Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000074 CC 6 1 7 CT 9 8 17 TT 9 14 23 1.361 0.011 1.553 000217 GG 9 14 23 GT 9 8 17 TT 6 1 7 1.361 0.011 1.553 000306 CC 6 1 7 CT 9 8 17 TT 9 14 23 1.361 0.011 1.553 000323 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 000612 CC 16 23 39 CT 8 0 8 TT 0 0 0 0.960 0.000 0.407 000634 CC 6 1 7 CT 9 8 17 TT 9 14 23 1.361 0.011 1.553 000702 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 23 20 43 0.011 0.112 0.093 000892 AA 9 14 23 AG 9 8 17 GG 6 1 7 1.361 0.011 1.553 001016 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001185 AA 6 1 7 AG 9 8 17 GG 9 14 23 1.361 0.011 1.553 002213 AA 10 14 24 AG 10 8 18 GG 4 1 5 0.296 0.011 0.335 002318 AA 4 1 5 AT 10 8 18 TT 10 14 24 0.296 0.011 0.335 002419 CC 4 1 5 CT 10 8 18 TT 10 14 24 0.296 0.011 0.335 002733 CC 10 14 24 CT 10 7 17 TT 4 1 5 0.296 0.011 0.545 003111 AA 8 13 21 AG 10 7 17 GG 6 3 9 0.621 1.431 2.404 003115 CC 8 13 21 CT 10 7 17 TT 6 3 9 0.621 1.431 2.404 003157 CC 10 3 13 CT 9 7 16 TT 4 13 17 0.591 1.431 4.114 003192 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 003200 AA 6 3 9 AG 10 7 17 GG 7 13 20 0.381 1.431 2.147 003476 CC 5 3 8 CG 12 7 19 GG 7 13 20 0.001 1.431 0.858 003759 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 23 20 43 0.011 0.112 0.093 003852 CC 0 1 1 CT 8 5 13 TT 16 17 33 0.960 0.571 0.046 004129 AA 0 0 0 AG 8 3 11 GG 16 20 36 0.960 0.112 0.826 004143 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 004161 CC 6 13 19 CT 13 7 20 TT 5 3 8 0.174 1.431 0.466 004208 AA 5 3 8 AG 13 7 20 GG 6 13 19 0.174 1.431 0.466 004297 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 004350 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004369 AA 10 18 28 AG 13 4 17 GG 1 1 2 1.630 1.252 0.084 004465 AA 5 3 8 AG 13 8 21 GG 6 11 17 0.174 0.577 0.118 004489 AA 5 12 17 AG 14 8 22 GG 5 3 8 0.667 0.733 0.037 004545 AA 6 13 19 AG 12 7 19 GG 6 3 9 0.000 1.431 1.102 004546 CC 6 13 19 CT 13 7 20 TT 5 3 8 0.174 1.431 0.466 004586 CC 23 22 45 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 004636 CC 15 17 32 CG 7 5 12 GG 1 1 2 0.025 0.571 0.390 004641 CC 4 3 7 CT 10 7 17 TT 4 12 16 0.222 1.223 0.438 004653 CC 5 3 8 CT 13 7 20 TT 4 12 16 0.747 1.223 0.157 004685 AA 6 12 18 AG 15 9 24 GG 2 1 3 2.738 0.182 1.800 004752 AA 5 3 8 AC 12 7 19 CC 6 13 19 0.048 1.431 0.705 004810 AA 6 13 19 AC 13 7 20 CC 5 3 8 0.174 1.431 0.466 004990 CC 5 2 7 CT 12 6 18 TT 7 15 22 0.001 1.252 1.018 005112 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 23 20 43 0.011 0.112 0.093 005190 CC 5 3 8 CT 13 7 20 TT 6 13 19 0.174 1.431 0.466 005346 CC 6 13 19 CT 13 7 20 TT 5 3 8 0.174 1.431 0.466 005352 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005435 AA 6 13 19 AG 13 7 20 GG 5 3 8 0.174 1.431 0.466 005540 AA 10 18 28 AC 13 4 17 CC 1 1 2 1.630 1.252 0.084 005606 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005657 AA 5 3 8 AG 13 7 20 GG 6 13 19 0.174 1.431 0.466 005704 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005775 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 22 40 0.490 0.000 0.224 005809 CC 5 3 8 CT 13 7 20 TT 6 13 19 0.174 1.431 0.466 005909 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 005958 AA 24 22 46 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006054 AA 1 3 4 AG 8 8 16 