Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz hz 000074 C 0.44 0.22 0.33 T 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 000217 T 0.44 0.22 0.33 G 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 000306 C 0.44 0.22 0.33 T 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 000323 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000612 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 000634 C 0.44 0.22 0.33 T 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 000702 C 0.02 0.07 0.04 T 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 000892 G 0.44 0.22 0.33 A 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 001016 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001185 A 0.44 0.22 0.33 G 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 002213 G 0.38 0.22 0.30 A 0.62 0.78 0.70 0.47 0.34 0.42 002318 A 0.38 0.22 0.30 T 0.62 0.78 0.70 0.47 0.34 0.42 002419 C 0.38 0.22 0.30 T 0.62 0.78 0.70 0.47 0.34 0.42 002733 T 0.38 0.20 0.29 C 0.62 0.80 0.71 0.47 0.33 0.41 003111 G 0.46 0.28 0.37 A 0.54 0.72 0.63 0.50 0.41 0.47 003115 T 0.46 0.28 0.37 C 0.54 0.72 0.63 0.50 0.41 0.47 003157 C 0.63 0.28 0.46 T 0.37 0.72 0.54 0.47 0.41 0.50 003192 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 003200 A 0.48 0.28 0.38 G 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 003476 C 0.46 0.28 0.37 G 0.54 0.72 0.63 0.50 0.41 0.47 003759 C 0.02 0.07 0.04 T 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 003852 C 0.17 0.15 0.16 T 0.83 0.85 0.84 0.28 0.26 0.27 004129 A 0.17 0.07 0.12 G 0.83 0.93 0.88 0.28 0.12 0.21 004143 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004161 T 0.48 0.28 0.38 C 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 004208 A 0.48 0.28 0.38 G 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 004297 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004350 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004369 G 0.31 0.13 0.22 A 0.69 0.87 0.78 0.43 0.23 0.35 004465 A 0.48 0.32 0.40 G 0.52 0.68 0.60 0.50 0.43 0.48 004489 G 0.50 0.30 0.40 A 0.50 0.70 0.60 0.50 0.42 0.48 004545 G 0.50 0.28 0.39 A 0.50 0.72 0.61 0.50 0.41 0.48 004546 T 0.48 0.28 0.38 C 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 004586 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 004636 G 0.20 0.15 0.17 C 0.80 0.85 0.83 0.31 0.26 0.29 004641 C 0.50 0.30 0.39 T 0.50 0.70 0.61 0.50 0.42 0.47 004653 C 0.52 0.30 0.41 T 0.48 0.70 0.59 0.50 0.42 0.48 004685 G 0.41 0.25 0.33 A 0.59 0.75 0.67 0.48 0.38 0.44 004752 A 0.48 0.28 0.38 C 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 004810 C 0.48 0.28 0.38 A 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 004990 C 0.46 0.22 0.34 T 0.54 0.78 0.66 0.50 0.34 0.45 005112 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 005190 C 0.48 0.28 0.38 T 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 005346 T 0.48 0.28 0.38 C 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 005352 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005435 G 0.48 0.28 0.38 A 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 005540 C 0.31 0.13 0.22 A 0.69 0.87 0.78 0.43 0.23 0.35 005606 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005657 A 0.48 0.28 0.38 G 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 005704 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005775 A 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 005809 C 0.48 0.28 0.38 T 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 005909 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 005958 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006054 A 0.21 0.30 0.26 G 0.79 0.70 0.74 0.33 0.42 0.38 006294 T 0.28 0.41 0.35 C 0.72 0.59 0.65 0.41 0.48 0.45 006370 T 0.17 0.15 0.16 C 0.83 0.85 0.84 0.29 0.26 0.27 006417 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006729 + 0.30 0.32 0.31 - 0.70 0.68 0.69 0.42 0.43 0.43 006798 A 0.42 0.46 0.44 G 0.58 0.54 0.56 0.49 0.50 0.49 006840 T 0.42 0.46 0.44 G 0.58 0.54 0.56 0.49 0.50 0.49 006887 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007064 C 0.46 0.43 0.45 T 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 007366 - 0.29 0.15 0.23 + 0.71 0.85 0.77 0.41 0.26 0.35 007391 A 0.29 0.15 0.22 G 0.71 0.85 0.78 0.41 0.26 0.35 007416 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007575 C 0.17 0.15 0.16 T 0.83 0.85 0.84 0.28 0.26 0.27 007635 A 0.28 0.39 0.33 G 0.72 0.61 0.67 0.41 0.47 0.44 007828 A 0.44 0.55 0.49 T 0.56 0.45 0.51 