A C C A I T C A I T G D G A T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G (C) G G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G (T) A E008 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E009 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G T G T C A I T C G I T G [T] A G T A C I G G G T G C I G A T I A T T T A C [A] E010 G C A T C A I T C G I T G T G G T A T I G G A C G C I G A T I G T [T] T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E011 G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E012 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E013 G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C T T I G A T D G G T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E014 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E015 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E016 T C A C C A I T C A I T (G) D G A T A (C) I T G A C G T I G A T D G G T T G T G G C A C G C D A C A D C (A) T G G A A (T) D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E017 G C A C C A I T C A I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E018 G C A C C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C G T I G A T D G G T T G C A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E019 G C A C G C D A C A D C A T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E020 G C A C G C D A C (G) D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C (A) D C G T G G A T T I G T A C G C D G A T I G T G C G T A E021 G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A G C A C G C D A C A D C A T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E022 G T G T C A I T C A I T G T A G T A C I G G G T G C I G A T I A T T T A C [A] G C A C G C D A C A D C G T G G A A T D G T A C G C I A G T I G T T C G T A E023 T C A C C A I T C G I T G D G A T A T I T G A C T T I G A T D G G T T G C G G C A [C] C A I T C G I T G D G G T A T I T G A C T T I G A T D G G T T G C A Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = E001 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = D = = = = = = I A G = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = I = = = = = = D G A = = = = G = = = = E002 = = = = C A I T = G I T = D = = T = = I T G = = = T ? G A = D = G = T = C = = = = = G C D A = A D C = T = = A = = D G T = = = C ? A G = I = T = C = T = E003 = = = = C A I T = G I T = D = = T = = I T G = = = T = G A = D = G = T = C = = = = = G C D A = A D C = T = = A = = D G T = = = C = A G = I = T = C = T = E004 = = = T C A I T = G I T = = = = T = = I = G = = ? = = G A = = = = ? T = C = = = = C G C D A = A D C = = = = A = = D = T = = ? = = A G = = = = ? C = T = E005 = T G T = = = = = = = = = ? A = = = C = G = G T = C = = = = I A T = = A = ? = C A C = = = = = = = = = ? G = = = T = T = A C = T = = = = D G G = = G = ? E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E007 T = = ? C A I ? = = ? T = D = A T = = I T G = = = T = G A = D = G ? T = (C) G G = = ? G C D ? = = ? C = T = G A = = D G T = = = C = A G = I = T ? C = (T) A E008 = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E009 = C A C G C D A = A ? C = ? G = A = T D = T A C = = = A G = = G = = C G T ? = T G T C A I T = G ? T = ? A = T = C I = G G T = = = G A = = A = = T A C ? E010 = = = T C A I T = G I T = ? = = T = = I = G = = = = = G A = = = = ? T = C = = = = C G C D A = A D C = ? = = A = = D = T = = = = = A G = = = = ? C = T = E011 = = = = C A I T = G I T = D = = T = = I T G = = = T = G A = D = G = T = C = = = = = G C D A = A D C = T = = A = = D G T = = = C = A G = I = T = C = T = E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E013 ? ? ? ? C A I T = G I T = D = = ? ? = I T G = = T T = G A = D = G = T = ? = ? ? ? ? G C D A = A D C = T = = ? ? = D G T = = G C = A G = I = T = C = ? = E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E015 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = E016 T = = = C A I T = = I T (G) D = A T = (C) I T G = = = T = G A ? D = G = T = = G G = = = G C D A = = D C (A) T = G A = (T) D G T = = = C = A G ? I = T = C = = A E017 = = = ? C A I T = = I T = D = = T = = I T G = = = T = G A = D = G = T = C = = = = ? G C D A = = D C = T = = A = = D G T = = = C = A G = I = T = C = T = E018 = = = = C A I T = G I T = ? = = T = = I T G = = = T = G A = D = G = T = C = = = = = G C D A = A D C = ? = = A = = D G T = = = C = A G = I = T = C = T = E019 = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = E020 = = = ? = = = = = (G) = = = = = = = A = D = = = = = = I A G = = = = T = = = = = = = ? = = = = = (A) = = = = = = = T = I = = = = = = D G A = = = = G = = = = E021 = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = E022 = T G T C A I T = = I T = = A = T = C I = G G T = = = G A = = A = = T A C ? = C A C G C D A = = D C = = G = A = T D = T A C = = = A G = = G = = C G T ? E023 T = = ? = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = G G = = ? = = = = = = ? = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = A Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = 1 1 1 = = = = 1 = = = = = = = = 1 1 1 1 = 0.99 1 1 = 1 = = 1 = = 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = 1 1 1 1 = 0.99 1 1 = 1 = = 1 = = 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 1 = = = = 1 1 1 1 1 = 0.99 1 1 = = = = 1 = = 1 = 1 = = = = = 1 1 = = = = = 1 = 1 = = 1 1 1 = = = = = = = = = = 1 = = = 1 = 1 = 1 1 = 1 = = = = 1 1 1 = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = 1 1 1 = = = = 1 = 1 = 0.94 1 = = 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 0.71 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 1 1 1 1 1 = 0.97 = 1 = = 1 = 1 = 1 1 = 1 1 1 = = = 1 1 = = 1 = = 1 1 1 = = = = 1 1 1 1 1 = 0.99 1 1 = = = = 1 = = 1 = 1 = = = = = 1 1 = = = = = 1 = 1 = = = = = 1 1 1 1 = 0.99 1 1 = 1 = = 1 = = 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 1 1 = 1 1 1 = 1 = = = = = 1 1 1 = = 0.92 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = 1 1 1 0.99 = = 0.98 1 0.84 1 = 0.94 1 = 0.62 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = = 0.95 = = = = 1 1 1 1 = = 1 1 = 1 = = 1 = = 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = 1 1 1 1 = 0.99 1 1 = = = = 1 = = 1 1 1 = = = 1 = 1 1 = 1 = 1 = 1 = 1 = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = = = = = 0.99 = 1 = = = = = = 1 1 1 = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 1 1 1 1 1 1 = = 1 1 = = 1 = 1 = 1 1 = 1 1 1 = = = 1 1 = = 1 = = 1 1 1 = 0.92 = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95