Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000163 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 000172 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 000385 CC 16 14 30 CT 8 7 15 TT 0 1 1 0.960 0.011 0.312 000689 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 000700 CC 0 0 0 CT 10 6 16 TT 10 15 25 2.222 0.583 2.410 000881 AA 0 0 0 AC 6 0 6 CC 16 21 37 0.548 0.000 0.242 000953 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 24 19 43 0.000 0.053 0.023 000978 AA 0 1 1 AG 1 3 4 GG 23 17 40 0.011 2.136 3.673 001141 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001497 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001694 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001733 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002155 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002206 CC 23 18 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002507 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 002673 CC 19 21 40 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 002777 CC 20 20 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 002951 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 18 37 0.013 0.000 0.007 003004 CC 21 14 35 CT 0 3 3 TT 0 1 1 0.000 1.655 5.024 004504 GG 18 15 33 GT 4 5 9 TT 0 1 1 0.220 0.429 0.164 004658 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 004714 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 004767 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 005237 CC 23 19 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005612 AA 12 23 35 AG 10 0 10 GG 2 0 2 0.002 0.000 1.214 005959 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 006252 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006411 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 18 41 0.011 0.000 0.006 006548 CC 18 16 34 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.183 006825 CC 22 21 43 CT 2 2 4 TT 0 0 0 0.045 0.048 0.093 007014 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007180 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 18 35 0.517 0.000 0.256 007198 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 20 43 0.011 0.000 0.006 007359 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 007378 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007555 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008173 AA 8 2 10 AG 13 9 22 GG 3 12 15 0.421 0.028 0.133 008238 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 008522 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008622 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008728 * 008773 AA 22 5 27 AG 2 13 15 GG 0 5 5 0.045 0.391 1.567 008927 CC 0 1 1 CT 1 6 7 TT 23 16 39 0.011 0.195 0.919 009059 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 009167 AA 0 1 1 AG 1 6 7 GG 23 16 39 0.011 0.195 0.919 010595 CC 23 21 44 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.023 011773 AA 0 1 1 AG 1 1 2 GG 20 13 33 0.012 5.947 7.972 012354 CC 19 20 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 012451 CC 0 1 1 CG 1 5 6 GG 21 12 33 0.012 0.231 1.111 012511 AA 0 1 1 AG 1 5 6 GG 18 12 30 0.014 0.231 0.936 012583 CC 22 18 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013109 CC 22 15 37 CT 1 5 6 TT 0 1 1 0.011 0.429 1.348 013274 AA 1 0 1 AG 5 4 9 GG 18 18 36 0.644 0.220 0.230 013362 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 013377 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014085 CC 21 20 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.055 015234 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 015368 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 015864 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015954 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016375 CC 23 19 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016728 GG 7 2 9 GT 13 8 21 TT 4 13 17 0.243 0.221 0.299 016780 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016819 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017070 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017534 AA 22 17 39 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017590 CC 23 17 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 018041 CC 0 0 0 CT 9 0 