GG 15 12 27 0.003 0.733 0.516 006294 CC 11 10 21 CT 11 7 18 TT 1 6 7 0.741 3.188 0.870 006370 CC 15 17 32 CT 8 5 13 TT 0 1 1 1.019 0.571 0.058 006417 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006729 ++ 1 2 3 +- 12 8 20 -- 10 9 19 1.239 0.012 0.546 006798 AA 3 7 10 AG 14 7 21 GG 7 9 16 0.960 3.439 0.394 006840 GG 7 9 16 GT 14 7 21 TT 3 7 10 0.960 3.439 0.394 006887 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 007064 CC 4 5 9 CT 14 10 24 TT 6 8 14 0.734 0.306 0.051 007366 ++ 13 15 28 +- 8 4 12 -- 3 1 4 0.897 0.930 2.198 007391 AA 3 1 4 AG 8 5 13 GG 13 17 30 0.897 0.571 1.934 007416 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007575 CC 0 1 1 CT 8 5 13 TT 16 17 33 0.960 0.571 0.046 007635 AA 1 5 6 AG 11 7 18 GG 11 10 21 0.741 2.381 0.450 007828 AA 3 7 10 AT 15 8 23 TT 6 5 11 1.748 0.737 0.093 007846 AA 16 15 31 AG 7 4 11 GG 0 1 1 0.741 0.930 0.000 007974 AA 20 20 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.100 008021 CC 3 7 10 CT 15 8 23 TT 6 4 10 1.748 0.353 0.209 008111 CC 3 7 10 CT 15 9 24 TT 6 4 10 1.748 0.126 0.364 008130 CC 6 4 10 CT 15 8 23 TT 3 7 10 1.748 0.353 0.209 008263 ++ 23 18 41 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008356 CC 2 4 6 CG 9 10 19 GG 13 9 22 0.061 0.175 0.344 008424 CC 3 7 10 CT 15 10 25 TT 6 6 12 1.748 0.381 0.203 008517 AA 2 6 8 AG 16 11 27 GG 6 3 9 3.311 0.314 2.285 008519 CC 6 3 9 CT 15 9 24 TT 3 8 11 1.748 0.032 0.382 008559 CC 6 3 9 CG 15 10 25 GG 3 8 11 1.748 0.002 0.578 008645 CC 6 2 8 CG 15 9 24 GG 3 8 11 1.748 0.052 0.637 008784 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 008830 CC 6 3 9 CT 15 10 25 TT 3 8 11 1.748 0.002 0.578 008942 CC 24 19 43 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 009922 AA 0 0 0 AG 8 5 13 GG 16 17 33 0.960 0.362 1.246 009923 AA 16 17 33 AG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.362 1.246 009933 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 009996 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 010021 CC 16 17 33 CT 8 5 13 TT 0 1 1 0.960 0.571 0.046 010185 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010264 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 010472 AA 0 1 1 AG 7 5 12 GG 16 16 32 0.741 0.499 0.010 010924 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 16 18 34 0.016 0.000 0.007 011015 ++ 0 1 1 +- 8 2 10 -- 14 13 27 1.086 2.939 0.004 011066 AA 16 17 33 AC 7 3 10 CC 0 1 1 0.741 2.136 0.054 011180 CC 0 0 0 CT 1 2 3 TT 22 20 42 0.011 0.050 0.054 011265 CC 9 10 19 CT 13 8 21 TT 2 4 6 0.813 1.010 0.003 011395 AA 14 17 31 AG 8 4 12 GG 2 1 3 0.296 1.144 1.348 011583 CC 14 17 31 CT 8 5 13 TT 2 1 3 0.296 0.571 0.954 011814 CC 19 19 38 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.007 011916 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 20 19 39 0.000 0.013 0.006 012058 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012415 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 012572 CC 15 23 38 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.149 0.000 0.059 012823 AA 17 22 39 AC 1 1 2 CC 0 0 0 0.015 0.011 0.026 012876 AA 5 10 15 AC 12 10 22 CC 2 3 5 1.659 0.040 0.514 013324 CC 2 1 3 CG 10 9 19 GG 7 9 16 0.326 0.436 0.668 013348 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 013356 AA 2 1 3 AG 10 8 18 GG 8 9 17 0.196 0.209 0.351 