Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000450 AA 4 6 10 AT 11 14 25 TT 9 3 12 0.042 1.308 0.203 000479 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 000543 GG 23 22 45 GT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 000789 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 000823 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 000835 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 000943 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 21 43 0.000 0.012 0.006 000985 CC 21 22 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 000996 AA 16 3 19 AG 7 13 20 GG 0 6 6 0.741 0.917 0.041 001023 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 001062 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 001132 CC 0 7 7 CT 6 13 19 TT 16 3 19 0.548 0.631 0.372 001229 CC 21 15 36 CT 0 5 5 TT 0 2 2 0.000 2.001 6.193 001339 AA 19 22 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.024 001345 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 19 22 41 0.053 0.000 0.024 002226 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002493 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 003497 AA 0 1 1 AG 0 7 7 GG 20 15 35 0.000 0.025 0.741 004609 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 004887 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 005383 AA 12 15 27 AG 11 7 18 GG 0 0 0 2.272 0.787 2.812 005410 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005659 AA 9 15 24 AG 9 7 16 GG 6 1 7 1.361 0.025 2.206 006237 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 006248 AA 0 1 1 AG 3 7 10 GG 20 15 35 0.112 0.025 0.080 006267 AA 9 15 24 AG 8 7 15 GG 6 1 7 1.965 0.025 2.754 006779 CC 17 7 24 CT 7 11 18 TT 0 5 5 0.700 0.030 0.335 007164 GG 16 5 21 GT 6 12 18 TT 0 5 5 0.548 0.182 0.144 008148 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 17 37 0.112 0.000 0.061 008149 CC 21 18 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.026 008275 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008347 AA 19 15 34 AG 5 7 12 GG 0 1 1 0.324 0.025 0.002 008386 AA 18 7 25 AC 6 10 16 CC 0 6 6 0.490 0.381 1.629 008785 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 008860 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009932 AA 2 11 13 AG 10 7 17 GG 9 4 13 0.107 1.875 1.884 010213 AA 20 22 42 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.050 0.000 0.024 010303 GG 16 19 35 GT 7 4 11 TT 0 0 0 0.741 0.209 0.848 010930 AA 11 5 16 AG 0 3 3 GG 0 8 8 0.000 5.980 15.447 010987 CC 6 14 20 CT 13 7 20 TT 4 0 4 0.445 0.840 0.100 011034 CC 14 21 35 CT 8 0 8 TT 2 0 2 0.296 0.000 2.396 011999 AA 0 0 0 AC 0 8 8 CC 23 15 38 0.000 1.019 0.417 012332 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 012351 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 012808 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 012836 AA 4 0 4 AG 13 8 21 GG 6 15 21 0.445 1.019 0.152 012911 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 22 21 43 0.000 0.048 0.023 013124 AA 4 0 4 AG 13 8 21 GG 6 15 21 0.445 1.019 0.152 013244 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 013272 CC 6 15 21 CT 13 8 21 TT 4 0 4 0.445 1.019 0.152 013384 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 013485 AA 14 18 32 AT 9 4 13 TT 1 0 1 0.091 0.220 0.058 013644 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 013834 AA 4 0 4 AC 12 8 20 CC 7 15 22 0.087 1.019 0.033 014094 CC 11 13 24 CT 10 8 18 TT 3 1 4 0.094 0.027 0.056 014183 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 014184 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014281 ++ 0 0 0 +- 4 1 5 -- 20 22 42 0.198 0.011 0.148 014296 AA 18 17 35 AG 2 5 7 GG 0 1 1 0.055 0.571 0.741 014797 ++ 0 0 0 +- 7 4 11 -- 17 19 36 0.700 0.209 0.826 014877 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 014970 GG 5 11 16 GT 13 9 22 TT 6 3 9 0.174 0.277 0.085 014983 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 015455 AA 1 0 1 AC 3 4 7 CC 16 19 35 1.976 0.209 0.741 015534 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 015898 AA 8 2 10 AG 11 9 20 GG 4 12 16 0.004 0.028 0.612 016255 ++ 20 23 43 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.198 0.000 0.093 016468 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016499 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016665 CC 1 0 1 CT 10 0 10 TT 13 23 36 0.296 0.000 0.094 016897 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 21 20 41 0.048 0.112 0.152 016981 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 017041 ++ 0 0 0 +- 1 0 1 -- 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017433 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 17 21 38 0.131 0.000 0.059 017439 AA 6 11 17 AC 13 10 23 CC 2 2 4 1.702 0.017 0.931 017696 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 20 20 40 0.000 0.012 0.006 017749 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 19 40 0.012 0.000 0.006 017797 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 19 39 0.012 0.000 0.006 017971 AA 3 12 15 AG 9 8 17 GG 12 3 15 0.389 0.733 3.596 018173 CC 2 0 2 CT 9 0 9 TT 13 23 36 0.061 0.000 1.816 018400 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 018544 CC 6 3 9 CT 8 8 16 TT 10 11 21 2.371 0.577 2.957 018581 GG 20 22 42 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018893 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 018999 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 14 23 37 1.086 0.000 0.428 019091 AA 19 22 41 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 019145 AA 0 2 2 AG 3 5 8 GG 19 12 31 0.118 1.406 1.967 019258 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 15 22 37 0.017 0.000 0.007 019358 GG 6 3 9 GT 4 0 4 TT 5 12 17 3.233 15.000 15.248 019516 ++ 2 12 14 +- 9 8 17 -- 13 3 16 0.061 0.733 3.562 019772 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019773 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019907 AA 10 12 22 AG 8 8 16 GG 6 3 9 2.371 0.733 3.245 019980 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 020348 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 020352 AA 24 21 45 AC 0 2 2 CC 0 0 0 0.000 0.048 0.022 020628 GG 18 11 29 GT 5 7 12 TT 1 5 6 0.644 2.767 5.074 020819 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 020961 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 021449 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 021741 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 18 40 0.011 0.000 0.006 021742 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 18 40 0.011 0.000 0.006 021964 CC 1 0 1 CT 5 0 5 TT 18 23 41 0.644 0.000 2.448 023288 CC 24 21 45 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 023375 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 023534 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 023684 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023721 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023791 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 024023 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 024038 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 024288 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 024327 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 024513 CC 20 22 42 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 024667 AA 20 21 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024693 CC 0 5 5 CG 2 8 10 GG 21 9 30 0.048 1.352 5.740 024717 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 024828 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024845 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 014281: A 014797: T 016255: C 017041: G 019516: T