9 TT 13 17 30 1.455 0.000 0.664 018560 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 018812 AA 7 6 13 AG 9 11 20 GG 5 3 8 0.383 0.314 0.004 018860 CC 21 18 39 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.014 0.006 018895 AA 14 20 34 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.840 0.000 0.357 018963 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 019077 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 20 44 0.000 0.050 0.023 020394 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020908 CC 18 4 22 CT 4 12 16 TT 0 6 6 0.220 0.220 1.153 021181 -- 0 2 2 +- 8 7 15 ++ 15 6 21 1.019 0.000 0.105 021246 CC 17 21 38 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.233 0.000 0.105 021766 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 20 42 0.011 0.000 0.006 023754 GG 1 0 1 GT 6 0 6 TT 16 22 38 0.195 0.000 1.407 024879 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 16 23 39 0.499 0.000 2.288 025184 CC 0 0 0 CT 0 4 4 TT 24 19 43 0.000 0.209 0.093 025185 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 24 19 43 0.000 0.209 0.093 026355 CC 17 23 40 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.240 0.000 1.527 026379 CC 20 2 22 CT 4 13 17 TT 0 6 6 0.198 1.702 0.821 026463 AA 1 1 2 AG 8 13 21 GG 13 7 20 0.027 2.545 1.460 026689 AA 10 4 14 AG 7 11 18 GG 3 4 7 0.818 0.474 0.083 026790 AA 18 18 36 AG 2 1 3 GG 0 0 0 0.055 0.014 0.062 026870 CC 18 20 38 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 027130 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 15 22 37 0.153 0.000 1.348 027352 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 16 23 39 0.044 0.000 0.919 027543 CC 19 21 40 CG 5 2 7 GG 0 0 0 0.324 0.048 0.304 027590 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 16 23 39 0.044 0.000 0.919 027713 GG 19 6 25 GT 4 12 16 TT 1 5 6 1.361 0.048 1.629 027729 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 027750 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 028442 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 028455 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 028520 CC 0 0 0 CG 0 2 2 GG 23 19 42 0.000 0.053 0.024 028730 GG 20 21 41 GT 3 2 5 TT 0 0 0 0.112 0.048 0.152 028741 AA 20 6 26 AG 3 12 15 GG 0 5 5 0.112 0.048 1.427 028748 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 23 22 45 0.000 0.011 0.006 028766 CC 20 20 40 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.112 0.112 0.224 028817 AA 15 20 35 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.017 0.000 0.007 028998 CC 17 18 35 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.347 029142 CC 9 18 27 CT 10 3 13 TT 5 0 5 0.490 0.124 2.608 029268 CC 7 2 9 CT 7 13 20 TT 10 5 15 3.984 2.177 0.239 029295 CC 10 17 27 CT 10 3 13 TT 4 0 4 0.296 0.131 1.537 029490 AA 0 0 0 AG 5 2 7 GG 19 20 39 0.324 0.050 0.312 029524 CC 20 5 25 CG 3 12 15 GG 1 5 6 2.617 0.182 2.100 029664 GG 9 19 28 GT 10 3 13 TT 5 0 5 0.490 0.118 2.792 029678 AA 1 2 3 AC 6 13 19 CC 17 5 22 0.240 2.177 0.167 029723 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 19 43 0.000 0.013 0.006 030337 AA 3 0 3 AC 11 4 15 CC 10 19 29 0.000 0.209 0.303 030981 CC 13 6 19 CT 10 12 22 TT 1 4 5 0.296 0.220 0.135 031063 AA 3 0 3 AG 11 4 15 GG 10 19 29 0.000 0.209 0.303 031110 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 031151 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031163 AA 1 5 6 AC 10 12 22 CC 13 6 19 0.296 0.048 0.009 031416 AA 20 6 26 AG 3 12 15 GG 1 5 6 2.617 0.048 2.286 031425 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 031722 CC 0 0 0 CT 7 1 8 TT 17 22 39 0.700 0.011 0.407 031775 CC 1 5 6 CT 10 12 22 TT 13 6 19 0.296 0.048 0.009 033079 CC 6 1 7 CT 12 8 20 TT 6 13 19 0.000 0.027 0.206 035876 CC 0 0 0 CG 4 14 18 GG 20 9 29 0.198 4.402 2.636 036139 AA 1 0 1 AG 7 7 14 GG 16 14 30 0.044 0.840 0.185 036308 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 036314 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 036525 CC 21 20 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.055 036789 AA 5 4 9 AG 8 13 21 GG 10 5 15 1.675 0.747 0.111 037288 CC 16 8 24 CT 2 15 17 TT 0 0 0 0.062 5.385 2.804 037453 AA 0 0 0 AT 1 1 2 TT 14 11 25 0.018 0.023 0.040 037535 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 