Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000163 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000172 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000385 T 0.17 0.20 0.18 C 0.83 0.80 0.82 0.28 0.33 0.30 000689 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000700 C 0.25 0.14 0.20 T 0.75 0.86 0.80 0.38 0.24 0.31 000881 A 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 000953 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 000978 A 0.02 0.12 0.07 G 0.98 0.88 0.93 0.04 0.21 0.12 001141 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001497 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001694 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001733 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002155 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002206 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002507 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002673 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002777 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002951 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 003004 T 0.00 0.14 0.06 C 1.00 0.86 0.94 0.00 0.24 0.12 004504 T 0.09 0.17 0.13 G 0.91 0.83 0.87 0.17 0.28 0.22 004658 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004714 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004767 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005237 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005612 G 0.29 0.00 0.15 A 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 005959 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006252 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006411 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006548 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.12 006825 T 0.04 0.04 0.04 C 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 007014 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007180 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.14 007198 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007359 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007378 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007555 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008173 A 0.60 0.28 0.45 G 0.40 0.72 0.55 0.48 0.41 0.49 008238 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 008522 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008622 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008728 * 008773 G 0.04 0.50 0.27 A 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.39 008927 C 0.02 0.17 0.10 T 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.17 009059 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009167 A 0.02 0.17 0.10 G 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.17 010595 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 011773 A 0.02 0.10 0.06 G 0.98 0.90 0.94 0.05 0.18 0.10 012354 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012451 C 0.02 0.19 0.10 G 0.98 0.81 0.90 0.04 0.31 0.18 012511 A 0.03 0.19 0.11 G 0.97 0.81 0.89 0.05 0.31 0.19 012583 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013109 T 0.02 0.17 0.09 C 0.98 0.83 0.91 0.04 0.28 0.17 013274 A 0.15 0.09 0.12 G 0.85 0.91 0.88 0.25 0.17 0.21 013362 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013377 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014085 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 015234 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015368 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015864 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015954 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016375 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016728 G 0.56 0.26 0.41 T 0.44 0.74 0.59 0.49 0.39 0.49 016780 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016819 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017070 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017534 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017590 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018041 C 0.20 0.00 0.12 T 0.80 1.00 0.88 0.33 0.00 0.20 018560 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018812 G 0.45 0.42 0.44 A 0.55 0.57 0.56 0.50 0.49 0.49 018860 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 018895 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 018963 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019077 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 020394 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020908 T 0.09 0.55 0.32 C 0.91 0.45 0.68 0.17 0.50 0.43 021181 - 0.17 0.37 0.25 + 0.83 0.63 0.75 0.29 0.46 0.38 021246 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 021766 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023754 G 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 024879 A 0.16 0.00 0.08 G 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 025184 C 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 025185 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 026355 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 026379 T 0.08 0.60 0.32 C 0.92 0.40 0.68 0.15 0.48 0.44 026463 A 0.23 0.36 0.29 G 0.77 0.64 0.71 0.35 0.46 0.41 026689 G 0.33 0.50 0.41 A 0.68 0.50 0.59 0.44 0.50 0.48 026790 G 0.05 0.03 0.04 A 0.95 0.97 0.96 0.10 0.05 0.07 026870 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 027130 A 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.17 027352 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 027543 G 0.10 0.04 0.07 C 0.90 0.96 0.93 0.19 0.08 0.14 027590 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 027713 T 0.12 0.48 0.30 G 0.88 0.52 0.70 0.22 0.50 0.42 027729 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027750 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028442 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028455 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028520 C 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 028730 T 0.07 0.04 0.05 G 0.93 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 028741 G 0.07 0.48 