013385 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 21 42 0.012 0.000 0.006 013417 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.097 013660 ++ 18 20 38 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.220 0.000 0.105 013989 CC 1 3 4 CT 5 5 10 TT 14 14 28 0.360 3.414 3.604 014253 CC 9 11 20 CT 10 6 16 TT 5 6 11 0.490 4.707 4.041 014376 ++ 8 10 18 +- 7 6 13 -- 4 2 6 0.996 0.516 1.705 014527 ++ 20 22 42 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.198 0.000 0.095 014611 AA 20 22 42 AG 4 1 5 GG 0 0 0 0.198 0.011 0.148 014708 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 014769 CC 9 11 20 CT 13 11 24 TT 2 1 3 0.813 0.741 1.439 014902 AA 20 19 39 AG 4 3 7 GG 0 1 1 0.198 2.457 0.919 014903 CC 2 1 3 CT 13 11 24 TT 9 11 20 0.813 0.741 1.439 014974 AA 9 11 20 AG 13 11 24 GG 2 1 3 0.813 0.741 1.439 014978 CC 0 0 0 CT 2 3 5 TT 22 20 42 0.045 0.112 0.148 015047 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015362 CC 2 1 3 CG 13 11 24 GG 9 10 19 0.813 0.889 1.610 015664 CC 9 8 17 CT 12 3 15 TT 2 1 3 0.517 0.703 0.015 015670 CC 2 1 3 CG 13 8 21 GG 9 9 18 0.813 0.209 0.898 015696 CC 1 1 2 CT 11 5 16 TT 8 10 18 1.286 0.118 0.418 015849 CC 2 1 3 CT 10 9 19 TT 7 10 17 0.326 0.330 0.548 015969 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 18 22 40 0.014 0.000 0.006 016541 AA 6 3 9 AG 10 9 19 GG 7 11 18 0.381 0.277 0.915 016585 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 016643 CC 0 1 1 CT 4 3 7 TT 19 19 38 0.209 2.457 0.875 016675 CC 13 11 24 CT 7 9 16 TT 0 3 3 0.900 0.277 0.022 016686 AA 20 20 40 AG 0 2 2 GG 0 1 1 0.000 4.707 9.727 016838 ++ 5 8 13 +- 11 10 21 -- 8 4 12 0.114 0.079 0.344 016975 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017016 CC 16 11 27 CT 8 9 17 TT 0 3 3 0.960 0.277 0.022 017137 AA 23 21 44 AC 0 2 2 CC 0 0 0 0.000 0.048 0.023 017167 CC 23 20 43 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.052 017237 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017255 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 017271 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 017281 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 017491 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017492 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 017521 AA 1 3 4 AG 3 8 11 GG 19 12 31 2.457 0.733 3.363 018001 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 018753 GG 2 1 3 GT 12 10 22 TT 10 10 20 0.375 0.583 0.889 018793 CC 10 12 22 CG 12 9 21 GG 2 1 3 0.375 0.182 0.468 018828 AA 10 11 21 AG 12 8 20 GG 2 2 4 0.375 0.093 0.061 018842 GG 20 10 30 GT 4 7 11 TT 0 3 3 0.198 0.818 1.725 019054 AA 10 11 21 AG 12 9 21 GG 2 2 4 0.375 0.007 0.152 019062 ++ 24 20 44 +- 0 3 3 -- 0 0 0 0.000 0.112 0.051 019158 AA 0 3 3 AG 4 7 11 GG 20 10 30 0.198 0.818 1.725 019223 AA 10 11 21 AG 12 8 20 GG 2 1 3 0.375 0.089 0.371 019255 CC 20 10 30 CT 3 7 10 TT 1 3 4 2.617 0.818 4.002 019329 CC 14 11 25 CG 8 8 16 GG 2 1 3 0.296 0.089 0.040 019403 AA 10 11 21 AC 12 8 20 CC 2 1 3 0.375 0.089 0.371 020030 AA 24 22 46 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020053 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 020275 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020518 AA 13 9 22 AC 10 11 21 CC 1 3 4 0.296 0.016 0.105 020632 AA 21 20 41 AT 2 2 4 TT 0 0 0 0.048 0.050 