16 22 38 0.548 0.000 0.236 037702 CC 21 7 28 CT 3 15 18 TT 0 0 0 0.107 5.886 2.722 037703 AA 0 0 0 AG 4 5 9 GG 20 18 38 0.198 0.342 0.527 037828 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 038378 AA 1 5 6 AC 3 12 15 CC 20 5 25 2.617 0.182 2.100 038576 AA 5 4 9 AG 6 13 19 GG 9 4 13 2.812 1.190 0.169 038609 CC 20 21 41 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.012 0.012 0.024 038879 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 038904 CC 22 21 43 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 039002 CC 3 0 3 CT 5 13 18 TT 9 6 15 1.830 5.138 0.562 039203 CC 0 0 0 CT 7 0 7 TT 16 20 36 0.741 0.000 0.338 039467 AA 0 0 0 AG 4 15 19 GG 18 8 26 0.220 5.385 3.223 039494 CC 4 0 4 CT 9 16 25 TT 11 7 18 0.780 6.542 1.317 039522 AA 3 0 3 AT 6 1 7 TT 15 22 37 2.667 0.011 6.614 039655 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 039970 AA 4 0 4 AG 11 9 20 GG 9 14 23 0.042 1.361 0.014 040062 CC 20 17 37 CG 4 6 10 GG 0 0 0 0.198 0.517 0.666 040174 CC 23 19 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 040438 CC 11 1 12 CG 6 8 14 GG 7 14 21 5.662 0.011 6.843 040527 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 040598 AA 0 0 0 AG 5 15 20 GG 19 8 27 0.324 5.385 3.433 040672 AA 8 4 12 AC 6 16 22 CC 10 3 13 5.916 3.569 0.189 040691 AA 20 6 26 AG 2 13 15 GG 2 4 6 9.197 0.445 2.286 040747 AA 1 0 1 AG 6 3 9 GG 17 20 37 0.240 0.112 0.253 040812 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 041381 -- 3 0 3 +- 6 0 6 ++ 15 14 29 2.667 0.000 6.271 041817 AA 3 0 3 AG 5 1 6 GG 13 21 34 3.099 0.012 7.546 042252 AA 0 0 0 AG 5 15 20 GG 19 8 27 0.324 5.385 3.433 043627 AA 0 1 1 AG 1 4 5 GG 23 17 40 0.011 1.144 2.368 044009 AA 0 0 0 AG 5 14 19 GG 19 9 28 0.324 4.402 3.016 044076 AA 0 0 0 AG 5 14 19 GG 19 9 28 0.324 4.402 3.016 044103 AA 1 0 1 AG 8 1 9 GG 15 22 37 0.003 0.011 0.253 044114 AA 15 5 20 AG 8 14 22 GG 1 4 5 0.003 1.110 0.084 044240 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 044243 AA 0 0 0 AG 5 14 19 GG 18 9 27 0.342 4.402 3.116 044332 AA 0 0 0 AG 5 1 6 GG 18 22 40 0.342 0.011 0.224 044414 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 21 42 0.048 0.000 0.024 044506 CC 9 18 27 CG 10 2 12 GG 2 0 2 0.107 0.055 0.191 044529 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 19 40 0.000 0.013 0.006 044695 AA 0 0 0 AG 9 12 21 GG 11 8 19 1.686 3.673 5.068 044857 CC 4 11 15 CT 11 9 20 TT 4 0 4 0.474 1.686 0.509 044908 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 17 23 40 0.131 0.000 0.056 044964 AA 16 9 25 AG 4 14 18 GG 0 0 0 0.247 4.402 3.013 044994 CC 20 22 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 045098 CC 18 23 41 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.024 045173 CC 1 0 1 CG 5 0 5 GG 14 23 37 0.360 0.000 2.127 045359 AA 0 0 0 AG 5 14 19 GG 19 9 28 0.324 4.402 3.016 045364 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 045577 CC 17 17 34 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.136 0.000 4.863 045622 CC 18 16 34 CT 4 7 11 TT 0 0 0 0.220 0.741 0.872 045645 AA 16 8 24 AG 6 14 20 GG 0 0 0 0.548 4.791 3.806 045702 CC 0 0 0 CT 5 11 16 TT 19 12 31 0.324 2.272 1.978 045792 GG 19 10 29 GT 5 13 18 TT 0 0 0 0.324 3.569 2.636 045935 CC 20 6 26 CT 3 13 16 TT 1 4 5 2.617 0.445 1.048 046402 -- 7 7 14 +- 11 12 23 ++ 1 0 1 1.556 4.047 5.230 046410 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 046728 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 046731 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 047669 AA 12 7 19 AG 5 11 16 GG 1 0 1 0.231 3.485 1.235 047774 AA 18 21 39 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.220 0.000 0.102 047804 AA 0 0 0 AT 5 12 17 TT 19 9 28 0.324 3.360 2.440 047908 AA 3 0 3 AG 7 5 12 GG 14 17 31 1.642 0.362 1.348 047911 CC 17 22 39 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.240 0.000 1.467 047971 CC 0 0 0 CT 7 13 20 TT 17 9 26 0.700 3.869 3.549 048014 AA 0 0 0 AC 8 14 22 CC 15 8 23 1.019 4.791 4.710 048039 CC 12 16 28 CG 7 5 12 GG 3 0 3 1.223 0.383 1.058 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 021181: GTT 041381: C 046402: ta Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 008728 AA 4 2 6 008728 AC 0 0 0 008728 AT 10 9 19 008728 CC 0 0 0 008728 CT 1 0 1 008728 TT 9 12 21