0.27 A 0.93 0.52 0.73 0.12 0.50 0.40 028748 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028766 T 0.07 0.07 0.07 C 0.93 0.93 0.93 0.12 0.12 0.12 028817 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 028998 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.15 029142 T 0.42 0.07 0.26 C 0.58 0.93 0.74 0.49 0.13 0.38 029268 C 0.44 0.42 0.43 T 0.56 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 029295 T 0.38 0.07 0.24 C 0.62 0.93 0.76 0.47 0.14 0.36 029490 A 0.10 0.05 0.08 G 0.90 0.95 0.92 0.19 0.09 0.14 029524 G 0.10 0.50 0.29 C 0.90 0.50 0.71 0.19 0.50 0.41 029664 T 0.42 0.07 0.25 G 0.58 0.93 0.75 0.49 0.13 0.38 029678 A 0.17 0.42 0.28 C 0.83 0.57 0.72 0.28 0.49 0.41 029723 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 030337 A 0.35 0.09 0.22 C 0.65 0.91 0.78 0.46 0.16 0.35 030981 T 0.25 0.45 0.35 C 0.75 0.55 0.65 0.38 0.50 0.45 031063 A 0.35 0.09 0.22 G 0.65 0.91 0.78 0.46 0.16 0.35 031110 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031151 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031163 A 0.25 0.48 0.36 C 0.75 0.52 0.64 0.38 0.50 0.46 031416 G 0.10 0.48 0.29 A 0.90 0.52 0.71 0.19 0.50 0.41 031425 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031722 C 0.15 0.02 0.09 T 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 031775 C 0.25 0.48 0.36 T 0.75 0.52 0.64 0.38 0.50 0.46 033079 C 0.50 0.23 0.37 T 0.50 0.77 0.63 0.50 0.35 0.47 035876 C 0.08 0.30 0.19 G 0.92 0.70 0.81 0.15 0.42 0.31 036139 A 0.19 0.17 0.18 G 0.81 0.83 0.82 0.30 0.28 0.29 036308 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 036314 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 036525 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 036789 A 0.39 0.48 0.43 G 0.61 0.52 0.57 0.48 0.50 0.49 037288 T 0.06 0.33 0.21 C 0.94 0.67 0.79 0.10 0.44 0.33 037453 A 0.03 0.04 0.04 T 0.97 0.96 0.96 0.06 0.08 0.07 037535 A 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 037702 T 0.06 0.34 0.20 C 0.94 0.66 0.80 0.12 0.45 0.31 037703 A 0.08 0.11 0.10 G 0.92 0.89 0.90 0.15 0.19 0.17 037828 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038378 A 0.10 0.50 0.29 C 0.90 0.50 0.71 0.19 0.50 0.41 038576 A 0.40 0.50 0.45 G 0.60 0.50 0.55 0.48 0.50 0.50 038609 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 038879 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038904 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 039002 C 0.32 0.34 0.33 T 0.68 0.66 0.67 0.44 0.45 0.44 039203 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 039467 A 0.09 0.33 0.21 G 0.91 0.67 0.79 0.17 0.44 0.33 039494 C 0.35 0.35 0.35 T 0.65 0.65 0.65 0.46 0.45 0.46 039522 A 0.25 0.02 0.14 T 0.75 0.98 0.86 0.38 0.04 0.24 039655 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039970 A 0.40 0.20 0.30 G 0.60 0.80 0.70 0.48 0.31 0.42 040062 G 0.08 0.13 0.11 C 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 040174 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 040438 C 0.58 0.22 0.40 G 0.42 0.78 0.60 0.49 0.34 0.48 040527 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 040598 A 0.10 0.33 0.21 G 0.90 0.67 0.79 0.19 0.44 0.33 040672 A 0.46 0.52 0.49 C 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 040691 G 0.12 0.46 0.29 A 0.88 0.54 0.71 0.22 0.50 0.41 040747 A 0.17 0.07 0.12 G 0.83 0.93 0.88 0.28 0.12 0.21 040812 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 041381 - 0.25 0.00 0.16 + 0.75 1.00 0.84 0.38 0.00 0.27 041817 A 0.26 0.02 0.14 G 0.74 0.98 0.86 0.39 0.04 0.24 042252 A 0.10 0.33 0.21 G 0.90 0.67 0.79 0.19 0.44 0.33 043627 A 0.02 0.14 0.08 G 0.98 0.86 0.92 0.04 0.24 0.14 044009 A 0.10 0.30 0.20 G 0.90 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 044076 A 0.10 0.30 0.20 G 0.90 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 044103 A 0.21 0.02 0.12 G 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 044114 G 0.21 0.48 0.34 A 0.79 0.52 0.66 0.33 0.50 0.45 044240 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 044243 A 0.11 0.30 0.21 G 0.89 0.70 0.79 0.19 0.42 0.33 044332 A 0.11 0.02 0.07 G 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 044414 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 044506 G 0.33 0.05 0.20 C 0.67 0.95 0.80 0.44 0.10 0.31 044529 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 044695 A 0.23 0.30 0.26 G 0.78 0.70 0.74 0.35 0.42 0.39 044857 T 0.50 0.23 0.36 C 0.50 0.78 0.64 0.50 0.35 0.46 044908 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 044964 G 0.10 0.30 0.21 A 0.90 0.70 0.79 0.18 0.42 0.33 044994 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 045098 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 045173 C 0.17 0.00 0.08 G 0.82 1.00 0.92 0.29 0.00 0.15 045359 A 0.10 0.30 0.20 G 0.90 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 045364 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 045577 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.21 0.00 0.12 045622 T 0.09 0.15 0.12 C 0.91 0.85 0.88 0.17 0.26 0.21 045645 G 0.14 0.32 0.23 A 0.86 0.68 0.77 0.24 0.43 0.35 045702 C 0.10 0.24 0.17 T 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 045792 T 0.10 0.28 0.19 G 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 045935 T 0.10 0.46 0.28 C 0.90 0.54 0.72 0.19 0.50 0.40 046402 + 0.34 0.32 0.33 - 0.66 0.68 0.67 0.45 0.43 0.44 046410 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 046728 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 046731 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 047669 G 0.19 0.31 0.25 A 0.81 0.69 0.75 0.31 0.42 0.38 047774 C 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 047804 A 0.10 0.29 0.19 T 0.90 0.71 0.81 0.19 0.41 0.31 047908 A 0.27 0.11 0.20 G 0.73 0.89 0.80 0.39 0.20 0.31 047911 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 047971 C 0.15 0.30 0.22 T 0.85 0.70 0.78 0.25 0.42 0.34 048014 A 0.17 0.32 0.24 C 0.83 0.68 0.76 0.29 0.43 0.37 048039 G 0.30 0.12 0.21 C 0.70 0.88 0.79 0.42 0.21 0.33 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 021181: GTT 041381: C 046402: ta Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 008728 C 0.02 0.00 0.01 A 0.38 0.28 0.33 T 0.60 0.72 0.66