0.49 0.50 0.50 007846 G 0.15 0.15 0.15 A 0.85 0.85 0.85 0.26 0.26 0.26 007974 G 0.08 0.00 0.05 A 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 008021 T 0.56 0.42 0.50 C 0.44 0.58 0.50 0.49 0.49 0.50 008111 T 0.56 0.42 0.50 C 0.44 0.57 0.50 0.49 0.49 0.50 008130 C 0.56 0.42 0.50 T 0.44 0.58 0.50 0.49 0.49 0.50 008263 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008356 C 0.27 0.39 0.33 G 0.73 0.61 0.67 0.39 0.48 0.44 008424 C 0.44 0.52 0.48 T 0.56 0.48 0.52 0.49 0.50 0.50 008517 A 0.42 0.57 0.49 G 0.58 0.42 0.51 0.49 0.49 0.50 008519 C 0.56 0.38 0.48 T 0.44 0.62 0.52 0.49 0.47 0.50 008559 C 0.56 0.38 0.48 G 0.44 0.62 0.52 0.49 0.47 0.50 008645 C 0.56 0.34 0.47 G 0.44 0.66 0.53 0.49 0.45 0.50 008784 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008830 C 0.56 0.38 0.48 T 0.44 0.62 0.52 0.49 0.47 0.50 008942 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 009922 A 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 009923 G 0.17 0.11 0.14 A 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 009933 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009996 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010021 T 0.17 0.15 0.16 C 0.83 0.85 0.84 0.28 0.26 0.27 010185 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010264 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010472 A 0.15 0.16 0.16 G 0.85 0.84 0.84 0.26 0.27 0.26 010924 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 011015 + 0.18 0.12 0.16 - 0.82 0.88 0.84 0.30 0.22 0.27 011066 C 0.15 0.12 0.14 A 0.85 0.88 0.86 0.26 0.21 0.24 011180 C 0.02 0.05 0.03 T 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 011265 T 0.35 0.36 0.36 C 0.65 0.64 0.64 0.46 0.46 0.46 011395 G 0.25 0.14 0.20 A 0.75 0.86 0.80 0.38 0.24 0.31 011583 T 0.25 0.15 0.20 C 0.75 0.85 0.80 0.38 0.26 0.32 011814 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 011916 G 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 012058 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012415 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012572 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 012823 C 0.03 0.02 0.02 A 0.97 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 012876 C 0.42 0.35 0.38 A 0.58 0.65 0.62 0.49 0.45 0.47 013324 C 0.37 0.29 0.33 G 0.63 0.71 0.67 0.47 0.41 0.44 013348 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013356 A 0.35 0.28 0.32 G 0.65 0.72 0.68 0.45 0.40 0.43 013385 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013417 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 013660 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 013989 C 0.17 0.25 0.21 T 0.82 0.75 0.79 0.29 0.38 0.34 014253 T 0.42 0.39 0.40 C 0.58 0.61 0.60 0.49 0.48 0.48 014376 - 0.39 0.28 0.34 + 0.61 0.72 0.66 0.48 0.40 0.45 014527 - 0.08 0.00 0.04 + 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 014611 G 0.08 0.02 0.05 A 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 014708 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 014769 T 0.35 0.28 0.32 C 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 014902 G 0.08 0.11 0.10 A 0.92 0.89 0.90 0.15 0.19 0.17 014903 C 0.35 0.28 0.32 T 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 014974 G 0.35 0.28 0.32 A 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 014978 C 0.04 0.07 0.05 T 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 015047 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015362 C 0.35 0.30 0.33 G 0.65 0.70 0.67 0.46 0.42 0.44 015664 T 0.35 0.21 0.30 C 0.65 0.79 0.70 0.45 0.33 0.42 015670 C 0.35 0.28 0.32 G 0.65 0.72 0.68 0.46 0.40 0.44 015696 C 0.33 0.22 0.28 T 0.68 0.78 0.72 0.44 0.34 0.40 015849 C 0.37 0.28 0.32 T 0.63 0.72 0.68 0.47 0.40 0.44 015969 G 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016541 A 0.48 0.33 0.40 G 0.52 0.67 0.60 0.50 0.44 0.48 016585 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016643 C 0.09 0.11 0.10 T 0.91 0.89 0.90 0.16 0.19 0.18 016675 T 0.17 0.33 0.26 C 0.82 0.67 0.74 0.29 0.44 0.38 016686 G 0.00 0.09 0.05 A 1.00 0.91 0.95 0.00 0.16 0.09 016838 - 0.56 0.41 0.49 + 0.44 0.59 0.51 0.49 0.48 0.50 016975 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017016 T 0.17 0.33 0.24 C 0.83 0.67 0.76 0.28 0.44 0.37 017137 C 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 017167 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 017237 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017255 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017271 