0.097 020785 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 18 22 40 0.342 0.000 0.156 020915 CC 0 0 0 CT 5 4 9 TT 19 19 38 0.324 0.209 0.527 020978 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020993 AA 0 0 0 AC 4 0 4 CC 20 23 43 0.198 0.000 0.093 021165 AA 2 4 6 AG 11 11 22 GG 11 8 19 0.107 0.004 0.009 021457 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 021468 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021702 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021816 CC 24 18 42 CT 0 4 4 TT 0 1 1 0.000 1.252 3.895 021845 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021884 CC 2 4 6 CT 14 11 25 TT 8 8 16 1.434 0.004 0.614 021907 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 022012 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 022126 AA 7 8 15 AG 15 11 26 GG 2 4 6 2.258 0.004 1.036 022373 AA 2 4 6 AG 10 11 21 GG 12 8 20 0.002 0.004 0.018 022547 ++ 24 14 38 +- 0 1 1 -- 0 0 0 0.000 0.018 0.007 023094 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023567 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 023672 CC 23 21 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 023960 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024120 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 20 43 0.011 0.000 0.006 024183 AA 23 20 43 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.012 0.023 024662 CC 18 10 28 CT 5 8 13 TT 1 2 3 0.644 0.045 0.714 024979 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 025250 AA 6 4 10 AG 11 12 23 GG 7 6 13 0.160 0.220 0.001 025289 AA 7 7 14 AG 12 12 24 GG 5 4 9 0.001 0.087 0.051 025523 CC 22 22 44 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.045 0.011 0.051 025567 AA 6 6 12 AG 11 11 22 GG 7 4 11 0.160 0.069 0.021 025815 CC 21 15 36 CG 3 2 5 GG 0 0 0 0.107 0.066 0.173 025986 AA 0 0 0 AG 3 2 5 GG 21 12 33 0.107 0.083 0.188 026115 CC 21 20 41 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.048 0.112 0.152 026267 CC 6 4 10 CT 10 12 22 TT 6 7 13 0.182 0.087 0.014 026450 CC 0 0 0 CG 2 3 5 GG 20 20 40 0.050 0.112 0.156 026562 AA 21 20 41 AG 3 3 6 GG 0 0 0 0.107 0.112 0.218 026568 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 026725 GG 23 20 43 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 026734 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 20 41 0.107 0.000 0.055 027217 CC 5 4 9 CT 12 7 19 TT 7 12 19 0.001 2.175 1.102 027315 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 027431 AA 1 1 2 AG 12 6 18 GG 9 16 25 1.455 0.195 0.309 027498 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 22 20 42 0.011 0.112 0.095 027521 CC 0 2 2 CT 7 6 13 TT 17 15 32 0.700 1.252 0.208 027556 AA 7 2 9 AG 9 8 17 GG 8 13 21 1.484 0.221 2.404 027689 CC 0 0 0 CG 4 2 6 GG 19 21 40 0.209 0.048 0.224 028042 CC 21 23 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 028496 CC 1 0 1 CT 7 1 8 TT 14 21 35 0.011 0.012 0.418 028672 GG 4 5 9 GT 10 8 18 TT 10 10 20 0.296 1.675 1.691 028873 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 028968 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 029183 CC 2 4 6 CT 8 6 14 TT 11 13 24 0.093 3.390 2.445 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006729: T 007366: caGCCT 008263: G 011015: A 013660: GTTCTATTTGTTTT 014376: G 014527: t 016838: aata 019062: t 022547: A