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017281 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017491 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017492 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017521 A 0.11 0.30 0.21 G 0.89 0.70 0.79 0.19 0.42 0.33 018001 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018753 G 0.33 0.29 0.31 T 0.67 0.71 0.69 0.44 0.41 0.43 018793 G 0.33 0.25 0.29 C 0.67 0.75 0.71 0.44 0.38 0.41 018828 G 0.33 0.29 0.31 A 0.67 0.71 0.69 0.44 0.41 0.43 018842 T 0.08 0.33 0.19 G 0.92 0.68 0.81 0.15 0.44 0.31 019054 G 0.33 0.30 0.32 A 0.67 0.70 0.68 0.44 0.42 0.43 019062 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 019158 A 0.08 0.33 0.19 G 0.92 0.68 0.81 0.15 0.44 0.31 019223 G 0.33 0.25 0.30 A 0.67 0.75 0.70 0.44 0.38 0.42 019255 T 0.10 0.33 0.20 C 0.90 0.68 0.80 0.19 0.44 0.33 019329 G 0.25 0.25 0.25 C 0.75 0.75 0.75 0.38 0.38 0.38 019403 C 0.33 0.25 0.30 A 0.67 0.75 0.70 0.44 0.38 0.42 020030 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020053 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020275 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020518 C 0.25 0.37 0.31 A 0.75 0.63 0.69 0.38 0.47 0.43 020632 T 0.04 0.05 0.04 A 0.96 0.95 0.96 0.08 0.09 0.08 020785 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 020915 C 0.10 0.09 0.10 T 0.90 0.91 0.90 0.19 0.16 0.17 020978 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020993 A 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021165 A 0.31 0.41 0.36 G 0.69 0.59 0.64 0.43 0.48 0.46 021457 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021468 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021702 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021816 T 0.00 0.13 0.06 C 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 021845 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021884 C 0.38 0.41 0.39 T 0.62 0.59 0.61 0.47 0.48 0.48 021907 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022012 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 022126 G 0.40 0.41 0.40 A 0.60 0.59 0.60 0.48 0.48 0.48 022373 A 0.29 0.41 0.35 G 0.71 0.59 0.65 0.41 0.48 0.46 022547 - 0.00 0.03 0.01 + 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 023094 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023567 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023672 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 023960 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024120 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024183 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.05 0.04 024662 T 0.15 0.30 0.22 C 0.85 0.70 0.78 0.25 0.42 0.34 024979 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 025250 A 0.48 0.45 0.47 G 0.52 0.55 0.53 0.50 0.50 0.50 025289 G 0.46 0.43 0.45 A 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 025523 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 025567 G 0.52 0.45 0.49 A 0.48 0.55 0.51 0.50 0.50 0.50 025815 G 0.06 0.06 0.06 C 0.94 0.94 0.94 0.12 0.11 0.11 025986 A 0.06 0.07 0.07 G 0.94 0.93 0.93 0.12 0.13 0.12 026115 T 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 026267 C 0.50 0.43 0.47 T 0.50 0.57 0.53 0.50 0.49 0.50 026450 C 0.05 0.07 0.06 G 0.95 0.93 0.94 0.09 0.12 0.10 026562 G 0.06 0.07 0.06 A 0.94 0.93 0.94 0.12 0.12 0.12 026568 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 026725 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026734 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 027217 C 0.46 0.33 0.39 T 0.54 0.67 0.61 0.50 0.44 0.48 027315 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027431 A 0.32 0.17 0.24 G 0.68 0.83 0.76 0.43 0.29 0.37 027498 C 0.02 0.07 0.04 T 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 027521 C 0.15 0.22 0.18 T 0.85 0.78 0.82 0.25 0.34 0.30 027556 A 0.48 0.26 0.37 G 0.52 0.74 0.63 0.50 0.39 0.47 027689 C 0.09 0.04 0.07 G 0.91 0.96 0.93 0.16 0.08 0.12 028042 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028496 C 0.20 0.02 0.11 T 0.80 0.98 0.89 0.33 0.04 0.20 028672 G 0.38 0.39 0.38 T 0.62 0.61 0.62 0.47 0.48 0.47 028873 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 028968 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029183 C 0.29 0.30 0.30 T 0.71 0.70 0.70 0.41 0.42 0.42 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006729: T 007366: caGCCT 008263: G 011015: A 013660: GTTCTATTTGTTTT 014376: G 014527: t 016838: aata 019062: t 022547: A